DNA基础知识

DNA片段的克隆需要合适的载体，载体或是质粒，或是噬菌体，或是病毒，通常大多经过人工改造一、质粒常用的有pBR322，pUC系列质粒等。（一）pBR322质粒是4362bp的环状双链DNA载体，有2个抗药性基因（四环素和氨苄青霉素），一个复制起始点和多个用于克隆的限制酶切点。当缺失抗药性基因的大肠杆菌被pBR322成功地转化时，它便从该质粒获得了抗生素抗性。两个抗生素基因中均含供插入外源DNA用的 ...

第一课 色谱法概述 色谱法是一种重要的分离分析方法，它是利用不同物质在两相中具有不同的分配系数(或吸附系数、渗透性)，当两相作相对运动时，这些物质在两相中进行多次反复分配而实现分离。在色谱技术中，流动相为气体的叫气相色谱，流动相为液体的叫液相色谱。固定相可以装在柱内，也可以做成薄层。前者叫柱色谱，后者叫薄层色谱。根据色谱法原理制成的仪器叫色谱仪，目前，主要有气相色谱仪和液相色谱仪。色谱法的创始人是 ...

第七课 液相色谱仪 气相色谱法是一种很好的分离、分析方法，它具有分析 速度快、分离效能好和灵 敏度高等优点。但是气相色 谱仅能分析在操作温度下能汽化而不分解的物质。据估 计，在已知化合物中能直接进行气相色谱分析的化合物 约占15％，加上制成衍生物的化合物，也不过20％左右。 对于高沸点化合物；难挥发及热不稳定的化合物、离子 型化合物及高聚物等，很难用气相色谱法分析。为解决 这个问题，70年代初发展 ...

第十一课 离子色谱法 离子色谱法 离子色谱法是利用离子交换原理和液相色谱技术测定溶液中 阴离子和阳离子的一种分析方法。离子色谱是液相色谱的一种。离子色谱是利用不同离子对固定相亲合力的差别来实现 分离的。离子色谱的固定相是离子交换树脂，离子交换树脂是苯乙烯- 二乙烯基苯的共聚物。树脂核外是一层可离解的无机基团，由于可离解基团的不同，离子交换树脂又分为阳离子交换树脂和阴离子交换树脂。当流动相将样品带到 ...

Modified Yeast Transformation Inoculate cells from an overnight culture into 50 ml YEPD and incubate at 30°C with shaking. Typically add 0.1 to 0.2 ml saturated culture in the evening to get an of OD6 ...

1：要注意每次做感受态要摇过也菌，最重要的是在摇菌的过程千万不要被污染。2：其次是摇菌，要菌并不需要按照一定比例接，最重要的是收菌时候的OD600的值。这是极其重要的，也是很容易被大家忽略的问题，一般OD值达到0.42-0.48收菌是最好的。其次是方法：我做的方法是经过分子克隆上的INOUE法　我做的有一步和他的不同，而且是提高转化效率的主要关键，就是在最后一步是在菌液里加入０.１Ｍ氯化钙　再加入 ...

SNP的检测知识：人类基因组中存在着广泛的多态性，最简单的多态形式是发生在基因组中的单个核苷酸的替代，即单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphisms SNPs）。SNP通常是一种二等位基因的（biallelic），即二态的遗传变异，SNP的数量大、分布广，在组成人类基因组的30亿个碱基中，平均每1000个就有一个SNP。SNP作为第三代遗传标记，在复杂疾病的基因定 ...

最糟糕的心态 - 实验失败了，抱怨试剂不好。实验人员本来是应该拥有修正主义、机会主义、怀疑论等诸多“不完美的”意识，所以一定要用“完美的”自我批评意识来平衡。我为什么没有一双慧眼选择可靠的供应商？我为什么不做预实验检测所购试剂？最糟糕的知识 - RNase A 的作用。RNase A 是内切酶，内切酶的作用结果是产生片段，而不是单个核苷酸，所以，RNase A 作用于 RNA 的结果是：大的 RN ...

1.探针的标记： (1) 如下设置探针标记的反应体系： 待标记探针 (1.75pmol/微升) 2微升 T4 Polynucleotide Kinase Buffer (10X) 1微升 Nuclease-Free Water 5微升 ATP(3000Ci/mmol at 10mCi/ml) 1微升 T4 Polynucleotide Kinase (5-10u/微升) 1微升 总体积 10微升 ...

这个技术就是一个文库技术(library)加一套筛选技术(bio-panning)。当然，SELEX技术仅仅是分子进化工程的一种而已。实际上，理解了文库技术和筛选技术，不仅selex理解了，其他热门技术如Phage display等等也懂了。我知道的著作中，赵康等主编的Frontiers of Biotechnology and Pharmaceuticals 第三卷（只有英文版）是值得一读的。其 ...

