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作为一名资深的化学研究生，利用 chemdraw 软件来画化学结构式与反应式已经是得心应手，给原子编号和化学键上色等一些美化修饰手段是驾轻就熟，对于研究糖化学的工作者来说，画好的一连串的椅式构型的糖分子犹如一幅优美的画卷。但是也会看到有的文献图中糖的化学式中不同糖环的内部颜色还不同，相比于不同化学键的不同颜色来说显得更直观清晰，也显得更高大上，正如图中所示。本人第一次看到的时候也是惊叹不已，于是就在 chemdraw 软件 ...

蛋白质不是孤立存在与生物体中的，它们之间的相互作用往往发挥着重要的生物学功能，因此，功能蛋白质相互作用研究已经越来越受到研究者的重视。STRING 是集研究蛋白质相互作用组研究、基因组研究和蛋白质组研究于一体的非常强大的软件。现在我分析数据已经越来越离不开他了。我们可以进行在线数据分析。图 1可以通过输入蛋白质名称，多个蛋白名称，氨基酸序列等搜索 STRING。当我们不清楚物种是什么时也不用担心，因为网站有自动生成器，物 ...

探索蛋白质发挥功能部分氨基酸的序列规律在生物化学研究中是非常重要的。目前，序列标志（Sequence Logo）是最常用的可视化手段。其产生的结果是一个直方图样式，其中每个栏都用垂直的字母堆叠代替。堆叠的总高度以位表示，堆叠中每个字母的高度与其在该特定位置的频率成比例。但是，序列标志的不足是假设每个氨基酸发生的概率相同，为 0.05（5％），这显然是不合理的。而 Icelogo 则可以进行运算以校正用户定义的氨基酸频率，能够帮我们 ...

在生物领域中经常会遇到找化合物相关的生物文献和专利，甚至是检测一个结构为何物的时候，这对学生物的学生来说简直就是灾难。接下来的 pubchem 数据库会让大家的困扰迎刃而解，pubchem 隶属 NCBI 数据库的子数据库，是专门针对化学结构搜索的数据库，使用方便而且是免费数据库，让一种初学者走上生物信息检索的巅峰。打开网址：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/1. 利用 bioassy 检测生物相关的文献在输入框中 ...

前段时间在某杂志上，看到这样一篇文献：「词频分析」、「词篇矩阵」和「共现矩阵」说得好高大上，有木有？出于好奇，到 CNKI 按照该文献方法，自己分析了一次。哇塞！真的是如获至宝，在此拿出来跟大家分享一下。01知网检索选择「高级搜索」，之后的界面由于本人研究「地中海贫血」，就以此为例。当然，你也可以使用诸如糖尿病、高血压，恶性肿瘤…… 大部分科研小犊儿，甚是关心期刊杂志发表情况，在此本人点选了「期刊」，当然，你也可以点选「文献」，根据个人需要吧。根 ...

基因功能富集分析已经成为生物信息学中几乎每篇文章的必备套路。差异表达得到的显著的基因做一个基因功能富集分析，看看是否富集在一些感兴趣的功能上；共表达分析得到的基因模块，做一个基因功能富集分析，看看这个模块主要跟哪些功能相关；相关分析得到的候选基因，做一个基因功能富集分析，看看这些与性状相关的基因的有一些什么功能。此外基因功能富集分析还可以用来帮助筛选基因，确定未知功能的基因簇的潜在功能等作用。 今天就给大家安利 ...

说起提取质粒，想必是做分子生物学的搬砖工们每天的常规工作。随着各大公司开发出各种质粒提取 kit，为苦逼的生物狗带来了福音—试剂再也不用自己配了，提取步骤再也不用那么繁琐了。但，你先别着急高兴，久而久之，很多刚进实验室的小白师弟师妹再也不懂得背后的原理：质粒提取出来掺杂有蛋白或者基因组 DNA 怎么办？待转染或酶切的质粒被有机溶剂污染了怎么办？且听我一一道来。质粒是独立于基因组外的小型环状 DNA 分子，能够自我复制，在分子克隆中 ...

做了一堆的实时定量 PCR，然后有一堆的数据，那不是要做一堆的柱状图，我想把这些结果都放在一起怎么办呢？那么我又不会高大上的 R 语言，那么咋整呢。今天我给大家介绍一个比较简单的热图制作软件 HEML。首先，把所有数据算好以后，在 excel 中排列好，如下：将 excel 保存成 2003 版， 这个很重要，只有 03 版才能够被识别, 将文件命名为 gene。然后打开 HEML 软件。打开 File——load (图中红色框框)，将要打开的文件类型选择为 word 2003，打开我们之前保存的 ge ...

我们写论文作图时，经常会碰到数据两极分化的情况（图 1），如果不做处理就做成柱形图，会出现类似图 2 的情况，后面两组数据几乎不可见，这种图形会给审稿人相当不好的印象，论文也会大打折扣。网上有利用同一个图形中插入散点图的方式来制作作 Y 轴截断图形，但比较繁琐。下面把我的制作过程讲解一下，最终得到图 3 效果的图形。第一步：给数据分组。在 Excel 里增加一列，将小数据分到另一列，注意一个原则，小数据列的最大值，一定要小于大数据列的最小值，不然数据会 ...

