DNA基础知识

yixhchen 发现一个基因在某肿瘤细胞系中表达下调，下一步若做机制研究，可用哪些方法？新手，请各位高手多指点！yixhchen 没有人帮忙吗？提供一个方向就行了，不需太具体。woxingwosu 我来说说看：首先，确认是蛋白质水平的下调还是mRNA水平的下调，可以通过western blot和real time RT-PCR来初步确认一下。如果是mRNA水平上就出现下调，那么比较有可能的是这个基因是受这个癌肿瘤的某个信号通路或者是 ...

youyoubantang 想请教各位大侠，等位基因特异性表达分析：allele specific expression (ASE) assay 到底是什么，他的原理及操作步骤是怎样的，特别是原理，一直搞不明白还有就是他怎样验证cis-eQTL 的真实性shilei5794749 DOI 10.1016/j.cell.2010.09.049 看这篇文章！讲 long-noncoding RNAs 中 Jpx 调节 x chromosome inactivation 的。里面有 allele sp ...

har1224 我在genebank提交核苷酸序列遇到困难，请求园内老师帮助，自己花费很大精力，可是还是存在问题。 Do you know the correct annotation for your sequence(s)? If so,please resubmit your sequence(s) with relevant features such as:- coding regions (CDS features) including nucleotide spansand reading frame. Using t ...

tianjiaoya 小弟最近要构建一个质粒，需要用到Gal4转录因子，有哪位大侠知道Gal4的UAS在那个质粒上？最好是容易买到的质粒啊，我查了好多质粒，都很难买到。或者能把Gal4的UAS的序列告诉我，这个上游激活序列应该不大，我可以去直接人工合成，然后参照别人那些构建成功的质粒的样子，把UAS插入到我的质粒中去，谢谢各位大侠了！！！song333 GAL4/UAS systemThe GAL4-UAS ectopic expres ...

kelizi 哪位大侠知道RET原癌基因的结构域，其相应的定位、功能？以及相应蛋白在细胞的定位及功能？如何调节？谢谢！如果有相应的文献资料更佳woxingwosu http://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=RET&search=ret应该比较全了，你在从里面的链接可以找到更多~~kelizi 非常感谢！本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法 ...

xin1027 如何将一个基因中的某个片段进行缺失呀？不知道用什么方法，具体怎么做？盼高手指点！！woxingwosu 你是希望什么缺失呀？直接从基因组上敲掉？还是在质粒上呀？能不能说清楚呀。。。xin1027 很多术语我不太清楚，就用个比方吧，假设说一段序列ATTGATCGAGGT，是PCR产物，需要将其中的ATCG除掉，只剩ATTGAGGT。这个应该怎么做。woxingwosu 呵呵，如果是这么少的碱基需要去掉，我想直接用点突变 ...

xxzjcg 急求OX40基因序列，在gene bank 里没有明确的OX40基因序列woxingwosu 根据你的基因，我查了一下NCBI，上面有多个OX40（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?term=OX40），我列举了其中一个，TNFRSF4 tumor necrosis factor receptor superfamily, member 4 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7293),其CD ...

baiguo861029 各位前辈好 本人是个新手，听很多师兄师姐说丁香园很好，这儿的人都很热情帮助他人。我现在研究生在读，因为课题需要，急需购买这个质粒pBV889，试了好多方法都没找到。这个质粒含有人干扰素alpha-2b编码序列，即cDNA序列。非常希望知道的前辈给予我帮助，非常感谢！！woxingwosu 用google搜索了一下，发现很多文章都有，国内发表的也很多。其实你或者你老板可以写信去要一下就方便多了，还不用 ...

陆军鱼 小弟通过转化感受态扩增pGL-3 Basic、control，pRL-SV40三种购买来的质粒，小提后电泳检验一下扩增的成果，结果让我不太理解，为什么质粒大条带后面还有“杂带”呢？12道，34道，56道都是从一块板上挑的两个单克隆，两个道的质粒在相应的位置都有杂带感受态经抗生素板检验没有污染不知道这样的杂带怎么解释？woxingwosu 这个可能是正常的吧（除了3和4有点怪怪的以外，建议再重新跑胶或者重新提质粒看看） ...

qxxie215 这几天在做基因拼接，看的文章不多，但是发现这个拼接的linker有不同：（G4S）n和（S4G)n两种，哪位高手解释一下，这两个有什么区别？谢谢！zjubell 发现这么多天了回复仍然是0.主要是lz的问题根本很难看懂。什么叫基因拼接？是两个基因拼成假基因？重排？还是测序后的序列拼接？woxingwosu 最好还是把原始文献弄出来看看吧？（G4S）n和（S4G)n这两个东西连google都查不到呀。。。qxxie2 ...

smu 各位战友：最近我在搜索一个真核基因的启动子区，然后在启动子区寻找一个转录因子的结合位点，我找了转录起始点的上游2000bp至转录起始点下游200bp，结果在转录起始点下游150bp附近看到一个结合位点，请问战友们：转录因子的结合位点可以在转录起始点下游吗？谢谢各位大侠！kinguangjun 转录因子的结合位点有些是在转录起始位点的下游smu 谢谢，一般下游多少范围呢？zitong1983 转录因子的结合位点可以在 ...

