原核生物全基因组组装测序已有了较为成熟的方法体系,但是在组装好的基因组注释上还没有较为快捷简便的方法。Prokka: rapid prokaryotic genome annotation,快速的原核基因组注释,是一个适用于原核生物基因组的快速高效的自动注释工具,以 FASTA 格式的预组装基因组 DNA 序列为输入文件,能够对原核基因组和宏基因组进行快速高效的功能注释,在基因组序列上识别和标记所
染色质可及性通常也理解为染色质的开放程度。DNA 的复制以及转录,都需要将染色质的紧密结构打开,从而允许一些调控蛋白(比如转录因子和辅因子)与 DNA 结合。这部分被打开的染色质被称为开放染色质,其允许调控蛋白结合的特性称为染色质的可及性。ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequenc