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        【求助】RNA剪接,蛋白仍有表达怎么回事?

        丁香园论坛

        1342
        我在建立过表达细胞模型的时候,重组质粒构建好经测序是完整的目的基因,可是转到靶细胞,RT-PCR产物经测

        序少了86个碱基,我考虑是RNA剪接,可做western blot验证却有目的条带,且明显过表达了,我想问下大家有见过这

        种情况吗,我觉得基因水平都少了,怎么蛋白还有表达呢,请高手们指点迷津。谢谢!
        怎么都没人理我呢,自己顶下吧
        这种情况只能说明你的载体的问题?RT-PCR产物经测序少了86个碱基,这能说明什么吗?一般的载体不会像体内的基因组以及mRNA一样会受到很多调控的。所以建议你质粒重新测序。
        zhujoker wrote:
        这种情况只能说明你的载体的问题?RT-PCR产物经测序少了86个碱基,这能说明什么吗?一般的载体不会像体内的基因组以及mRNA一样会受到很多调控的。所以建议你质粒重新测序。

        是的,重组质粒一般是不会进行RNA剪切的,因为其是通过cDNA反转录过来的,没有intron。
        谢谢上面各位的解答,可是我那个重组质粒测过好几次序列了,都是对的,再说重组慢病毒感染靶细胞后抽提DNA也没发生剪接啊,不知道是上面原因?真迷茫...如果质粒构建有问题的话怎么蛋白还有过表达呢,真是纳闷了
        谢谢上面各位的解答,可是我那个重组质粒测过好几次序列了,都是对的,再说重组慢病毒感染靶细胞后抽提DNA跑PCR, 也没发生剪接啊,不知道是什么原因?真迷茫...如果质粒构建有问题的话怎么蛋白还有过表达呢,真是纳闷了
        你要考虑一下RNA转录后加工的可能,也许该基因正常表达的时候其mRNA不会被如此地加工(即丢失86个碱基),而过表达后其mRNA丰度增加,通过某种机制引发RNA编辑,从而出现你所说的现象。如果这段缺失发生在非编码区,则不会对表达出来的蛋白的分子量产生影响,但可能会改变蛋白的表达水平。
        谢谢上面这位仁兄,您的解释很有道理,就是这样的过表达细胞株可以用来检测功能吗,比如过表达后细胞株对增值、凋亡方面的影响;通过某种机制引发RNA编辑的话,有什么方法可以研究它是否发生了RNA编辑呢,因为我这个过表达慢病毒感染靶细胞,有些细胞株发生剪接,可有些细胞株就不会。
        过表达后有一定的几率导致这种异常的加工,如果有正常的,就拿正常的细胞株做表型模型即可。

        要证明有RNA编辑,只需把已知的涉及RNA编辑加工的酶敲低就可以了,如果仍有异常加工variant,可以考虑RNA自剪接的可能。

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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