RNA试验基础

miRNA 是一种既可爱又可恨的小东西，它们深居简出，它们飘忽不定，它们似乎总是在和我们捉迷藏，当我们费尽力气以为即将要将它们掌控的时候，它却又顽皮的从我们的指缝中溜走，而我们却又毫无办法。同学莫怕，TIANGEN 即将上市的最新产品 miRcute 增强型 miRNA cDNA 第一链合成试剂盒 (KR211) 与 miRcute 增强型 miRNA 荧光定量检测试剂盒 (SYBR Green)(FP411) 这对黄金搭档轻松解决所有问题，反转加 A 一步完成，高灵敏度检测试剂让 ...

环状 RNA（circular RNAs,circRNA）是一类具有闭合环状结构的 RNA 分子，早在 20 世纪八十年代即有研究报道，但由于其表达丰度低，文献报道较少，一直被认为是 RNA 转录剪切的罕见错误而被忽视。直到 2012 年开始有研究者开始大批量鉴定 circRNAs，从古生菌、线虫、小鼠和人类细胞鉴定出大量 circRNAs，揭示 circRNA 大量存在于真核转录组中，是细胞基因表达的一个普遍现象，并可能发挥重要的生物学作用。进一步研究表明 circR ...

随着表观遗传学研究的不断深入，组蛋白修饰（甲基化，乙酰化，磷酸化…）和 DNA 甲基化修饰相关的高水平研究成果如雨后春笋般涌现，遍布 Nature, Cell 和 Science 等期刊杂志。在分子生物学的中心法则中，遗传信息从 DNA、RNA 流向蛋白。基因组 DNA 和组蛋白上都存在可逆的表观遗传学修饰，这些修饰可调控基因的表达，并由此决定细胞的状态，影响细胞的分化和发育。不禁让人疑问，那么 RNA 上也存在类似的调控机制吗？近两年，科学家们首次发现了一种可逆性的 ...

实验原理TP53 是重要的抑癌基因。在多种肿瘤中都能发现 TP53 基因突变及功能丧失。我们将针对 TP53 基因设计的靶点构建到 pCas9/gRNA1 载体，转染 293T 细胞，构建了 TP53 基因敲除 293T 细胞系。1、本实验基因敲除原理：pCas9/gRNA1 载体表达 gRNA 和 Cas9 蛋白。将靶点序列克隆到 pCas9/gRNA1 载体上，gRNA 将诱导 Cas9 蛋白对靶点 DNA 进行切割，造成 DNA 断裂。细胞通过邻端连接 ( nonhomologous end-joining) 修复重新连接 DNA， ...

案例：通过 RNA 测序分析帕金森病中白血球的长链非编码 RNA 及选择性剪接的调控背景：人类寿命的延长伴随着神经退行性疾病的发病几率的增加，因而价格不贵的血液诊断的发展迫在眉睫。通过 RNA-seq 分析血液细胞的转录本是发现新的生物标志物的非常高效的途径。目的：利用 Illumina 测序平台对帕金森病人白血球中 lncRNAs 进行分析，探讨其对 mRNA 选择性剪接的调控机制。结果：通过对帕金森病人的 RNA-seq 结果分析发现，在白血球中有 6000 个以上 ln ...

案例：应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）的基因图谱背景：常见的变异型免疫缺陷综合症（CVIDs）是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高，大概 5% 的病人是由基因改变引起的。目的：利用 Illumina HiSeq2500 和 HTSeq 测序平台对 CVIDs 进行全基因组及转录水平的研究，揭示并绘制 CVIDs 的信号调控图谱。结果：通过对 CVIDs 基因组和转录组进行测序和综合分析发现， TNFR ...

案例：以结肠癌，卵巢癌，特发性肺纤维化及正常的人组织为例探讨 circular RNAs 的富集与增殖的相关性背景：最新研究表明，circular RNAs 大量存在，是构成生物体 RNA 网络的一部分，而且研究者们推测 circular RNAs 与 miRNAs 一样具有生物学功能。目的：利用 Illumina 测序平台对细胞增殖速度不同的样品（正常组织和细胞，不同肿瘤组织和细胞，非肿瘤疾病组织和细胞）的 circular RNAs 进行分析，探究 circular RNAs 的富集与 ...

通过深度测序分析乳腺癌中microRNA的序列和表达 背景： microRNAs 调控很多对肿瘤发生非常重要的基因。乳腺癌中很多 microRNAs 是下调的，但系统的乳腺癌中 microRNA 的表达分析还没有被报道。

长链非编码 RNA(long noncoding RNA，lncRNA)指的是转录本长度在 200-100000 nt 之间的 RNA 分子，它们不编码蛋白，位于细胞核或胞质内，具有保守的二级结构。研究显示，lncRNA 并非以前所认识的那样没有功能，它可与蛋白质、DNA 和 RNA 相互作用，通过多种机制（如基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA 降解和翻译调控等）在多种层面上（如表观遗传学、转录调控及转录后调控等）调控基因的表达水平。lncRNA 参与多 ...

