PCR引物设计

今天发现了一个很好的网上PCR引物银行：http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/里面有超过18万种引物序列，你只要输入基因针对的ID号（可以通过NCBI查询），这样就能得出引物序列。甚至你也可输入基因的名称，或蛋白质的名称，或者对应的Locallink都可以查到。目前引物主要针对人和小鼠的，今后将拓展到其它物种，如大鼠等。它的引物成功率达到99%，强烈推荐！这个数据库的引物设计的规则 ...

我用primer premier设计的引物,但是好像有错配.1ctctccaaga agactcagcc agacccactc cagctccgac cctaggagac cgacctcctc61 cagacggcag cagccccagc ccagtggaca accccaggag ccaccacctg gagcgtccgg121 acaccaacct ccgccccgag accgagtcca ggctccggcc gcgcccctcg tcgcctctgc181 ac ...

真郁闷啊，一个目的基因扩增了3个月也没出来，换了好几个引物，都是文献上的，结果不是产物bp数不对，就是目的条带超暗还有非特。一咬牙，决定赶鸭子上架自己设计一把，结果用primer premier 5.0设计出来的引物，一个90分以上的都没有，也没有错配、发夹等全“NONE”的结果出现，拿分值最高的去OLIGO验证，实在很不理想。当然我知道不可全信软件，但是总得找个让自己信服的根据吧。唉，老板天天对我叹气，说你什么时候能给我个 ...

我是新手，对设计引物还不太熟悉，下游CG含量高，没办法下手，麻烦大家帮我看一下部分DNA序列如下：1 actgaacttc acagggcaag gggagcccga ctccattcgc tgtgacacac gagcggagct61 gctgtcaaag ggctgcccag ctgatgacat catggaaccc aagagcctcg ctgagacccg121 ggacagccag gcgggcagtc ggaagcagct gtccccacag gaag ...

以下是primer3自动得到的引物，请高手指导，在线等。大写字母为外显子，小写的为内含子。谢谢！！！！OLIGO start len tm gc% any 3' seqLEFT PRIMER 501 20 61.99 55.00 6.00 2.00 AGCCTGGCCAACGTGTCTATRIGHT PRIMER 1026 22 59.42 36.36 2.00 0.00 tcgttgctgtttttctgttttcSEQUENCE SIZE: 1250INCLUDED REGION SIZE: 1250PRODUCT SIZE: 52 ...

我做的是人巨细胞病毒gB基因，序列如下ccgcggccgtctcgggtgtcttcagggagccgcaccgaccttggctgccaagtccgtatccctcctcctcgactgcgggtgtttcccggagggtccgcgcgacacgcaagagaccacgacgcgcctcatcgctgctggatttggcccgcgacgaacatggaatccaggatctggtgcctgg ...

我在ncbi的gene中找我要的基因cDNA，没有找到大鼠的基因，请问我可否用小鼠的基因或人类的基因来代替，如果代替的话，会出现什么问题？我把该基因的CDs序列放上来，能否帮我看看引物设计成什么比较好。atggaac tgaaaatctg acgacatctc tcattaataa601 cacgtgtcat gacacaattg atgaattccg aaatcaagta tactccacta tgtattctgt661 gatctctgtt ...

ttattttcag tgatagtttc里是从网上钓出的一个基因的全长，我的两对能否用？第一对Forward:ATG TAT TTT CAG AGT GGC ACT GInverse:CTA TCA CTG GCG GAC CCC TAA第二对：上游TATGGCCACAAAACTTCAAT下游 ctatcactggcggaccc请问这两对引物可以用吗？谢谢！

我设计了一对引物，用几个不同的软件检测，评价不一，能否有谁帮我检查一下？我的序列为：gcccgtacac accgtgtgct gggacacccc acagtcagcc gcatggctcc cctgtgcccc61 agcccctggc tccctctgtt gatcccggcc cctgctccag gcctcactgt gcaactgctg121 ctgtcactgc tgcttctgat gcctgtccat ccccagaggt tgccccggat gc ...

有关甲基化引物的帖子版内已经很多了，但是同一种基因有多种引物，各引物的反应条件又多有差别，开此帖的目的一半是为了私心，想让大家帮我看看结果，出出主意，另外也是为了增进大家的交流，减少像我这种新手在摸索过程中所走的弯路。先抛砖引玉一下，自己最近做p16.PTEN和MGMT三种基因的MSP：p16甲基化引物上游为5′- TTATTAGAGGGTGGGGCGGATCGC -3′，下游为5′- GACCCCGAACCGCGACCGT ...

