PCR引物设计

焦锋，楼程富（浙江大学蚕学系，杭州 310029）摘要：综述了RAPD技术的一些理论性问题，包括RAPD与其它分子标记技术相比的优点，影响结果重复性的因素，显性标记产生的原因，条带取舍的标准等。提出在实验中解决这些问题的一些方法：严格控制反应条件，采用单倍体和单剂量标记，系统学研究中要结合其它方法进行分析，定位基因时要选用合适的群体等。 1 RAPD技术原理及特点 　　1．1原理RAPD（Rand ...

焦锋，楼程富（浙江大学蚕学系，杭州 310029）摘要：综述了RAPD技术的一些理论性问题，包括RAPD与其它分子标记技术相比的优点，影响结果重复性的因素，显性标记产生的原因，条带取舍的标准等。提出在实验中解决这些问题的一些方法：严格控制反应条件，采用单倍体和单剂量标记，系统学研究中要结合其它方法进行分析，定位基因时要选用合适的群体等。 1 RAPD技术原理及特点 　　1．1原理RAPD（Rand ...

Primer Premier4.0是由加拿大的Premier公司开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，和Plasmid Premier2.02一起是该公司推出的最新的软件产品。其主要界面同样也是分为序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。这里我们主要介绍其引 ...

1)直接加90-100μl纯化缓冲液于1.5ml离心管，再加入30～300μl PCR反应物，Vortex混合；2)加入1ml树脂轻轻Vortex 3次，每次间隔1分钟；3)将取出拉杆的注射器筒（3ml）装在纯化柱上，加入上述DNA与树脂混合液，然后装上拉杆，慢慢将混合液推进纯化柱内；4)卸下注射器筒，拔出拉杆，再将注射器筒装上纯化柱，加2ml 80%的Isopropanol（异丙醇） 然后装上拉 ...

1)直接加90-100μl纯化缓冲液于1.5ml离心管，再加入30～300μl PCR反应物，Vortex混合；2)加入1ml树脂轻轻Vortex 3次，每次间隔1分钟；3)将取出拉杆的注射器筒（3ml）装在纯化柱上，加入上述DNA与树脂混合液，然后装上拉杆，慢慢将混合液推进纯化柱内；4)卸下注射器筒，拔出拉杆，再将注射器筒装上纯化柱，加2ml 80%的Isopropanol（异丙醇） 然后装上拉 ...

从RNA到电泳鉴定一、RT-PCR原理：提取组织或细胞中的总RNA，以其中的mRNA 作为模板，采用Oligo（dT）或随机引物利用逆转录酶反转录成cDNA。再以cDNA 为模板，用VI 型胶原蛋白的α1 链的编码序列的特异性引物进行PCR 扩增，而获得目的基因或检测基因表达。RT-PCR 使RNA 检测的灵敏性提高了几个数量级，使一些极为微量RNA 样品分析成为可能。该技术主要用于：分析基因的转 ...

1.引物是如何合成的？目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种 主要都是由ABI/PE 公司生产，无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。申能博彩公司采用的合成仪主要机型为ABI3900高通量合成仪，合成长链主要采用Beckman 1000M和PE8909 DNA合成仪，引物修饰和高OD数合成采用ABI394等。 ...

5.需要什么级别的引物？答：引物常用的纯化方式C18脱盐，OPC纯化，PAGE纯化，HPLC纯化。根据实验需要，确定订购引物的纯度级别。应用 引物长度要求 纯度级别要求一般PCR扩增 OPC 45 base PAGE诊断PCR扩增 OPC PAGEDNA测序 20base左右 OPC亚克隆，点突变等 根据实验要求定 ...

11.引物（含修饰）的分子量是如何确定的？答：非修饰的引物的Molecular Weight在随引物提供的报告单上都有明确的标示。如果需要估计一个引物的分子量按每个碱基的平均分子量为324.5，引物的分子量=碱基数 x 碱基的平均分子量。或按下列公式计算MW= (NA * WA) + (NC * WC) + (NG * WG) + (NT * WT) +(Nmod * Wmod) ＋（Nx * W ...

17.长链引物为什么出错的几率非常高？答：引物合成时，每一步反应效率都不能达到100%，产生碱基插入，缺失，置换突变的因素客观条件都有一直存在。引物链越长，突变的频率累加起来就越高。研究人员总希望合成的引物万无一失，这种心情可以理解。但是犹如PCR扩增，不可能绝对保证扩增产物中没有突变，引物合成也不可能保证100%正确。要知道，引物合成中发生错误（非人为因素）的频率，比任何高保真高温聚合酶PCR扩 ...