流式细胞仪检测细胞凋亡可以：鉴定细胞凋亡形态；可以准确的进行凋亡细胞的计数；可以进行特异的定性分析和定量分析。实验原理细胞凋亡时，在细胞、亚细胞和分子水平上会发生的特征性改变，这些改变包括细胞核的改变、细胞器的改变、细胞膜成分的改变和细胞形态的改变等，其中细胞核的改变最具特征性。通过流式细胞仪检测这些特征性的变化，进而判断细胞凋亡的情况。实验步骤一、收集细胞收集细胞｛数目约（1~ 5）×106 个 / mL｝，500～1 000 r/min 离心 5 m ...

很多人做信号通路研究时，费了九牛二虎之力，好不容易找到了下游底物。满心欢喜地以为守得云开月明，岂料怎么也找不到可用的泛磷酸化抗体，下游的实验也难以开展。制备一个特异性的抗体呗，耗时耗力不说，好不好用还不知道。有没有什么其他办法呢？其实市面上可供选择的泛磷酸化抗体很多很多，关键是你能不能找到其中适合你的那一款。大部分蛋白激酶都有偏好的底物蛋白序列，例如 AMPK 偏好的序列是 LXRXXundefined/undefined，AKT 偏好的序列是 RXRXXundefined/T ...

做个生物实验也是够苦逼的啊，不止结果要好看光鲜，还要做定量…… 也是醉了。明明 western blot 结果做的那么漂亮，一眼就看出来差异了，还需要定量？！思量起来，这个也还算简单，忍了吧。。。but… 辛辛苦苦做的免疫组化（或荧光）也需要定量——你当搬砖就可以随便使唤了吗？花花绿绿，斑斑驳驳，肿么分析 ？还好，我有这本秘籍，一定要看完哦。进入正题准备工作首先，你需要下载 imageJ，然后下载 IHC-Toolbox 插件，并放入 imageJ 的安装目录下的 plu ...

WB，又叫蛋白质免疫印迹，是很常见单很重要的一个分子生物学实验。然而，大家常常会遇到各种问题，特别是新手，有时候不知道如何下手，学霸君汇总了一下。欢迎大家来一起交流共同进步。问题chengxue727 ：每次提蛋白后会将样品在短时间内重复 2-3 次 WB，但是每次跑出的条带趋势不一致，上样量和其他条件都没有变，内参基本是整齐稳定的，不知道为什么目的条带就是不一致？求解。回答dxymuchong：内参稳定说明上样量稳定（应该大致是 ...

细胞凋亡检测用途1. 用于肿瘤细胞和组织在内的不同种类病理标本研究；2. 应用于临床诊疗，新药研制、生物制品开发、肿瘤放化疗、以及从促凋亡角度探索肿瘤的基因治疗；3. 对相关疾病的早期发现、放化疗的疗效评价具有举足轻重的地位。细胞凋亡检测方法非常多样，根据具体情况可选用对应检测方法。以下每一种方法都有很详细的步骤说明，内容较多，此处就不一一列出，想了解详情，请点击「阅读原文」查看。1. 荧光探针双标记法2. 形态学检测法3. DNA ladder 法4. ...

琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小， ...

信息量巨大的 Heatmap（热图）在 CNS 中受到热捧，正如名字一样越来越热了。无论你是各种组学的结果还是常见的数据，文章中不出现个热图你都不好意思叫 SCI 了！Heatmap 最大优点就是信息量大却一目了然。你会惊奇地发现，本来看似杂乱无章高高低低变化的数据做成热图后竟然一下子就简单了。传说是因为人眼可以选择性忽略一些噪音而抓住重点。听着挺有道理哈，可谁知道是不是真的呢；但文章里如果放个热图，顿时逼格确实提升了不少！我对这样的 ...

在自己拥有一个或者更多基因组的情况下，如何在这些基因组中找到自己想要的功能基因，这对于基因组分析来说，比较重要。而利用测序公司给我的功能注释结果，由于所用的注释的数据库的老旧等原因，往往在注释结果是很不准确的, 在很多实验室中公司给的功能注释结果都是不会用的。本地比对对于基因组基因功能分析来说显得尤为重要。对于本地比对，首先是要在 NCBI 下载本队比对软件 blast，下载在这里就不多说，下载好就需要进行安装了，win 安装步 ...

琼脂糖凝胶电泳可以：（1）用于 DNA 切胶回收；（2）用于 DNA 分离；（3）用于佐证 DNA 是否重组、质粒等是否切开以及其他分子生物学研究。 实验原理琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法。其分析原理与其他支持物电泳的最主要区别是：它兼有「分子筛」和「电泳」的双重作用。 琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小， ...

各位生物学的学霸们一定对中心法则都不陌生，最简化的中心法则是 DNA 经过转录成为 RNA，RNA 经过翻译成为蛋白质，由于蛋白质组学（简称蛋白组）关心的是翻译成为蛋白质后发生的事情，因此这里就不赘述诸如逆转录，转录后调控等过程了。 研究什么那么蛋白组究竟研究的是什么呢？简单的说呢，就是高通量或者说大规模地研究蛋白质的科学。具体来说主要是三大块：第一，蛋白质定性，或者说大规模检测某些蛋白质是否存在于样品当中；第二，蛋白质定量，也就是 ...

MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原理是活细胞中脱氢酶能将四唑盐还原成不溶于水的蓝紫色产物（formazan)，并沉淀在细胞中，而死细胞没有这种功能。二甲亚砜（DMSO）能溶解沉积在细胞中蓝紫色结晶物，溶液颜色深浅与所含的 formazan 量成正比。再用酶标仪测定 OD 值。实验原理MTT 法是 Mosmann 1983 年报道的，以后此方法得到了迅速发展并广泛应用于临床与科研研究。其原 ...