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        亚甲基蓝介导的光交联反应检测蛋白质与双链RNA的相互作用实验

        相关实验:亚甲基蓝介导的光交联反应检测蛋白质与双链RNA的相互作用实验

        最新修订时间:

        原理

        亚甲基蓝介导的光交联反应是对紫外交联反应的一个补充。亚甲基蓝属于酚噻嗪类染料。由于其环结构,亚甲基蓝可以在较低的浓度同核酸结合,插入碱基。浓度较高时,亚甲基蓝带阳离子,可以与磷酸二酯骨架通过静电力结合。

        材料与仪器

        步骤

        一、材料与设备

        1. 亚甲基蓝(MB)水溶液,2.5 mg/ml。-20℃ 避光保存。

        2. [ α-32P ] 标记的 RNA。如果转录模板未被 DNase 消化,dsDNA 可以同 MB 结合而增加交联反应所需的 MB 浓度。如果操作中便用互补的 ssRNA 则需要先对其进行退火 ( 将同位素标记的 RNA  2~5 倍的互补末标记 RNA 混合,加热 5 min,室温缓慢冷却。通常在实验开始前进行 RNA 的退火)。

        3. 10X 结合缓冲液,配方根据实际操作情况确定,通常情况下,1X 结合缓冲液中含 10 mmol/L Tris-HCl (pH 7.5),20~100 mmol/L KCl,2 mmol/L MgCl2,0.5 mmol/L DTT。

        4. RNase 储存液。

        RNase A:10 mg/mL RNase A 溶解于 10 mmol/L Tris-HCl ( pH 7.5 ),15 mmol/L NaCl,煮沸 15 min,缓慢冷却后 -20℃ 保存。

        RNase T1:100000 U/ml。

        RNase V1:700 U/ml。

        5. 5X SDS 上样缓冲液:10% SDS,1 mol/L Tris-HCl(pH 6.8),50% 甘油,0.03% 溴酚蓝,室温保存,用前补加 5% β 巯基乙醇。

        6. 1 mol/L 维生素 C 水溶液(以 DEPC 水溶解),最好用前现配。

        二、操作方法

        1. 10 μl 结合反应体系加入 1 μl 10X 结合缓冲液,5~10 ng [ α-32P ]标记的RNA,100 ng 纯化蛋白或 10 μg 蛋白粗提物,补水至 10 μl。室温反应 5~10 min ( 反应条件需根据检测的蛋白和核酸来调整)。

        2. 将反应管置于冰浴中,加入适量的 2.5 mg/ml MB 母液至终浓度为 0.1 ng/μl~ 2 ng/μl,吹打混匀;加入适量的维生素 C 和所加维生素 C 的 2 倍摩尔数的 Tris-HCl,(pH 7.8 ) 以调整反应液的 pH,吹打混匀。

        3. 光照 5~20 min。

        4. 制备 10X RNase 混合液:10 μg/μl RNase A,3 U/μl RNase T1,0.35 U/μl RNase V1。在每管反应液中加入 1 μl 10X RNase 混合液 37℃ 反应 30 min ( 如果试验中使用的是纯化的蛋白,此步可以省去)。

        5. 加入 4 μl 5X SDS 上样缓冲液,电泳。

        6. 电泳后可先对胶进行考马斯亮蓝染色,以观察上样是否一致或是否出现由于 MB 过量引起的蛋白-蛋白间交联。之后,X 射线片放射自显影(dsRNA 与蛋白的交联复合物在放射自显影的结果中显示出阳性条带)。

        来源:丁香实验

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