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单细胞转录组测序
单细胞RNA-Seq通过对单个细胞的mRNA进行逆转录和PCR扩增,使用高通量测序手段,对成千上万个单细胞中mRNA同时进行基因表达定量的分析技术。它可以解决传统RNA定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-Seq的应用范围。
样本要求:
细胞量: 浓度500~2000cell/μl,体积大于200微升
细胞活性: 细胞存活率大于90%
悬浮液中细胞不能成团(显微镜)
提示: 少碎片,不要存在反转录抑制剂及非细胞的核酸分子,尽量 保证细胞的完整性
数据分析服务:
1、原始数据预处理及细胞计数分析;
2、常规单细胞的降维、聚类分析、用户自定义的特征基因信号映射;
3、基于大数据和人工智能监督学习分类器对单细胞类型智能识别:
4、基于Reverseq Graph Embedding (Monocle 2)算法的演化轨迹与关联基因的分析:
细胞量: 浓度500~2000cell/μl,体积大于200微升
细胞活性: 细胞存活率大于90%
悬浮液中细胞不能成团(显微镜)
提示: 少碎片,不要存在反转录抑制剂及非细胞的核酸分子,尽量 保证细胞的完整性
数据分析服务:
1、原始数据预处理及细胞计数分析;
2、常规单细胞的降维、聚类分析、用户自定义的特征基因信号映射;
3、基于大数据和人工智能监督学习分类器对单细胞类型智能识别:
4、基于Reverseq Graph Embedding (Monocle 2)算法的演化轨迹与关联基因的分析:
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文献和实验相关实验
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
成 cDNA 后,我们对获得的 cDNA 序列进行扩增,对转录组文库构建方式同单细胞测序实验,免疫组富集文库则需额外设计 2 次引物 binding 到 C 区,对 TCR/BCR 序列进行富集,后期对富集 cDNA 随机打断,获得不同长度的打断产物,再经 PCR 扩增后,形成免疫组文库用于上机测序。 ps:由于引物设计问题,免疫组库测序现只适用于人鼠模型的研究哦~
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
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