血液中 miRNA 的组成血液中的 miRNA 到底是从何而来? 要往哪里 去? 这些 miRNA 的生理功能是什么? 以上这三个问题是很多研究人员关心的问题，事实上这些问 题目前并没有很明确的答案，我们知道 miRNA 是 内生性的短片段 RNA，长度约 17 到 23 核苷酸， miRNA 可以藉由和信息 RNA（mRNA）结合诱导 信息 RNA 的降解，进而调控信息 RNA 和相对蛋 白的表现。根据一些论文的揭示 1 和实验室实际的 操作经验显示，正常人的血液中 miRNA 的含量是 极微量的，但是在病人和检体制备不佳的血液样 本中却可抽取 ...

zhao5741321 谁能帮我解释一下 反义转录本是什么意思 ~谢谢小超123 可以百度搜一下！呵呵zhujoker 人的基因组的大量区域都被转录，其中绝大多数转录本涉及非编码RNA。有些基因组位点的正反两链都转录，形成顺式天然反义转录本对。也有两个转录本编码于基因组不同位点，但在序列上互补，形成反式天然反义转录本对。天然反义转录本对可以在转录、剪切、及翻译等多个层次起到调控作用。鼠标顺便提醒一下楼上的帅哥，都硕士博士了还什么 ...

flower1946 菜鸟求助各位大虾，要做miRNA的实验，现已知可以查某个特定miRNA的有哪几个调节靶点，那反过来，如果要查调节某个特定蛋白（如MMP-7）的miRNA，该如何查呢？谢谢！zhujoker 可以使用targscan等软件啊，其实现在很多网站都有了，包括sigma也有一些预测flower1946 感谢楼上295546 TargetscanmiRdb本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及 ...

sahalafeisha 我们之前在动物模型中检测microRNA方法用SYBR方法，没有用Taqman方法，内参用得是5s，现在想在细胞上作实验，仍然是先提取microRNA，再加尾POLYA，再反转录，然后SYBR方法PCR，是不是还可以继续用5s作内参，还是必须得换成U6，如果要换的话，求U6引物序列及方法，多谢各位高手～willion1985 还可以继续用5s作内参驼走西域 求5s 逆转录和RT-PCR上下游引物本文由 ...

nvonne 我在做靶基因预测时，有一个靶基因是NCR3（ ENST00000376069），但是我在NCBI中查找时，NCR3的几个mRNA形式都和这个号不同，怎么回事呢？请高手帮忙！非常感谢！forest22939 Do u use the microchip to predict the target gene? If in this case, ask the tech support , suppose it is an error.mrliuw ENST00000376069，这个ENST应该是ENSE ...

xan36 本人刚用了提poly(A)尾RNA的盒子提了mRNA，扩了内参（b-actin），有条带，但不知道怎么样才能证明就是mRNA，求高手指点wlh0369 能不能跑一下PAGE胶，看看条带位置啊？xan36 谢谢您的回复~~跑了普通的0.7%非变性琼脂糖凝胶电泳，但出来了三条带，跟totalRNA 的位置相似xan36 wlh0369 wrote:能不能跑一下PAGE胶，看看条带位置啊？谢谢您的回复~~跑了普通的0.7%非变性琼脂糖凝胶 ...

曹会 我看文献中有利用anti-miR miRNA inhibitor也有 mi-RNA inhibitor 哪位帮忙解释一下两者有何区别区别baby_susan Anti-miR? miRNA InhibitorsAmbion? Anti-miR? miRNA Inhibitors are chemically modified, single stranded nucleic acids designed to specifically bind to and inhibit endogenous microR ...

曹会 各位大侠帮忙指点一下，我打算做miRNA的实验，试剂商有 miRNA mimic 和Pre-miR? miRNA ,不知道两者有什么区别，如果订购试剂的话 哪家的性价比较高，转染试剂用的是什么啊 ，希望有关miRNA给点建议，谢谢！！！！！！！！！！奇志 加我qq1787361906baby_susan miRNA mimic 模拟生物体内源的miRNAs，运用化学合成的方法合成，能增强内源性miRNA的功能。Pre-miRNA是对应miRNA的前体曹会 baby ...

jiaojiaoliu922 前些日子根据miRNA芯片结果，挑选了几个miRNA做验证。订了ABI的taqman探针，到货后做预实验，出现问题：realtime PCR的结果：内参RNU48的cycle数在22左右；有一个miRNA的cycle数在20左右；其他几个miRNA的cycle数都在35。预实验做了两遍，都是这种情况。请大家帮忙分析一下情况。指点一下后面该怎么做。谢谢！吴佰霖 内参RNU48的cycle数在22 ...

valerie2011 各位园友大家好我在一个靶基因库中查到miRNA-28-5p的靶基因有IKBKB，在pubmed中查到IKBKB also known as IKK2,IKKB,NFKBLKB,FLJ33771,FLJ36218,MGC131801等。但我在有的靶基因库中查到的靶基因是FLJ38028,或是FLJ36031，MGC35097，想请教一下，FLJ后面的数字代表什么啊？ 是表示基因序列长度吗？在pubmed上面查FL ...

字友梅 我在建立过表达细胞模型的时候，重组质粒构建好经测序是完整的目的基因，可是转到靶细胞，RT-PCR产物经测序少了86个碱基，我考虑是RNA剪接，可做western blot验证却有目的条带，且明显过表达了，我想问下大家有见过这种情况吗，我觉得基因水平都少了，怎么蛋白还有表达呢，请高手们指点迷津。谢谢！字友梅 怎么都没人理我呢，自己顶下吧zhujoker 这种情况只能说明你的载体的问题？RT-PCR产物经测序少了86个碱基， ...