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        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

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        想必大家对聚类热图 Heatmap 并不陌生,聚类热图是我们展示基因芯片或测序结果比较常用的方式,可以直观地反映样品间的相似程度。

        根据基因在各个样本中的表达量绘制的聚类热图,用颜色深浅来代表基因表达量高低。

        目前绘制热图的工具很多,像 MATLAB 、MeV (Multiple ExperimentViewer)、GraphPad Prism、R 语言的 Heatmap 等等。

        今天介绍两种简单的工具 ——Excel Heatmap Illustrator,助你绘制想要的热图。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        图中每一列代表一个样本,每一行代表一个基因在不同样本中的表达程度


        一、利用 Excel「条件格式」——「色阶」功能制作热图


        1. 首先在 Excel 中输入自己的原始数据,像下图。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        2. 选中所有数据,在顶端目录中选择「条件格式」中的「色阶」的「其他规则」。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        3. 基于样式选择「三色刻度」,之前的样本是数字,所以对应的类型栏中都改为「数字」,由于原始数据都在 0 - 10 之间,可以将「最小值」,「中间值」和「最大值」设置为 0,5,10。

        颜色设置可以随意选,但是建议深浅适宜。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        4. 于是得到这样。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        5. 选中数据,鼠标右键选择「设置单元格格式」,「自定义」将类型改为「#,」去掉样本数值,便得到如下简单的热图。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        二、利用 Heatmap Illustrator 工具制作热图


        Heatmap Illustrator 简称 Heml,功能主要就是绘制热图。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        PS:下载软件网址为 http://hemi.biocuckoo.org/down.php,提供 windows/Linux/Mac 版本,点击直接下载。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

        Heatmap Illustrator 主页面


        1. 下载后打开界面如下图。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        2. 点击 File-Load 将原始数据 txt 或 Excel 版本导入,选择 Select All 所有数据默认是不显示 X 轴和 Y 轴标题的,如果需要,可以指定哪一行是 x 轴,哪一列是 y 轴。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        3. 先点击 DEMO,选择喜欢的色系和展现形式,目前 Heatmap Illustrator 有以下几种展现形式。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制

        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        4. 若以第一种展现形式,我们来导入原始数据,数据和之前的 Excel 作图是一样的,导入数据后点击 Finish,自动生成热图如下,相同的数据做出来的效果图看着是不是比 Excel 高端大气上档次?


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        当然我们现在就可以自由的修改这个 heatmap 了,包括 X 轴,Y 轴,字体,整个图片旋转,边距等等,基本的需求都能满足,记住每次修改后都需要点击 REFRESH 进行刷新喔。

        是不是感觉热图的绘制很简单,有木有?

        当然绘制入门不难,关键是审美和细节的把控,对 Heatmap Illustrator 感兴趣的同学可以阅读下面 PLoS ONE 的论文,未来有机会一起学习更高阶的热图绘制喔。


        不用 R 语言,学会这两招,科研小白也能轻松搞定聚类热图的绘制


        图片来源:作者提供

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