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- 美国
- #E2612L
- 2025年12月06日
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- 技术资料
- 保存条件：
-20
- 保质期：
1年
- 英文名：
NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒 收藏
- 库存：
999
- 供应商：
上海淳麦
- 规格：
1000U/10000U
从污染的宿主 DNA 中高效富集微生物 DNA
快速、简便的操作流程
与下游应用完全兼容，包括二代测序、qPCR、终点 PCR
适合各种样本类型
无需活细胞
无需活细胞
特性
从污染的宿主 DNA 中高效富集微生物 DNA
快速、简便的操作流程
与下游应用完全兼容，包括二代测序、qPCR、终点 PCR
适合各种样本类型
无需活细胞
无需活细胞
概述
该试剂盒适用于从甲基化宿主 DNA 的样品中（包括人源样品）富集微生物 DNA，主要是通过选择性结合并移除带有 CpG 甲基化的宿主 DNA 来达到富集微生物 DNA 的目的（1）。
功能验证
每套试剂盒都经过功能验证，将人和 E. coli 的 DNA 混合后再富集 E. coli DNA。对富集样品进行文库构建，并在 Illumina 平台上进行测序验证。
经 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒的富集后，保留了菌群多样性：将混合的人唾液 DNA（创新的研究）用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集。用没有富集的和富集过的样本分别来制备文库，并用 SOLiD 4 平台测序。上图显示的是用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集前后，HOMD[2] 上列出的每种细菌的相对丰度的比较。丰度是比对到每种细菌的 reads 占比对到 HOMD 总 reads 的百分比。即使是低丰度的菌群也保持了很高的一致性（插图）。比较富集后的 reads（501M 50 bp SOLiD 4）和没有经过富集的 reads（537M 50 bp SOLiD 4)。用 Bowtie 0.12.7[3] 的常规设置（2 mismatches in a 28 bp seed region, etc）来绘图。
* 浅黄奈瑟球菌 - 这种微生物可能有与众不同的甲基密度，使它与富集磁珠的结合水平很低。其它的奈瑟氏菌属（N. mucosa, N. sicca 和 N. elognata）都被呈现出来，但并没有显示出异常的富集。
微生物富集试剂盒组份
- NEBNext MBD2-Fc 蛋白
- NEBNext 蛋白 A 磁珠
- NEBNext 结合/洗涤缓冲液（5X）
- IMR90/E. coli DNA 混合物
- 16S RNA 通用细菌对照引物
- RPL30 人 DNA 对照引物
NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒操作流程
- RPL30 人 DNA 对照引物
NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒操作流程
DNA 纯化自混合的人唾液 DNA（创新的研究），再用 NEBNext 微生物 DNA 富集试剂盒富集。用没有富集的和富集过的样本分别来制备文库，并用 SOLiD 4 平台测序。上图显示的是 500M - 537M 的 SOLiD 4 的 50 bp reads 比对到人的参考序列数据库（hg 19）或者是人口腔微生物序列数据库（HOMD）[2] 的比例。（因为HOMD 集合不是很全，富集后的样本中的～80% 的读数无法比对到任何一个数据库）。用 Bowtie 0.12.7[3] 的常规设置（2 mismatches in a 28 bp seed region, etc.）来绘图。
质量保证
无核酸内、外切酶的污染。
(1) Feehery, G.R. et al (2013) PLoS One, 8: e76096.
(2) Chen, T., et al (2010) Database, Vol. 2010, Article ID baq013, doi: 10.1093/database/baq013
(3) Langmead, B., et al (2009) Genome Biol. 10:R25 doi:10.1186/gb-2009-10-3-r25
上海淳麦生物科技有限公司专注于感受态细胞、质粒、载体、农杆菌、酵母等生命科学领域的产品研发和技术服务支持。
上海淳麦生物科技有限公司在感受态细胞的研发方面，实力雄厚，拥有了克隆、表达、酵母和农杆菌4大类，共计百余种感受态细胞。在电击感受态方面，拥有了大肠杆菌和农杆菌电击感受态种类，极大提高了客户在转基因以及文库构建方面的成功率。
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