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- 提供商：
武汉康测科技有限公司
- 服务名称：
超低起始量Nano UMI MeRIP-seq
一、产品简介
超微量MeRIP-seq（Methylated RNA immunoprecipitation with next generation sequencing,甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序技术）是在转录组层面研究细胞内mRNA以及LncRNA的甲基化，即m6A（腺嘌呤N6位甲基化）定位的技术。
其基本原理直接针对total RNA进行m6A抗体富集，利用残留的rRNA增加建库RNA起始量，并使用UMI 超低起始量建库方式建库，之后剔除rRNA，二次扩增获得最终的文库。经过测序后，测序数据可以在整个转录组层面揭示RNA甲基化—这种转录后RNA表观修饰的定位，整体状况等信息。
二、项目流程 
上图：文库构建流程
上图：实验分析流程
三、康测科技技术优势总结
1.超低建库起始量，样品准备不再难：建库起始量降低一个数量级，只需要1ug或106个细胞即可建库，样品准备更轻松；使用Novaseq测序，推荐数据量10G，完整项目周期为50个工作日。
2.数字标签还原真实，避免失真结果。
3.设置Input对照，去除背景干扰。
4.丰富项目积累，无惧困难挑战：康测科技已完成上百个IP（ChIP、RIP、CLIP、MeRIP）项目，积累了动植物、微生物近50个物种的IP经验，涉及各种类型的蛋白，如组蛋白、转录因子、解旋酶、剪接因子等，不惧复杂组织挑战。
四、部分结果展示
五、案例解读
RNA甲基化m6A修饰调控造血干/祖细胞分化
脊椎动物造血干/祖细胞（HSPC）来源于生血内皮，通过内皮-造血转换（EHT）在主动脉血管底部产生。敲除RNA甲基转移酶Mettl3造成胚胎造血功能发育受损，EHT被抑制，内皮细胞不能分化为HSPC。Mettl3敲除后，全基因组的m6A水平均下降（MeRIP-seq结果显示，m6A修饰水平下调基因多达4593个，上调仅478个，m6A修饰水平下调的基因可能为Mettl3的调控靶标，GO富集到RNA处理、胚胎发育相关term（图a-d)。
正常和敲除Mettl3的胚胎的内皮细胞进行RNA-seq，检测到Mettl3敲除胚胎中2393个基因表达上调。关联分析RNA-seq和MeRIP-seq结果，在Mettl3潜在靶标中，680个基因表达显著上调，其中Notch1a是上调最显著的基因之一，同时m6A修饰显著下调（图f)，很可能是受m6A调控的HSPC分化关键基因,m6A修饰水平下调，导致m6A介导的mRNA降解途径被抑制、Notch1a表达上调，最终造成造血发育受损。
超微量MeRIP-seq（Methylated RNA immunoprecipitation with next generation sequencing,甲基化RNA免疫共沉淀结合高通量测序技术）是在转录组层面研究细胞内mRNA以及LncRNA的甲基化，即m6A（腺嘌呤N6位甲基化）定位的技术。
其基本原理直接针对total RNA进行m6A抗体富集，利用残留的rRNA增加建库RNA起始量，并使用UMI 超低起始量建库方式建库，之后剔除rRNA，二次扩增获得最终的文库。经过测序后，测序数据可以在整个转录组层面揭示RNA甲基化—这种转录后RNA表观修饰的定位，整体状况等信息。
二、项目流程
上图：文库构建流程
上图：实验分析流程
三、康测科技技术优势总结
1.超低建库起始量，样品准备不再难：建库起始量降低一个数量级，只需要1ug或106个细胞即可建库，样品准备更轻松；使用Novaseq测序，推荐数据量10G，完整项目周期为50个工作日。
2.数字标签还原真实，避免失真结果。
3.设置Input对照，去除背景干扰。
4.丰富项目积累，无惧困难挑战：康测科技已完成上百个IP（ChIP、RIP、CLIP、MeRIP）项目，积累了动植物、微生物近50个物种的IP经验，涉及各种类型的蛋白，如组蛋白、转录因子、解旋酶、剪接因子等，不惧复杂组织挑战。
四、部分结果展示
五、案例解读
RNA甲基化m6A修饰调控造血干/祖细胞分化
脊椎动物造血干/祖细胞（HSPC）来源于生血内皮，通过内皮-造血转换（EHT）在主动脉血管底部产生。敲除RNA甲基转移酶Mettl3造成胚胎造血功能发育受损，EHT被抑制，内皮细胞不能分化为HSPC。Mettl3敲除后，全基因组的m6A水平均下降（MeRIP-seq结果显示，m6A修饰水平下调基因多达4593个，上调仅478个，m6A修饰水平下调的基因可能为Mettl3的调控靶标，GO富集到RNA处理、胚胎发育相关term（图a-d)。
正常和敲除Mettl3的胚胎的内皮细胞进行RNA-seq，检测到Mettl3敲除胚胎中2393个基因表达上调。关联分析RNA-seq和MeRIP-seq结果，在Mettl3潜在靶标中，680个基因表达显著上调，其中Notch1a是上调最显著的基因之一，同时m6A修饰显著下调（图f)，很可能是受m6A调控的HSPC分化关键基因,m6A修饰水平下调，导致m6A介导的mRNA降解途径被抑制、Notch1a表达上调，最终造成造血发育受损。
参考文献：Cui Q, Shi H, Ye P, et al. m6A RNA Methylation Regulates the Self-Renewal and Tumorigenesis of Glioblastoma Stem Cells.[J].Cell Reports, 2017, 18(11):2622.
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