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- 是一种非标记的差异蛋白质组学技术，不需要使用同位素标记物标记肽段，直接根据质谱峰的信号强度来对肽段或蛋白进行相对定量。
- 2025年07月13日
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- 详细信息
- 文献和实验
- 技术资料
- 服务名称：
非标定量（Label-free）
- 提供商：
XSL
是一种非标记的差异蛋白质组学技术，不需要使用同位素标记物标记肽段，直接根据质谱峰的信号强度来对肽段或蛋白进行相对定量。Label-free通过HPLC分级液质联用对酶解肽段进行分析，现在基于质谱的非标定量 技术主要有两种：一是根据一级质谱相关的肽段峰强度以及峰面积等信息进行蛋白定量，二是根据蛋白对应肽段的二级质谱 总数（spectral counts）进行定量。
采用稳定同位素标记定量的方法，能够精确的对蛋白表达水平进行定量分析。然而，标记定量的方法也存在某些不足之处： 包括，额外的样品处理过程，昂贵的标记试剂，不完全标记导致样品复杂化，低丰度多肽难以检测，可标记样品数量有限 等。作为替代，非标记定量技术（LFQ，label-free quantification）能够避免此类缺陷。
LFQ定量通常可采用两种方式：
- 谱图计数法（Spectral counting），使用多肽被鉴定次数来代表对应多肽的相对含量，进而计算出对应蛋白的相对表达量；
- 母离子强度（precursor ion intensity），提取鉴定到的多肽在一级质谱（MS1）中的色谱峰面积代表其相对含量，然 后计算出对应蛋白的相对表达量。和标记定量技术不同在于：标记定量样品预先混合并同时进行LC-MS/MS检测，而LFQ技 术要求每个样品独立进行制备和LC-MS/MS检测，因此准确性和通量弱于标记定量技术。
- 蛋白前期处理，包括去除核酸，蛋白纯化定量，SDS聚丙烯酰氨凝胶电泳；
- 蛋白质胶内酶切；
- 多肽纯化；
- 多肽混合物的质谱分析，包括质谱鉴定和定量信息比较；
- 生信分析。
实验周期及交付标准
- 实验周期：4-6周
- 交付标准：蛋白定量结果、鉴定结果、质谱原始数据、生信分析结果（GO分析、KEGG分析等等）
- 样本的种属
- 样本的类型（组织or细胞or血液）
- 样本的数量及分组
- 分析要求
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文献和实验非标记定量蛋白质组学 (Label Free)近年来成为重要的质谱定量方法，按照其原理进行分类，可以分为两类。Spectrum counts类的非标记定量方法，发展比较早，也形成了多种算法进行定量，但是主要的原理都是根据MS2的鉴定结果作为定量的基础，各种方法的差别在于后期算法在大规模数据上的修正。第二种非标记定量方法的原理是以MS1为基础，计算每个肽段信号在LCMS质谱上的积分，目前Label Free主要的数据分析方法是利用Maxquant软件，根据一级质谱相关的肽段峰强度、峰面积、液相
本节课程介绍了label-free定量蛋白质组学技术的原理及应用。主要包括：（1）以MS数据为例，系统介绍label-free技术进行蛋白质定量的技术流程和原理。（2）介绍免费的label-free分析套件—Maxquant和Perseus。（3）以免疫沉淀（IP）数据为例，展示label-free进行蛋白质互作定量的应用。（4）以数据为例，展示label-free在外泌体蛋白定量分析中的应用。
定量蛋白质组学分析 定量蛋白质组学分析（Quantitative Proteomics）是对一个基因组表达的全部蛋白质或一个复杂混合体系内所有蛋白质进行精确鉴定和定量。可用于筛选和寻找任何因素引起的样本之间的差异表达蛋白，结合生物信息学揭示细胞生理病理等功能，同时也可对某些关键蛋白进行定性和定量分析。目前定量蛋白质组学技术常见标记（Label）和非标记的（Label Free）定量策略。 定量蛋白质组学技术常见的几类主要包括：Label Free定量蛋白组分析、SILAC与免疫
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