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深圳华大基因科技服务有限公司
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真核转录组测序_RNA-Seq(Transcriptome)
RNA-Seq,对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA进行高通量测序,可以提供定量分析,检测基因表达水平差异。
技术优势
数字化信号:测序直接获得序列,无背景噪音,无交叉杂交;可鉴别序列间单个碱基的差异;
高通量:一次测序得到千万条以上的序列;
检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
良好的重复性:深度测序保证了抽样随机性,重复性非常好,无需重复实验;
高灵活性 :依据客户需求,提供不同测序平台服务。
产品应用
医学上的应用方向——
农学上的应用方向 ——
研究内容
标准信息分析:
1. 基本数据统计:① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息,② 样品相关性,③ 表达量分布,④ RNA分类;
2. 参考基因组比对;
3. mRNA鉴定;
4. mRNA定量分析;
5. mRNA差异表达分析(样本间、组间);
6. mRNA表达/差异基因聚类;
7. mRNA差异基因GO分类、富集;
8. mRNA差异基因KEGG分类、富集。
Dr.Tom信息分析:
一)数据库注释
1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB);
2. GSEA分析;
3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释;
二)互作网络分析
1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向关系分析,② lncRNA-mRNA靶向关系分析;
2. ceRNA互作网络分析;
3. 蛋白互作网络分析;
4. 共表达互作网络分析;
三)特色分析
1. 自定义标签和自有数据上传;
2. 外部数据库信息(TCGA、ARCHS4);
3. 关键驱动基因网络图分析;
4. 时间序列分析。
(*以上分析内容为部分物种可做。)
定制化信息分析:
1. 可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
技术优势
数字化信号:测序直接获得序列,无背景噪音,无交叉杂交;可鉴别序列间单个碱基的差异;
高通量:一次测序得到千万条以上的序列;
检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
良好的重复性:深度测序保证了抽样随机性,重复性非常好,无需重复实验;
高灵活性 :依据客户需求,提供不同测序平台服务。
产品应用
医学上的应用方向——
农学上的应用方向 ——
研究内容
标准信息分析:
1. 基本数据统计:① 去除接头序列、低质量序列得到reads信息,② 样品相关性,③ 表达量分布,④ RNA分类;
2. 参考基因组比对;
3. mRNA鉴定;
4. mRNA定量分析;
5. mRNA差异表达分析(样本间、组间);
6. mRNA表达/差异基因聚类;
7. mRNA差异基因GO分类、富集;
8. mRNA差异基因KEGG分类、富集。
Dr.Tom信息分析:
一)数据库注释
1. 转录因子注释(AnimalTFDB/PlantTFDB);
2. GSEA分析;
3. Rfam、Pfam、Reactome、COG、EggNOG和InterPro数据库注释;
二)互作网络分析
1. 靶基因分析① miRNA-mRNA靶向关系分析,② lncRNA-mRNA靶向关系分析;
2. ceRNA互作网络分析;
3. 蛋白互作网络分析;
4. 共表达互作网络分析;
三)特色分析
1. 自定义标签和自有数据上传;
2. 外部数据库信息(TCGA、ARCHS4);
3. 关键驱动基因网络图分析;
4. 时间序列分析。
(*以上分析内容为部分物种可做。)
定制化信息分析:
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文献和实验相关实验
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
其序列和结构影响转录的延伸、暂停和停顿,以及发挥染色体修饰结合和增强子的作用。nascent RNA- seq方法旨在区分新近转录的RNA和其它RNAs,这些方法可以分为4类:溴尿苷(BrU)免疫共沉淀深度测序分析( BRIC-seq ),4sU-seq,瞬时转录组测序( TT-seq),代谢标记法(SLAM-seq)(图2)。
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