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- 2025年07月13日
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细菌/古菌/真菌转录组
转录组即某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的所有RNA的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。与基因组不同的是，转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。转录组测序（RNA-Seq）是指利用第二代高通量测序技术进行 cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。相对于传统芯片而言，RNA-Seq无需预先设计探针，即可对任意物种的任意细胞类型的转录组进行检测，能够提供更精确的数字化信号，更高的检测通量以及更广泛的检测范围，是目前深入研究转录组复杂性的强大工具。技术参数
| 产品 | 测序平台 | 测序策略 | 周期 |
| 细菌/古菌/真菌转录组测序 | HiSeq PE150 | 350 bp文库 | 45个工作日 |
1．样品类型：菌液或RNA样品。
2．样品的量：菌液请提供至少1 × 107个细胞，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3．样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD值260/280在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μL，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
4．样品保存：菌液可用RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80°C保存。RNA样品可溶于RNA-free的超纯水中，-80°C保存。样品保存期间避免反复冻融。
5．样品运输：样品置于1.5 mL管中，封口膜封好，干冰运输。
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文献和实验相关实验
结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息，了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义；而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知，设计的实验如果没有生物学重复，或者生物学重复的数量不够，就不能得到有统计意义的实验结果；获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现，并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适？ 您是不是有同样的问题：转录组测序是否必须进行生物学重复啊，是否要3个重复，是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复，如果不重复能否发文章…..？一方面是有限的经费，一方面是编辑的质疑；实在很难
今天，我们从真实数据出发，利用已发表文献中的数据进行实战。如何找到 GSEA 所需要的数据？我们选择的文献是安秀丽老师团队最近在 Blood 上发表的一篇题为《Identification and transcriptome analysis of erythroblastic island macrophages》的文章。感兴趣的小伙伴可以详细读一下这篇文章，而我们目前要做的就是利用其转录组数据进行 GSEA 分析。首先，我们根据其 GSE 号在 NCBI 中的 GEO 数据库中找到该文
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