染色质开放性测序
其他实验
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简介
染色质可及性通常也理解为染色质的开放程度。DNA 的复制以及转录，都需要将染色质的紧密结构打开，从而允许一些调控蛋白（比如转录因子和辅因子）与 DNA 结合。这部分被打开的染色质被称为开放染色质，其允许调控蛋白结合的特性称为染色质的可及性。
ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing），即利用转座酶 Tn5 研究染色质可及性的高通量测序技术，是目前针对染色质可及性测序的首选方法。
原理
ATAC-Seq 技术的原理是利用转座酶 Tn5 能够识别结合开放染色质区的 DNA，对其进行切割并在其两端加上特定序列的特性。如下图所示，只要将携带已知 DNA 序列标签的转座复合物（即带红色和蓝色序列标签的 Tn5 转座酶）加入到细胞核中一起孵育，再利用已知序列标签进行 PCR 扩增即可形成文库，经过测序并与基因组比对就可以获得染色质开放区的信息。
ATAC 转录和文库构建过程 Nat Protoc. 2022 Jun;17（6）:1518-1552.
应用
（1）绘制染色质开放性图谱；
（2）寻找调控生物学过程的关键转录因子；
（3）寻找转录因子调控的靶基因；
（4）增强子的鉴定及发现；
（5）寻找核小体的定位；
（6）探索与疾病有关的调控机制。
来源：Nat Protoc. 2022 Jun;17(6):1518-1552. doi: 10.1038/s41596-022-00692-9. Epub 2022 Apr 27
操作方法
染色质可及性通常也理解为染色质的开放程度。DNA 的复制以及转录，都需要将染色质的紧密结构打开，从而允许一些调控蛋白（比如转录因子和辅因子）与 DNA 结合。这部分被打开的染色质被称为开放染色质，其允许调控蛋白结合的特性称为染色质的可及性。ATAC-seq（Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequenc
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