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- 10x单细胞平台
- 武汉
- 2025年07月15日
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10x Genomics
- 服务名称：
10x scRNA-seq 单细胞转录组
产品介绍
10X Genomics平台首先利用微流控技术分选单个细胞，然后将带有barcode和引物的凝胶珠以及单个细胞包裹在油滴中；在油滴中凝胶珠溶解释放反转录oligo，细胞裂解释放mRNA，通过SMART法获得用于测序的带barcode的cDNA；液体油层破坏后，cDNA进行后续文库构建，使用Illumina测序平台检测，即可一次性获得大量单细胞的基因表达数据，10min内自动完成多至80,000个细胞的捕获，细胞捕获率可达65%。可实现大量大细胞的快速高效标记、测序和分析，获得单细胞水平的基因表达谱和差异情况，并通过对复杂细胞群体进行深入细致分析，绘制大规模单细胞表达图谱。10x Genomics 单细胞应用广泛，可应用的细胞类型有：生殖细胞、胚胎细胞、神经细胞、免疫细胞、肿瘤细胞、干细胞、其他原代细胞。
图：10x 单细胞转录组实验流程图
技术流程
样本要求：
单个样本细胞起始量达105-106个，活细胞数目需超过80%，建议在90%以上最佳。
案例分享
《谱系追踪的转录图谱联系分化过程中的状态与命运》
Lineage tracing on transcriptional landscapes links state to fate during differentiation.Science, 2020.（IF=41.037）
研究背景
在细胞分化过程中，干细胞和祖细胞通过命运决定的层次结构不断前进，不断完善它们的特性，直到达到功能的最终状态。推断祖细胞和其后代之间关系的黄金标准是谱系追踪，在谱系追踪中，一个祖细胞的子集通常使用标记细胞表达来定义标记基因的遗传方法定位，，然后在稍后的时间点确定它们的命运。谱系图是理解和控制分化的关键。
研究内容
研究人员使用表达的DNA条码来克隆性追踪时间转录组，并将其应用于研究造血过程中的命运确定。研究人员确定了潜在命运的状态，并将它们置于连续的转录环境中。研究人员确定了在成熟细胞上留下印记的单核细胞分化的两种途径。然而，对姊妹细胞的分析也显示出细胞具有固有的命运偏倚，而这种偏倚是无法通过单细胞RNA测序检测到的。最后，研究人员从单细胞瞬时捕获中进行了动态推理的计算方法基准测试，结果表明，命运的选择比先进算法检测到的更早，并且细胞在拟时间中以精确且一致的动态稳定地进展。
图：单细胞转录组数据动态推理细胞进程
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文献和实验单细胞测序技术（scRNA-Seq）之 NCB 高分文章解析前列腺癌相关研究
腺癌淋巴结转移样本（batch2）进行单细胞测序，同样地发现所有肿瘤样本的 T 细胞普遍高表达 KLK3。有趣的是，其中一例前列腺癌患者的 MRI 影像及术后病理均提示左右两侧髂外淋巴结为阴性，而 scRNA-Seq 细胞亚群统计显示右侧淋巴结组织中存在高表达 KLK3 的 T 细胞，提示这可能已经形成了“转移前癌巢”结构；而左侧淋巴结组织中不仅存在高表达 KLK3 的 T 细胞，还存在恶性上皮细胞，即左侧淋巴结已发生了临床无法识别的微转移灶。 除了这一发现，我们还注意到 batch2 样本采用 BD
成 cDNA 后，我们对获得的 cDNA 序列进行扩增，对转录组文库构建方式同单细胞测序实验，免疫组富集文库则需额外设计 2 次引物 binding 到 C 区，对 TCR/BCR 序列进行富集，后期对富集 cDNA 随机打断，获得不同长度的打断产物，再经 PCR 扩增后，形成免疫组文库用于上机测序。 ps:由于引物设计问题，免疫组库测序现只适用于人鼠模型的研究哦~
1+barcode+UMI+TSO的标签组成，用于单细胞的捕获识别和后续5'端RNA的抓取捕获。 如图, 凝胶珠上的序列中，barcode序列用于标记细胞，UMI序列用于标记转录本，而TSO (template switch oligo)用于5’端捕获。 当磁珠与细胞结合并在油包水环境中反转成cDNA后，我们对获得的cDNA序列进行扩增，对转录组文库构建方式同单细胞测序实验，免疫组富集文库则需额外设计2次引物binding到C区，对TCR/BCR序列进行富集，后期对富集cDNA随机打断，获得不同
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