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    转录组测序

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        杭州开泰生物技术有限公司

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        转录组测序技术主要是针对转录产物mRNA进行高通量测序,无需了解物种基因组信息,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器 官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,是基因功能及结构研究的基础。
        针对有参考基因组的物种,转录组测序推荐选用Illumina测序平台,测序数据经过质控后和参考基因组进行比对,对比对上参考基因 组的reads进行计数,统计基因的表达量后,可进行差异表达基因分析以及差异基因功能富集分析(GO、KEGG分析)等;此外,依 据参考基因组,还可进行基因覆盖度、测序饱和度等验证性分析,以及进行可变剪切分析、融合基因分析、联合miRNA数据进行关联 性分析等高级分析。 开泰生物采用独特的链特异性建库方式,用专门的磁珠捕获基因,可以获取更全面的mRNA信息。
         

      1、数据下机后需要进行比对,经过多轮比对后,确保了比对的精确度和敏感度。

          
               基因表达的饱和度曲线                     Mapped Reads 在基因上的位置分布图

      2、在高通量测序中,主要使用FPKM度量转录本或基因表达的丰度值,即每百万Fragments 中来自比对到某一转录本或基因每千碱基长度的 Fragments 数目,是转录组测序数据分析中常用的表达水平估算方法。
            
            FPKM 分布箱线图              FPKM 分布密度图         组间两两相关性分布(基因)散点图     样本间相关性热图

      3、差异表达分析,基因或转录本表达具有时间和空间特异性,外界刺激和内部环境都是基因或转录本的表达发生变化的影响因素。通过寻找差异 表达转录本或差异表达基因,可绘制出火山图,MA图和聚类分析热图。
        
                  差异基因火山图                        差异基因MA 图                        差异基因聚类分析

      4、GO 富集分析是一个国际标准化的基因功能分类体系,提供了一套动态更新的标准词汇表来全面描述生物体中基因和基因产物的属性,其信息适 用于各物种。该数据库结构分为多个层级,层级越低,Term 所代表的功能越具体。
        
                    GO 富集气泡图                        GO 富集分析  


      5、KEGG富集展示图 KEGG数据库是系统分析基因产物在细胞中的代谢途径以及这些基因产物功能的数据库。该数据库有助于把基因及表达信息作为一个整体的网络进行研究。
         
                    KEGG 气泡图                       KEGG 通路注释图
       

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