我刚接触引物设计，希望大家热心帮忙。我从ncbi中找到一些微卫星序列，用pp5.0设计引物，好像根据引物设计原则，都找不到好的引物。不知道是不是在参数的设计上有什么规定，还是有什么窍门。请高手指教。提供几段序列，请高手作为例子帮忙讲解一下如何设计引物扩增重复序列。1 ggtggtggtg ctgtgagtta tacaagaccc agtaggaagc agcggcaggc agtattattt61 cagtggtttg agccaaaact ...

测序结果常见的几个问题 1 、 为什么开始一段序列的信号很杂乱，几乎难以辨别?这主要是因为残存的染料单体造成的干扰峰所致，该干扰峰和正常序列峰重叠在一起；另外，测序电泳开始阶段电压有一个稳定期，所以经常有20-50 bp 的紧接着引物的片段读不清楚，有时甚至更长。2 、 为什么在序列的末端容易产生 N 值，峰图较杂?由于测序反应的信号是逐渐减弱的，所以序列末端的信号会很弱，峰图自然就会杂乱，加上测序胶的分辨率问题，如果碱基分不开，就会产生 N 值，正常情况 ...

上游引物 5’－GGAA CCAGTTCGTC CCCAGCCAA -3’下游引物 5-CACCAAAGTCCCAGGAGGCCG-31 cggcctcaac aacgtccctt actccgccaa gagcagctat gacctgggct acaccgccgc61 ctacacctcc tacgctccct atggaaccag ttcgtcccca gccaacaacg agcctgagaa121 ggaggacctt gagcctgaaa ttcggatagt gaacg ...

Homo sapiens v-my... LinksLOCUS NM_005378 2458 bp mRNA linear PRI 21-DEC-2003DEFINITION Homo sapiens v-myc myelocytomatosis viral related oncogene,neuroblastoma derived (avian) (MYCN), mRNA.ACCESSION NM_005378VERSION NM_005378.3 GI:34147496ORIGIN1 ctccggtgtg t ...

Primer designThe gene of interest usually has to be amplified from genomic or vector DNA by PCR (polymerase chain reaction) before it can be cloned into an expression vector. The first step is the design of the necessary primers.Important features are:Primer sequence. Especially the 3'-end of t ...

我需要设计引物,将两条片段用45bp的linker连起来, 并且在片段2的3’端加上30个bp 的tag和两个酶切位点,我已经被困惑了很长时间,希望有高手帮帮忙,非常感谢!片段1:5’ACCATGGCTGTCTTGGGGCTGCTCTTCTGCCTGGTGACATTCCCAAGCTGTGTCCTATCCCAGGTGCAGCTGAAGCAGTCAGGACCTGGCCTAGTGCAGCCCTCACAGAGCCTGTC ...

拟扩增408位至3533位，插入真核表达载体pCAGGS扩增，请高手帮忙设计引物，指点一下不胜感激！1 agaagtttat ctgtgtgaac ttcttggctt agtatcgttg agaagaatcg agagattagt61 gcagtttaaa cagtttttta gaacggaaga taaccatgac taaaaaacca ggagggcccg121 gtaaaaaccg ggctatcaat atgctgaaac gcggcctacc ccg ...

准备用RT-PCR扩Sema3b（NM_004636） .1 gggcgggggc tgcttcttaa aggagccgtc agagggtccc cagcggcccc agggtgggaa61 ggggccagag tggagagatg ctgctgcgga agtcctcggt ggagtgtgag aaggcagcca121 gtgttggcct ggaagacctc tagaacctga gaagaggcag cgatcctggg gcagagtcca181 gggca ...

我在克隆一个基因，以前的师姐做出来了，由于找不到原来的引物，我又重新设计，前后设计了两引物，用primer5检测都很好，就是P不出来，请各位高手指教，究竟哪里出了问题。附上我的基因mRNA及我所设计的引物，反应参数等条件。mRNA序列：其中CDS在315－5871 ctgcgcagat gaggggagac tcgtcaccag gcgtgcagtg ggcactgctg ggctccccca61 tcccgtccta acccggaaca g ...

我现在急需做试验，但是我的引物还没有设计出来，所以万分着急。我想做XIAP 的RT-PCR，我现在找到它的mRNA序列为1 gaaaaggtgg acaagtccta ttttcaagag aagatgactt ttaacagttt tgaaggatct61 aaaacttgtg tacctgcaga catcaataag gaagaagaat ttgtagaaga gtttaataga121 ttaaaaactt ttgctaattt tccaagtggt agtc ...