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        【求助】发现一种新蛋白,通过CO-IP验证了与已知通路里的一个蛋白相作用,实验接下来应该如何设计呢?

        丁香园论坛

        1346
        芯片发现一种新蛋白,前期甲基化,功能实验等已验证其是一种抑制肿瘤转移的基因,现在想研究其信号通路,并已通过CO-IP验证了与一条已知通路里的一个蛋白相作用,实验接下来应该如何设计更有意义呢?
        1. 用另一蛋白的siRNA转染细胞后,看你的新蛋白的抑制肿瘤转移的功能是否受影响,另外,看新蛋白的表达(mRNA and protein levels)是否受影响。
        2。另一蛋白有无抑制剂或激动剂,如有处理细胞后,做类似的上述实验。
        3。另一蛋白的已知上游调控蛋白是否已知?如是,用该蛋白的siRNA或抑制剂看是否你的新蛋白-另一蛋白的co-IP binding是否受影响。
        4。co-IP 技术并不能证明两种蛋白是直接binding,所以还需要其它的技术来证明是否是直接作用。
        先说这么多吧,但愿我这烂砖能抛来大玉。
        good luck!
        是否可以尝试将你初步鉴定的这个新蛋白和与肿瘤转移相关的pathway联系起来,既然已经通过co-IP找到了一个蛋白,那么这个蛋白的功能是否已知?是否可以破坏两者的结合然后检测功能变化?
        愚见
        memoday wrote:
        是否可以破坏两者的结合然后检测功能变化?

        good idea!但是怎么实现“破坏两者的结合”,因为这个问题理论上说很简单,但是做起来不容易,抑制两者结合的抑制剂,一般市场上不会有(尤其是对新蛋白),预测也很难。

        本文由丁香园论坛提供,想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你,都可以成为师兄的好伙伴

        师兄微信号:shixiongcoming

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