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        【求助】质粒构建不成功,课题无进展,请求帮助

        丁香园论坛

        6891
        我在做hBrf1这个基因,目前是要构建4个质粒。

        步骤:

        1、PCR引物设计,加酶切位点,扩增产物2982+56bp,跑胶鉴定。

        2、PCR产物跑胶,回收,phenol,chloroform,NaAc+Ethanol提纯。老板说如果测浓度太浪费sample

        3、双酶切,体系100ul,两个酶分别为2ul。双酶切之后提纯。(已经双酶切PGL3-basic,酶切过的在LB平板上长出3个克隆,没有酶切过的载体则是一片一片的克隆,说明两个酶均有活性。)

        4、与双酶切过的PGL3-basic进行连接。16°过夜。因为ligase在温度高时容易失活,操作在冰上进行。然后放入PCR仪中,16°过夜。

        5、转化

        6、铺LB(AMP+)平板,只长出一个克隆。质粒提取后鉴定 结果仍为没有酶切成功的PGL3-BASIC.

        请问成功构建质粒的朋友们,我的问题出在哪里?

        1、是不是质粒和vector的比例还是应该在3:1左右,应该测浓度?

        2、老板让我做过很多次这个实验了,他让我加0.5ul,1ul,2ul,4ul的双酶切后的载体,已经形成梯度了。

        3、另外我的PCR产物回收后用2ul跑胶,条带不是很亮,跟marker差不多,我一共是20ul ddH2O溶解PCR产物,也就是说最后的量顶多在2ug左右,双酶切之后又提纯,可能又丢失了一些,是不是PCR产物量不够导致的失败?

        谢谢各位,目前实验处于瓶颈期,请求大家的帮助。
        PCR产物酶切后做克隆难度较大,可能与酶切后目的基因的量有关,而且你的片段相对大;

        我的建议是:将纯化的PCR产物先与T载体相连构建T_A克隆(一般的Taq酶PCR扩增后两端会形成A),然后鉴定T载体中目的基因是否正确;若插入正确,培养细菌提取重组的T克隆进行酶切得到目的基因,然后再与相应的酶切质粒连接。另外目的基因与质粒的比例3:1~10:1,目的基因的量应该大些。

        祝好运!
        我不明白为什么不用柱纯化,经济有快。
        问一下,你的pcr引物保护碱基设了几个?
        多做点16度连接后,跑个胶看下能不能连的上
        我猜楼主应该是在做hBrf1这个基因的启动子报告基因了,用PCR扩增不同长度的启动子片段,然后克隆到PGL3 basic载体上,继续进行下游的双荧光酶报告基因实验了。想当年我的第一次克隆也是构建这样的截断性载体,前后花了好几个月,被老板批了N次,最后还是老板亲自动手演示了一遍,学到正宗的克隆技术,才得以成功。关于你的这个克隆,我的意见如下:
        1)选用好一点的聚合酶,保证序列的保真性。我们一直使用一种叫做KAPA HIFI READYMIX的酶,很方便,扩增能力和保真度都超级好。普通的taq酶扩增长片段容易出错,反而浪费时间和试剂。
        2) 如果直接酶切PCR产物,请确保你的上下游引物5'端已经引入合适的酶切位点和保护碱基(非常重要),我当时选用的是XhoI和HindIII这两个位点。
        3)凡是用来做克隆的DNA产物,跑胶一定要用新鲜的TAE buffer,染EB也要用双蒸水EB溶液,避免污染。
        4)最后做连接之前,把insert和vector各取2ul跑胶,看一下条带的亮度和size,如果都没有问题,可以进行连接反应。关于连接反应,我用的是NEB的T4 Ligase系统,我喜欢一个克隆设置3个反应,即insert分别为0ul,1ul和2ul。vector均为2ul,总体系10ul,室温下放置24小时候转化(老板说只要4个小时就可以转化,但是我没有试过),过夜孵育后观察克隆形成情况,快速胶检,一般都会得到阳性克隆。

        如果PCR直接酶切实在不work的话,那就上TA吧,再从TA上cut下来,应该行的。

        祝好运。
        谢谢各位的回帖。保护碱基一共是6个。纯化柱我也想用,但是老板说用胶回收很好,不给买。楼上的猜的非常准确,我就是要做这个实验,但是目前质粒都构建不出来,着急上火。

        老板之前总批我,现在连批都懒得批了。

        我用的是高保真的酶,PCR产物跑胶也在3000bp的位置 。

        你是说室温放置24小时连接?不是24小时转化吧?

        TA我还没试过,我跟老板谈谈。

        十分感谢。
        bobbymm wrote:
        谢谢各位的回帖。保护碱基一共是6个。纯化柱我也想用,但是老板说用胶回收很好,不给买。楼上的猜的非常准确,我就是要做这个实验,但是目前质粒都构建不出来,着急上火。

        老板之前总批我,现在连批都懒得批了。

        我用的是高保真的酶,PCR产物跑胶也在3000bp的位置 。

        你是说室温放置24小时连接?不是24小时转化吧?

        TA我还没试过,我跟老板谈谈。

        十分感谢。
        我说的是连接体系置于室温,24小时后做转化。
        zitong1983 wrote:
        我说的是连接体系置于室温,24小时后做转化。

        24小时的室温连接,我也做过了,还是没有成功。所以我在查找原因,继续盲目的做,只会浪费时间和试剂,老板的脸拉的老长老长的。
        我打算自己买胶回收试剂盒,让我同学帮忙,邮寄到洛杉矶。

        请问各位,哪个公司的胶回收试剂盒好用一些?
        碧云天的还是TAKARA的好用?我在网上搜的目前是这两种。
        PCR产物酶切后做克隆很容易

        大片段3000bp的也很容易做
        总结教训,你直接拿PCR产物测序,看扩到目的基因了吗,找到了自己要的基因再连接不迟。
        保护碱基为什么假保护碱基加6个干什么?

        我做了几十个过表达了

        从来只加2个

        takara的高保真酶很好也很便宜

        p 3k的很好p





        另外 很多质粒连不好 多半是双酶切切得不好

        请严格按NEB双酶切要求,如果用neb酶的话

        另外 NEB说不能同时双酶切的

        务必两个单酶切



        酶切切得好 没有理由构不出
        顶楼上,如果两个酶切位点相差很少,例如只有几个bp,双酶切是切不好的,即使用跑胶来鉴定,也鉴定不出来,最可靠的就是采用单酶切的方法切两次,建议试试。
        给你几点建议:

        1.pcr产物做TA克隆,再酶切下来继续做下面的克隆,这样你的目的片段的量多可以保证你多次重复实验使用,一举两得;

        2.建议你的载体取少量分别做单酶切,这样可以鉴定是否两个酶都可以切开;

        3.你的载体双酶切后建议你做个载体的自连对照,和连入目的片段的同时转化,这样可以排除长出的克隆是不是你的载体自连;
        luster888 wrote:
        总结教训,你直接拿PCR产物测序,看扩到目的基因了吗,找到了自己要的基因再连接不迟。
        测序了,Forward测出来的没问题,Reverse测出来的不行。老板说不测序,继续往下做。
        Reverse primer是他设计的,而且要求不能换。(我已经回国了,那个课题我没再继续做了,因为我感觉我做不出来,我就跑了。呵呵。)
        1.你用neb 的t4 室温(有空调)30min以上 排除连接问题
        2.载体双酶切你必须保证 两个酶是否能同时用 不能的话 你有没有分开切
        3.pcr产物酶切后回收

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