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森西赛智科技
SCG1000 单细胞捕获系统是由谱今生物自主研发的一键式完成单细胞分离、捕获及标记的自动化系统,能够在 2 min 内快速生成 15-20 万个单细胞微滴,用于单细胞的捕获(条形码进行标记细胞和 mRNA)。 该系统搭配谱今生物自主研发的高通量单细胞试剂盒进行使用,同时配备单细胞数据分析软件 SCG1000 Tools 进行数据分析。
SCG1000 单细胞 3' 转录组试剂盒包括: 芯片(SCG1000 Chip)、 Carrier Oil(油)、编码凝胶微珠、扩增试剂、文库构建试剂以及单细胞数据分析软件(SCG1000 Tools)。该试剂盒基于微流控技术原理,通过油包水实现单细胞分离捕获,并利用核酸修饰的 Barcoded Beads 对不同细胞来源的 mRNA 分别进行分子标记,最终构建兼容 Illumina 和华大智造测序仪的高通量单细胞转录组文库。
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文献和实验Nat Methods 2020 年度技术方法:空间转录组到底是什么,怎么做,怎么用
派」—— 什么是空间转录组? 品尝一杯果汁,我们可以通过味道判断有橙子、苹果、草莓或者其他类型水果的存在,但我们却无法得知每种水果的具体比例。正如 Nature Methods 在报道中提到的一样:传统的转录组测序就如同制作这样一杯水果冰沙,我们需要把所研究的样本研磨成匀浆。最终得到的是组织细胞中平均的 mRNA 基因表达情况,这种分析会把细胞间的差异屏蔽掉。研究人员无法分辨出某些基因的上调或下调是来自某个细胞亚群还是来自整个细胞群体。随着技术的进步,单细胞测序技术应运而生。该技术最大的革新在于把单个
科研的魅力之处,在于无穷尽的探寻生命的本底,通过单细胞测序,我们对组织器官的分子基础的研究也从初级到深层,并在单细胞层面逐渐达成一致,而空间异质性是器官功能的关键特征,细胞的位置信息更能反应细胞命运调控机制和细胞谱系发生过程。因此时间和空间即像组织器官的AB面,而不可否认的是,此时空间坐标的记录,像一个还未长大的娃娃,虽未触及分子基础研究的深层,但仍在努力攀登探寻生命本底的下一个高峰,我们结合烈冰现有实战经验和已发表的高分文献,为您介绍3种解析空间转录组spot细胞组成的分析
成 cDNA 后,我们对获得的 cDNA 序列进行扩增,对转录组文库构建方式同单细胞测序实验,免疫组富集文库则需额外设计 2 次引物 binding 到 C 区,对 TCR/BCR 序列进行富集,后期对富集 cDNA 随机打断,获得不同长度的打断产物,再经 PCR 扩增后,形成免疫组文库用于上机测序。 ps:由于引物设计问题,免疫组库测序现只适用于人鼠模型的研究哦~
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