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天津科斯莫生物技术有限公司
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直接测序法检测SNP 普通测序
原理:
人类基因组中存在着广泛的多态性,最简单的多态形式是发生在基因组汇总的单个核酸的替代,即单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphisms, SNPs)。SNP通常是一种二等位基因(biallelic),即二态的遗传变异,SNP的数量大,分布广,在组成人类基因组的30个基因定位,关联分析,个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发挥着越来越重要的作用。
在所有SNP的检测方法中,对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确直接的方法,也是SNP分析的金标准。通常情况下,纯合型SNP位点的测序峰图为单一峰型,而杂合型SNP位点的测序峰图为套峰,因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
适用范围:
直接测序法分析SNPs适用于数量较少、SNP位点间距小的样品
实验流程:
1. 待测样品基因组DNA提取;
2. 根据不同的区域SNP位点进行引物设计、合成;
3. 对所有样品进行PCR扩增并纯化;
4. 测序;
5. 结果统计分析及报告。
相关要求(客户提供):
客户请提供准确的基因名称和序列以及详细的SNP位点信息。
样品要求:
1. 血液样品(至少4 ml、需加EDTA),针对血液样品,根据实际情况酌情加收DNA提取费用;
2. 如客户提供基因组DNA样品,需-20度条件下保存和运输。
纯度要求:OD260/280在1.6-1.8之间;OD260/230在1.8-2.2之间。
浓度要求:基因组DNA浓度>100 ng/ul。
最终结果:
1. 待测基因PCR产物的琼脂糖凝胶电泳图片;
2. 电子版测序数据及具体试验流程(包括:实验步骤;主要仪器及试剂说明(含仪器厂家、型号;试剂厂家、批号));
3. 测序结果分析;
4. 实验数据及实验剩余的样品和引物。
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邮箱:zxm@cosmobiolab.com
科斯莫生物主页:
地址:天津市滨海新区天津国际生物医药联合研究院
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文献和实验蛋白质的氨基酸序列。而不在蛋白质编码区的 SNP 仍可能影响基因剪接、转录子结合、信使 RNA 降解或非编码区的 RNA 序列。受到这种单核苷酸多态性(SNP)影响的基因表达被称为单核苷酸多态性表达(ESNP),可能发生在此基因的上游或下游。直接测序法目前很多朋友在研究 SNP 位点的时候,仍然在选用直接测序法,Sanger 测序原理为双脱氧终止法,会忠实的延伸出模板链上的碱基序列,在毛细管电泳中会依次收集各个碱基的荧光信号,SNP 则会在测序结果中出现如下套峰的情况,示例如下:图片来源:Google
一致。 4:过短的PCR产物为什么不适于直接测序?首先由于一般的PCR产物纯化试剂盒要求产物片段大于200bp,过短的PCR产物不能进行纯化;再者,测序的前50bp和后50bp的序列是不好的,所以不适于直接测序。 5:酒精如果没有挥发完全,在约300bp处会出现连续异常的G峰,酒精挥发时间过长会导致DNA断裂。 第一个峰,重叠干扰。如果不判读为干扰峰,那就说明样品不纯,如果是基因组DNA,就很好地说明了样品为杂合子,该位点可能存在SNP现象(T/G)。如果判读为干扰峰,我们只需认定样品此处碱基为T为行
高通量、低成本SNP、突变或甲基化检测方法—HRM 技术应用
又要查找未知位点,一般采用PCR+ 测序的方法,成本高、操作繁复较低。 HRM 技术是一种低成本、高通量、快速,且不受位点局限的检测方法,是SNP 筛查的最佳选择。 SNP 检测方法比较 研究方法 优点 缺点 直接测序法 SNP分析的金标准能发现已知和未知SNP 位点
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