25.用软件设计的引物为什么不管用？答：引物是否好用，能否扩增出您需要的引物，与是否用软件设计没有太多的关系。引物设计有一定的指导意见，软件就是根据这些要求设计而成。不要迷信软件给您设计的引物，软件中一些参数您可能不明白，弄错了反而麻烦。其实，PCR扩增的成败最关键的是反应模板的制备和反应条件的控制。软件设计最大的毛病是，有时判断为该基因没有一段区域满足标准引物的要求。有时，我们需要扩增一段基因片 ...

O. Henegariu N.A. Heerema S.R. Dlouhy G.H. Vance and P.H. Vogt Indiana University Indianapoils IN USA and Heidelberg University Heidelberg Germany 摘要： 多重 PCR 通过在同一个反应中同时完成多个基因的扩增成为临床与基础研究领域中一种简便快捷的筛选检 ...

多重 PCR反应的基本原理 DNA 引物（步骤 1 和 2 ） . 引物的选择遵从简单的规则：引物长度为 18-24bp 或更长， GC 含量为 35%-60% ，退火温度 55 ℃ -58 ℃或更高。长些的引物（如 DMD 基因的引物， 28-30bp ）使反应在更高的退火温度下进行并产生较少的非特 异性产物。使用软件 Primers 1.29( 从 ftp.bio.indiana.edu 下载 ...

多重 PCR反应循环条件的优化延伸温度（步骤 5 ， A-C ） . Figure 2c 展示了当加入相等量 (0.4 μM each) 的四种用于扩增 Y 染色体上不同基因的引物进行多重 PCR 时，用程序 A 和程序 B 扩增得到的结果 (Table 2) ，程序 B 有更高的延伸温度 (72 ℃ ) 和更长的退火和延伸时间。总的来说，用程序 A 对 Y-1 Y-undefined 和 Y-4 的扩增得到了 ...

琼脂糖凝胶与聚丙烯酰胺凝胶 琼脂糖 . 长度彼此相差 30�40bp 的多重 PCR 产物在通常使用的 SeaKem 或 NuSieve(FMC BioProducts) 3% 的琼脂糖凝胶可以很好的区分开。在低电场强度下过夜电泳可以优化每个 PCR 产物条带的电泳效果，特别是当 PCR 产物小于 400�500 bp 时。 聚丙烯酰胺凝胶 . 为了分离长度仅差几个 bp 的 PCR 产物（例如微 ...

This method was submitted by Jim Hutchins from the University of Mississippi Medical Center. The following is a great RT-PCR protocol developed by Ignacio Rodriguez at the National Eye Institue NIH. H ...

一般PCR仅应用一对引物，通过PCR扩增产生一个核酸片段，主要用于单一致病因子等的鉴定.多重PCR(multiplex PCR)，又称多重引物PCR或复合PCR，它是在同一PCR反应体系里加上二对以上引物，同时扩增出多个核酸片段的PCR反应，其反应原理，反应试剂和操作过程与一般PCR相同. 多重PCR的主要用于多种病原微生物的同时检测或鉴定和病原微生物，某些遗传病及癌基因的分型鉴定。多种病原 ...

This method was submitted by Jim Hutchins from the University of Mississippi Medical Center. The following is a great RT-PCR protocol developed by Ignacio Rodriguez at the National Eye Institue NIH. H ...

George Church Lab Harvard Medical SchoolPCR_protocol.html"http://twod.med.harvard.edu/labgc/estep/longPCR_protocol.htmlEfficient Long PCR results from the use of two polymerases: a non-proofreading po ...

引言 　　聚合酶链反应PCR使不同来源的特异核酸片段的分离及分析发生了革命，但应用PCR分 离，分析特定DNA区域需要了解靶区域的边侧序列，这使扩增局限于已知DNA序列。我 们研究了从复杂的人和其他种DNA混合物中扩增未知DNA序列。特别是，我们应用PCR 分离出了在啮齿类细胞背景中含有人染色体片段的体细胞杂合体中的人DNA。使存留 在杂合子中的人特异区域序列得到分离和鉴定，避免了克隆DNA库和用 ...