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- 分子动力学模拟服务
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- 2026年04月26日
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分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，它以经典力学、量子力学、统计力学为基础，利用计算机数值求解分子体系运动方程的方法，模拟研究分子体系的结构与性质。作为继实验和理论两种研究方法之后，研究分子体系结构与性质的第三种科学研究方法，分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域，起到越来越重要的作用。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。主要优点：动态的研究方法、丰富的分析手段、可与分子对接、药效团等分子模拟方法无缝结合等。
分子动力学模拟服务
原理:分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是近年来飞速发展的一种分子模拟方法，它以经典力学、量子力学、统计力学为基础，利用计算机数值求解分子体系运动方程的方法，模拟研究分子体系的结构与性质。作为继实验和理论两种研究方法之后，研究分子体系结构与性质的第三种科学研究方法，分子动力学模拟已经被广泛应用于化学化工、材料科学与工程、物理、生物医药等科学和技术领域，起到越来越重要的作用。该技术不仅可以得到原子的运动轨迹，还可以观察到原子运动过程中各种微观细节。它是对理论计算和实验的有力补充。主要优点：动态的研究方法、丰富的分析手段、可与分子对接、药效团等分子模拟方法无缝结合等。
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文献和实验一、技术背景概述 分子动力学(Molecular Dynamics, MD)模拟是研究蛋白质-配体复合物动态行为的强大工具，就像用计算机给原子和分子“拍动画片”——根据物理规则（比如原子间的吸引或排斥），计算每个原子每分每秒的位置和速度，把它们的运动过程连起来，就能看到微观世界里的“慢动作镜头”。通过MD模拟，我们可以了解：复合物是否稳定、关键相互作用是否持续存在、以及哪些氨基酸残基在结合中起核心作用。 二、应用方向 ◆药物筛选与优化 研究药物与靶标
以蛋白分子为靶目标的噬菌体肽库模拟抗原的筛选 (1)将单克隆抗体 用包被液CBS稀释，加入酶标板，一般抗体包被浓度为10ug/孔，包被体积为100ul/孔，稍加晃动使孔表面变湿，置于4℃下包被过夜(或37℃慢摇孵育2h)。第二天倾去板中包被液，每孔加入200ul/孔洗板液(PBST05)，静置5rain，甩去洗板液，于无菌干净的滤纸上拍打，以尽量除去剩余的液体，重复洗5次，以下的洗板操作都与此相同。加入封阻液(PBSTOS-1％BSA)200ul，于37℃
埃博拉病毒（EBOV）复制周期中的关键步骤会涉及到病毒糖蛋白 2（GP2）的构象改变，从而促进宿主 - 病毒膜融合，释放病毒基因组的过程。这个蛋白的作用和 HIV 的 GP41 的作用机制类似。这篇文章针对 EBOV 的 GP2 蛋白为靶点进行虚拟筛选，所选用的分子库包含大约 170 万个分子，使用传统的 DOCK 软件进行对接，从排名前列的化合物中，选出 165 种购买并进行生物活性检测，发现了 4 个良好的候选化合物，其 IC50 在 3 - 26uM 之间。在随后的分子动力学模拟中，发现
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