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转录组测序(RNA-seq)服务
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点,通过新一代高通量测序,能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息,已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。
技术优势
1. 覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列;
2. 检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
3. 分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;
4. 检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。
服务流程:
样品要求:
1. RNA样本量不少于15 μg,浓度≥400 ng/μL;
2. 新鲜组织样品总量不少于5g,保存于-80℃(保存期不超过1个月);
3. 样品干冰运输,运输时间不超过72h。每管务必标清样品编号,管口密封,切忌反复冻融样品。
数据分析服务:
1、标准化分析服务(有参考序列和无参考序列);
2、定制分析服务,根据客户需求进行个性化分析。
技术优势
1. 覆盖度高:数字化信号,直接测定几乎所有转录本片段的序列;
2. 检测阈值宽:跨越6个数量级的宽检测阈值,从几个到数十万个拷贝精确计数;
3. 分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;
4. 检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。
服务流程:
1. RNA样本量不少于15 μg,浓度≥400 ng/μL;
2. 新鲜组织样品总量不少于5g,保存于-80℃(保存期不超过1个月);
3. 样品干冰运输,运输时间不超过72h。每管务必标清样品编号,管口密封,切忌反复冻融样品。
数据分析服务:
1、标准化分析服务(有参考序列和无参考序列);
2、定制分析服务,根据客户需求进行个性化分析。
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文献和实验相关实验
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息,了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义;而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知,设计的实验如果没有生物学重复,或者生物学重复的数量不够,就不能得到有统计意义的实验结果;获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现,并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适? 您是不是有同样的问题:转录组测序是否必须进行生物学重复啊,是否要3个重复,是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复,如果不重复能否发文章…..?一方面是有限的经费,一方面是编辑的质疑;实在很难
案例:应用全基因组测序和 RNA 测序来描绘常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)的基因图谱 背景:常见的变异型免疫缺陷综合症(CVIDs)是机体免疫应答反应中不能产生抗体的最主要原因。CVIDs 变异度很高,大概 5% 的病人是由基因改变引起的。 目的:利用 Illumina HiSeq2500 和 HTSeq 测序平台对 CVIDs 进行全基因组及转录水平的研究,揭示并绘制 CVIDs 的信号调控图谱。 结果:通过对 CVIDs 基因组和转录组进行测序和综合
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