手机验证
在我们验证基因敲除(KO)细胞株是否建立成功时,除了采用常规的PCR、测序等方法外,蛋白水平的Western blot验证也是一个重要的方法,特别是对于文章发表中结果的呈现,Western blot图尤为重要。但在实际情况中,偶尔也会出现测序鉴定为KO纯合子但WB检测却有条带的现象,即蛋白残留。出现这一情况的原因很复杂,跟gRNA的设计、基因(或mRNA)的可变剪切、WB抗体的选择等因素都密切相关。
蛋白检测方法Western blot,是依靠抗原抗体的特异性结合实现的,对于常规蛋白的特异性结合,并不是识别整个目的蛋白,而是识别并结合目的蛋白的某一段氨基酸序列或某一部分功能结构域。因此,我们从商业公司所购买的抗体,若其与目的蛋白结合位置处于敲除位点的前端,便可能会出现抗体与N端残留的蛋白结合,导致WB检测条带的出现,即使此蛋白的功能可能已经丧失。
再例如,可变剪切指当某个外显子被破坏或缺失时,其转录的mRNA前体通过不同的剪接方式产生不同的mRNA剪接异构体的过程,是调节基因表达和产生蛋白质多样性的重要机制。当敲除位点处外显子被切割后,包含在内含子中的RNA剪接规则同时被破坏,在一定情况下,缺失的外显子序列在RNA剪切阶段被略过,直接将其上游的外显子与下游的外显子相连,形成一种全新的mRNA,从而继续蛋白质的翻译。
由外显子的可变剪切引起的蛋白残留是最为复杂的,其影响因素有很多,包括细胞系的类型,目的基因和细胞的培养环境等。因此,在深入分析了你的基因、细胞信息及敲除方案之前,谁都无法判断、也无法保证你要构建的KO细胞是否会发生蛋白残留。
伟人说得好:没有调查研究,就没有发言权。
本着科学严谨的态度,盲目追求蛋白水平的guarantee是不理智的。
虽然蛋白残留问题不常发生,但一旦发生就让人抓狂。
KO细胞蛋白残留,似乎成了个玄学问题?
想要知道盲盒里面是什么,最简单直接的办法就是打开它。
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分类 | 细胞名称 | 缩写 |
血液和淋巴系统 | 小鼠单核巨噬细胞白血病细胞 | RAW 264.7 |
人B淋巴母细胞 | HMy2.CIR | |
人T淋巴细胞白血病细胞 | HuT 78 | |
人单核细胞白血病 | THP-1 | |
人慢性髓系白血病细胞 | K-562 | |
人原髓细胞白血病细胞 | HL-60 | |
人白血病T淋巴细胞 | Jurkat, Clone E6-1 | |
骨骼、皮肤系统 | 小鼠黑色素瘤细胞 | B16 |
小鼠皮肤黑色素瘤细胞 | B16-F10 | |
人骨肉瘤细胞 | U-2 OS | |
人恶性黑色素瘤细胞 | A375 | |
人纤维肉瘤细胞 | HT-1080 | |
消化系统 | 小鼠结肠癌细胞 | CT26.WT |
人回盲肠癌细胞 | HCT-8 | |
人结肠癌细胞 | HCT 116 | |
HT-29 | ||
人结肠腺癌细胞 | SW480 | |
人结直肠癌细胞 | LoVo | |
人食管鳞癌细胞 | KYSE-150 | |
人胃癌细胞 | HGC-27 | |
呼吸系统 | 小鼠肺癌细胞 | LLC |
仓鼠肺细胞 | V79 | |
人正常肺上皮细胞 | BEAS-2B | |
人大细胞肺癌细胞 | NCI-H460 | |
人非小细胞肺癌细胞 | NCI-H1299 | |
A549 | ||
人肺鳞癌细胞 | SK-MES-1 | |
NCI-H520 | ||
泌尿系统 | 小鼠肾小球系膜细胞 | SV40 MES 13 |
大鼠肾上腺嗜铬细胞瘤细胞 | PC-12 | |
大鼠肾细胞 | NRK | |
非洲绿猴肾细胞 | Vero | |
恒河猴肾细胞 | LLC-MK2 | |
人膀胱癌细胞 | 5637 | |
人前列腺癌细胞 | PC-3 | |
人胚肾细胞 | 293 Cells, low passage | |
人肾细胞腺癌细胞 | 786-O | |
ACHN | ||
脑和神经系统 | 小鼠垂体瘤细胞 | AtT-20 |
大鼠胶质瘤细胞 | C6 | |
人胶质瘤细胞 | U251 | |
人神经母细胞瘤细胞 | SK-N-SH | |
内分泌系统 | 小鼠乳腺癌细胞 | 4T1 |
人乳腺癌细胞 | MCF-7 | |
MDA-MB-231 | ||
生殖系统 | 仓鼠卵巢细胞亚株 | CHO-K1 |
人宫颈癌细胞 | Hela | |
人卵巢癌细胞 | SK-OV-3 | |
循环系统 | 小鼠成肌细胞 | C2C12 |
大鼠成肌细胞 | L6 | |
大鼠心肌细胞 | H9c2(2-1) |
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