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上海吉凯基因
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相对定量蛋白质组学
1.服务简介:非标记定量蛋白质组学(Label-free)技术
2.服务内容:大规模定量比较样本中的蛋白质表达水平。
3.适用范围:细胞、组织、胶、血清血浆、体液、亚细胞结构、FFPE等。
4.服务流程:蛋白质抽提、酶切、质谱分析、数据库比对、生物信息学分析以及多层次的质量控制。
上海吉凯基因医学科技股份有限公司
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文献和实验体的整体蛋白质动力学。2 方法学介绍目前较主流的定量蛋白质组学方法有5种,分别是Label-free、iTRAQ、SILAC、MRM(MRMHR)、和SWATH。简述如下:2.1 Label-freeLabel-free定量,即非标记的定量蛋白质组学,不需要对比较样本做特定标记处理,只需要比较特定肽段/蛋白在不同样品间的色谱质谱响应信号便可得到样品间蛋白表达量的变化,通常用于分析大规模蛋白鉴定和定量时所产生的质谱数据。Label-free定量不需要标记处理,操作简单,可以做任意样本的总蛋白质差异定量
非标记定量蛋白质组学 (Label Free)近年来成为重要的质谱定量方法,按照其原理进行分类,可以分为两类。Spectrum counts类的非标记定量方法,发展比较早,也形成了多种算法进行定量,但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础,各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础,计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分,目前Label Free主要的数据分析方法是利用Maxquant软件,根据一级质谱相关的肽段峰强度、峰面积、液相
基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析(一)
本期要介绍到的是基于MS强度或计数的数据依赖法非标记定量蛋白质组学的蛋白质互作分析。 在试验中使用不同的同位素标记(某些情况下等压标记)是一种行之有效的肽和蛋白质定量方法。通常,分析之前,标记样品和未标记样品是混合在一起的,这时可以通过测量相应的峰值强度来直接确定化合物比率。标记大致可以分成这些共价附着在肽上的标记,包括同位素编码的亲和标签、ICAT或iTRAQ、通过酶反应合成(例如通过胰蛋白酶合成18O)或通过代谢合成(例如在细胞培养中用氨基酸标记稳定同位素)、SILAC等。在蛋白质互作










