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        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

        丁香园

        10331

        做分子生物学和生物化学实验的同胞们,每天不跑个几块蛋白胶都不好意思说自己做了实验。

        蛋白胶跑完后,有时我们只需要用肉眼对结果进行分析,而有些时候,则需要借助软件。最常用的电泳条带分析软件非 Quantity One 莫属了。

        笔者曾请教过实验室的各大师兄师姐,结果无一例外大家都是靠 「肉眼分析」,没办法,笔者只好自己摸索着学习。现在,笔者手把手教你如何用 Quantity One 计算电泳条带的分子量,师兄师姐们也来看一看噢。

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        打开 Quantity One 软件,界面如下:

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

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        打开图片:点击 File—Open,或者点击 File 下的打开按钮,随后在窗口空白区域单击鼠标左键,弹出文件窗口,选中需要打开分析的电泳图片(注意:图片必须是 TIF 格式,如果是其他格式的图片,可以用 PS 进行转换;若电泳图片不是黑白,则会自动转为黑白),即可将图片打开

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

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        创建泳道:选择 Lane—Auto Frame Lanes,这时,如果电泳图片比较标准,软件就会自动识别出每条电泳泳道的位置,并将各个泳道用一条红线标出来;如果对软件自动标记的泳道不满意,可以通过 Lane—Edit Frame 下级各个子菜单提供的诸如 Add Anchors,Move Frame 等功能对泳道进行调节,确保红线通过泳道的中心路径;

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

        然而不是所有电泳图片的泳道都能被自动识别,在不能自动识别的情况下,就需要手工绘制电泳泳道,方法和上面一样。选择 Lane—Single Lane—Creat Lane,将鼠标移至打开的图片中,这时鼠标后面会有一个绿色的加号。选择一个 marker 泳道和需要计算分子量的泳道,每个泳道从上至下地创建,创建时注意在每个泳道条带的正中间开始创建,减少电泳时条带不整齐对结果计算的影响,并且创建的泳道线一定要垂直。

        <4>

        电泳条带的识别:识别方式同样分为自动识别和人工识别。

        自动识别的时候选择 Band—Detect Bands,这时会弹出一个 Detect Bands 的对话框。在 Detect Bands 对话框中有多个选项,可以依据实验需要进行调整。如果要自动识别所有 Lanes 上的 Bands 就选 Lands 后面的 All 选项;如果仅仅想自动识别某一条 Lane 上的 Bands 就选 One,然后在后面的框中填上想识别的泳道号码。

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

        人工识别:选择 Band—Create Band,创建每个泳道中条带的位置。将鼠标移动至图片位置,鼠标后面同样出现绿色加号,用鼠标依次点击 marker 的条带位置。最后点击你所测定的目的条带。泳道中创建 Band 时也要在条带的中间位置创建,以免电泳时加量过多使跑出来的条带过宽,进而影响测定结果。

        <5>

        Marker 的创建:选择 Match—Standards,点击 New Standard,输入所创建 marker 的名称,并依次输入 marker 的分子量(KDa 栏)和所对应的名字(Name 栏),点 Archive 保存。

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

        再次点击 Match 菜单,选中刚编辑的 marker 名称,弹出所编辑的 marker 列表。点击列表左侧 Type1 所对应的箭头,再到图中所对应分子量的 marker 泳道中点击一下,此时 marker 泳道就自动产生了。

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

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        标准曲线的创建:点击 Match 菜单,选择 Standard Curve,然后点击 marker 泳道条带 1 所在位置,弹出对话框,选择 Point To Point 点对点半对数的形式曲线,对话框右边选项全选,这时就创建好了 marker 的标准曲线了,所对应的分子量会自动生成。

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

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        分子量测定:随后点击需要测定泳道的条带,分子量就会自动计算出来。

        手把手教你用 Quantity One 计算电泳条带的分子量

        【注意事项】

        使用 Quantity One 计算分子量对于所跑的电泳胶的质量要求非常高,所以在跑电泳时需格外注意,同时对样品的纯度要求也极为苛刻。

        作者:丁香园论坛

        封面:全景网

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