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- 2026年01月09日
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卓灏医药
这里的转录组测序指狭义的mRNA测序。mRNA测序是转录组测序中非常重要的内容，可以真实的反映基因的表达调控信息。
实验流程
样品质检 文库构建 上机测序 数据分析
技术优势
和芯片相比，不仅可检测低丰度的基因表达，更可全面的发现可变剪切、融合基因、RNA编辑等芯片无法检测到的结构变异
样品要求
样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
样品的量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供2 μg以上的总RNA。
样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 7。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
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文献和实验结合细胞在组织中分布的位置信息和转录组基因表达信息，了解细胞在空间背景下的异质性。
研究意义；而同样情况下RASGRP1的检测数据可能不能说明问题。 由此可知，设计的实验如果没有生物学重复，或者生物学重复的数量不够，就不能得到有统计意义的实验结果；获得的差异表达的基因很可能仅仅是少数个体差异的表现，并不能反映疾病或者某种特定生理状态的群体本质特征。 3.生物学重复设置几个合适？ 您是不是有同样的问题：转录组测序是否必须进行生物学重复啊，是否要3个重复，是否可以用3个样品的RNA等量混合代替生物学重复，如果不重复能否发文章…..？一方面是有限的经费，一方面是编辑的质疑；实在很难
今天，我们从真实数据出发，利用已发表文献中的数据进行实战。如何找到 GSEA 所需要的数据？我们选择的文献是安秀丽老师团队最近在 Blood 上发表的一篇题为《Identification and transcriptome analysis of erythroblastic island macrophages》的文章。感兴趣的小伙伴可以详细读一下这篇文章，而我们目前要做的就是利用其转录组数据进行 GSEA 分析。首先，我们根据其 GSE 号在 NCBI 中的 GEO 数据库中找到该文
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