霍一刀hxs 是否有战友知道：如何查询一个基因内含子的5' splice site 和 3' splice site ？谢谢。woxingwosu 看看是否是这个？http://www.life.umd.edu/labs/mount/RNAinfo/consensus.html霍一刀hxs woxingwosu wrote:看看是否是这个？http://www.life.umd.edu/labs/mount/RNAinfo/consensus.html谢谢。祝科研顺利。 ...

shuru214004 如何查找一个基因的启动子和5端非翻译区，以及怎么确定+1的位置？我用UCSC和ensembl这两个网站找出来的非翻译区一致，+1的位置也找出来了，可是这个基因跟国外报道的+1位置却相差10-20个碱基左右。为什么呢？用这两个网站找出来的非翻译区可信度有多大？lmnsmu 启动子位于DNA序列上；5端非翻译区在mRNA序列上，目前明确的基因在各种核酸数据库中均标明CDS（编码序列）的位置，第一个CD ...

观天 如题，查找某种组织中特异性表达的全部基因，谢谢！超级风 用表达谱芯片就可以做了观天 谢谢，估计找现成的结果不一定有。本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：shixiongcoming

lsdcfhyj 用双荧光素酶报告基因检测系统进行报告基因检测时需要共转染两种荧光素酶报告基因质粒，但是我不知道两种质粒间的比例是多少，有哪位前辈做过这方面实验的，请帮我指点一下，谢谢了xxshc 这个比例没有特别的规定。我用的pRL－TK（海蜃素荧光素酶）的荧光值要高一些，我转20ng/孔（24孔板），作为内参.pGL3（萤火虫荧光素酶）的荧光值低一些，我转0.4ug/孔（24孔板）然后0.4ug的调整质粒。这样的话，萤火虫荧 ...

lsdcfhyj 想请教大家，在我研究的信号转导通路中，转录因子要形成二聚体转移到核内与调控序列结合启动后续目的基因的表达，报告基因质粒含转录因子调控序列和荧光素酶基因，我在想如果用瞬时转染的话，那么质粒只在细胞质之中，并未整合到核基因组中，转录因子又必须是要转入核内与调控序列结合启动荧光素酶表达的，那瞬时转染质粒的细胞能用于报告基因分析吗？woxingwosu 用瞬时转染是可以用来做报告基因分析的，这类的例子不在 ...

阳光男孩儿 我现在关注的那个基因在一个模式生物中，只有一个拷贝。我想研究在另一个模式生物中的同源基因，检索数据库发现，在这个我想研究的模式生物中，此基因有两个同源基因，同源性在98%，而且此基因是高GC含量的基因，GC含量在某些区段在70%以上。我想通过RACE方法，得到全长cDNA，然后做克隆，及表达分析，但我目前遇到的问题是，如此高同源性的基因，我用RACE的方法，是否能将两个基因分别克隆出来，有没有更好的方法，使得 ...

lsdcfhyj 向大家请教关于双荧光素酶报告基因检测系统与单荧光素酶报告基因检测系统的问题，两者的区别我基本清楚了，只是我没弄清楚用于检测的细胞究竟是应该同时转染两种质粒（分别含虫荧光素酶报告基因和海肾荧光素酶报告基因）呢还是只需一个质粒上面同时含两种荧光素酶报告基因？还有一个问题是如果是要转染两种质粒的话，是只需在含虫荧光素酶基因质粒中插入所要检测的调控元件基因，还是两种质粒中的荧光素酶基因前都要插入调 ...

lsdcfhyj 将报告基因质粒转染到癌细胞中，是否都要共转染一个带有抗性基因的质粒来筛选阳性克隆？很多文献是这样做的，可是我认为报告基因质粒本身就带有抗生素标记基因，为什么还要共转染另一个抗性质粒？一直对着个问题很困惑，请懂这方面知识的前辈指点指点？还有就是质粒使用量的问题，我不清楚到底质粒用量与转染细胞之间到底是个什么样的比例合适，看了很多操作步骤，有的一个六孔板一孔就要用1到2微克，可是商家产品就有1微克 ...

hhyy601 别人赠予基因腺病毒质粒，邮寄过来的，拿到后，我该怎么办？多谢！freecell 版内以前有讨论的。如果是点在滤纸上的，将滤纸减碎，然后浸泡在TE溶液中若干时间。随后低速离心，取上清。用滤膜过滤。将消毒的TE溶液转化相应宿主菌扩增即可。whbf5 转化DH5a或者jm109这一类的菌中保种和扩增本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴师兄微信号：sh ...