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NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒         

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  • ¥200 - 400
  • NEB
  • 美国
  • #E2612L
  • 2025年07月16日
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      NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒                              收藏

    • 库存

      999

    • 供应商

      上海淳麦

    • 规格

      1000U/10000U

     从污染的宿主 DNA 中高效富集微生物 DNA
     快速、简便的操作流程
     与下游应用完全兼容,包括二代测序、qPCR、终点 PCR
     适合各种样本类型
     无需活细胞 

    特性

     从污染的宿主 DNA 中高效富集微生物 DNA
     快速、简便的操作流程
     与下游应用完全兼容,包括二代测序、qPCR、终点 PCR
     适合各种样本类型
     无需活细胞 

    概述

    该试剂盒适用于从甲基化宿主 DNA 的样品中(包括人源样品)富集微生物 DNA,主要是通过选择性结合并移除带有 CpG 甲基化的宿主 DNA 来达到富集微生物 DNA 的目的(1)。 

    功能验证

    每套试剂盒都经过功能验证,将人和 E. coli 的 DNA 混合后再富集 E. coli DNA。对富集样品进行文库构建,并在 Illumina 平台上进行测序验证。 


    经 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒的富集后,保留了菌群多样性:将混合的人唾液 DNA(创新的研究)用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集。用没有富集的和富集过的样本分别来制备文库,并用 SOLiD 4 平台测序。上图显示的是用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集前后,HOMD[2] 上列出的每种细菌的相对丰度的比较。丰度是比对到每种细菌的 reads 占比对到 HOMD 总 reads 的百分比。即使是低丰度的菌群也保持了很高的一致性(插图)。比较富集后的 reads(501M 50 bp SOLiD 4)和没有经过富集的 reads(537M 50 bp SOLiD 4)。用 Bowtie 0.12.7[3] 的常规设置(2 mismatches in a 28 bp seed region, etc)来绘图。
    * 浅黄奈瑟球菌 - 这种微生物可能有与众不同的甲基密度,使它与富集磁珠的结合水平很低。其它的奈瑟氏菌属(N. mucosa, N. sicca 和 N. elognata)都被呈现出来,但并没有显示出异常的富集。

    微生物富集试剂盒组份

    - NEBNext MBD2-Fc 蛋白
    - NEBNext 蛋白 A 磁珠
    - NEBNext 结合/洗涤缓冲液(5X)
    - IMR90/E. coli DNA 混合物
    - 16S RNA 通用细菌对照引物
    - RPL30 人 DNA 对照引物 


    NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒操作流程


    DNA 纯化自混合的人唾液 DNA(创新的研究),再用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集。用没有富集的和富集过的样本分别来制备文库,并用 SOLiD 4 平台测序。上图显示的是 500M - 537M 的 SOLiD 4 的 50 bp reads 比对到人的参考序列数据库(hg 19)或者是人口腔微生物序列数据库(HOMD)[2] 的比例。(因为HOMD 集合不是很全,富集后的样本中的~80% 的读数无法比对到任何一个数据库)。用 Bowtie 0.12.7[3] 的常规设置(2 mismatches in a 28 bp seed region, etc.)来绘图。

    质量保证

    无核酸内、外切酶的污染。 
    (1) Feehery, G.R. et al (2013) PLoS One, 8: e76096.
    (2) Chen, T., et al (2010) Database, Vol. 2010, Article ID baq013, doi: 10.1093/database/baq013
    (3) Langmead, B., et al (2009) Genome Biol. 10:R25 doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25

    产品细节图片1
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    经营范围:抑制剂、ELISA试剂盒、原代细胞和细胞株、化学试剂、蛋白、抗体、分子试剂和试剂盒。

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