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        【求助】miRbase数据是怎么回事?

        丁香园论坛

        2513
        release 14和release 13整个数据全变了,同一条miRNA,基因组中的位置变了,是什么原因?是基因组数据还是miRNA数据的变了?
        举一个例子:

        ID Chromosome Start End Strand release
        hsa-let-7a-1 9 95978060 95978139 + 13.0
        hsa-let-7a-1 9 96938239 96938318 + 14.0
        楼主真是细心,但是你关心他们的位置有什么作用?我个人认为应该是以最新的14.0 为准。如果楼主愿意去验证的话,你可以设计一对引物,基因组DNA PCR测序看里面是不是包涵hsa-let-7a-1。如果要研究其调控的话,我认为还是要以最新的为准,否则的话你可以用5‘RACE或者3’RACE来验证。
        原来14.0是基于GRCh37了,上面写的也没注意。楼上说的很对,如果GRCh37修正的gap位于miRNA可能的调控区的话是有不小的影响

        另外,问一下zhujoker,miRbase的链接是有问题还是ensemble有问题,如我输入hsa-mir-15a,结果中Genome context里的染色体位置是13: 50623255-50623337 [-] ,当点进去后进入ensemble,则位置变为Chromosome 13: 50,621,255-50,625,337,上下游全扩了2000bp,而这个是普遍现象。请问这样做有什么原因吗?
        这个不是很清楚,但是你可以选择点击hsa-mir-15a就可以得到你所想要的序列,显示在下面。

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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