凝胶迁移滞后实验（electrophoretic mobility shift assays，EMSA）是近年发展起来的研究核酸与蛋白质相互作用简单、快速、敏感的方法。目前已经成为转录因子研究的经典方法。其基本原理是蛋白质可以与末端标记的核酸探针结合，电泳时这种复合物比无蛋白结合的探针在凝胶中泳动的速度慢，即表现为相对滞后（如下图所示）。该方法可用于检测DNA结合蛋白、RNA结合蛋白，并可通过加入 ...

核糖核酸酶保护实验(Ribonuclease protection assay，RPA)是近十年发展起来的一种全新的mRNA定量分析方法。其基本原理是将标记的特异RNA探针(32P或生物素)与待测的RNA样品液相杂交，标记的特异RNA探针按碱基互补的原则与目的基因特异性结合，形成双链RNA；未结合的单链RNA经RNA酶A或RNA酶T1消化形成寡核糖核酸，而待测目的基因与特异RNA探针结合后形成双链 ...

The ribonuclease protection assay (RPA) is a highly sensitive and specific method for the detection of mRNA species. The assay was made possible by the discovery and characterization of DNA-dependant ...

Roche公司的RNase Protection Assay (RPA) Using DIG-Labeled RNA Probes下载网址：http://www.roche-applied-science.com/PROD_INF/BIOCHEMI/no1_03/PDF/p22_23.pdf还有一份protocolhttp://www.ualberta.ca/PERINATAL/facilitie ...

RNA酶保护试验((RNase Protection AssayRPA)是通过液相杂交的方式用反义RNA探针与样品杂交，以检测RNA表达的技术。与Northern杂交和RT-PCR比较，RPA有以下几个优点：1． 检测灵敏度比Northern杂交高。由于Northern杂交步骤中转膜和洗膜都将造成样品和探针的损失，使灵敏度下降，而RPA将所有杂交体系进行电泳，故损失小，提高了灵敏度。2． 由于PC ...

RNA酶保护试验实际上是很早就出现的技术。在1982年出版的第一版圣经（分子克隆）还没有提到。在1989年出版的第二版中已经出现：7.71 Mapping of RNA with Ribonuclease and Radiolabeled RNA(可参见中译本P383-387）。在2001年出版的第三版中的第七章用了大量的篇幅介绍这一技术，可参见科学出版社的第三版中译本P567-577，其中有RN ...

我先说我有的质粒和菌株：PPIC9K，PPIC9，PPICZahphaA，B，C以及一个改造的PPIC9K载体，EcoRI和BamHI双酶切，C末端引入了一个6histag菌株：GS115，KM71，X33，以及十几个空载体对照菌株我的酵母表达Protocol：10ug质粒用Sal线性化，加1/10体积的3M NaAC PH5.2和3倍体积的乙醇沉淀70％乙醇洗一遍，20ul ddH2O重溶按照公 ...

异源蛋白的表达是个很复杂的问题，有许许多多的影响因素，而且由于蛋白本身千差万别，很难有一个很完善或很标准的流程方法。另外，表达的宿主也是多种多样，目前比较常用的包括E.coli，酵母（以甲醇酵母居多），昆虫细胞，哺乳动物细胞等，各自有着其本身的特点，优缺点各异。1. 宿主的选择。表达宿主虽众多，但比较常用的也就E.coli，酵母（以甲醇酵母居多），昆虫细胞，哺乳动物细胞等，各自代表了一种体系。 E ...

2. 转化子、表达子的筛选转化子的筛选，由于许多质粒是穿梭质粒，因此大多具有E.coli中的抗性筛选标记，筛选起来是很方便的（当然，我不清楚细胞方面的筛选，一般使用病毒载体吧，希望高手们介绍一下）。但是转化成功的并不意味着能够成功表达目的蛋白了，因此还需要“表达子”的筛选，尤其是整合入基因组的片断（E.coli一般是游离质粒表达，好像不用再筛选了，有就有，没有就没有了）。我做的是毕赤酵母(GS11 ...

4. 菌种的保存、退化一般来说是加甘油20%左右，-70保存；或制成干粉保存。但是在做甲醇酵母时发现了个问题，就是重组工程菌的退化现象比较严重，一般都是学生做得好好的，但是毕业以后下面的师弟一接手，蛋白就不表达了，或表达量非常的低。连续好几个师兄的结果都是如此，很是奇怪。我猜测可能是由于整合入基因组，毕竟是个外源的基因，不知整合到了染色体的什么部分，会不会过段时间就给“踢”下来，或就沉寂了？E.c ...