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3次
产品特点:
● 操作简单,可极大节省时间
● 一管式操作,减少样品污染可能
● 样本起始量低,total RNA仅需3µg的起始量
● 批次间差异小,所有试剂均经过严格质控,保证文库稳定性和可重复性
技术特点:
SMART-RNAseq Library Prep Kit采用磁珠中所带有的Oligo dT 捕获带有PolyA的RNA分子,通过第
反转录合成和延伸,在cDNA 3’端添加一段通用序列,经PCR扩增后,不仅可获得足够的用于序列分析的
样本,且可使样本具有更高的保真性。
图2 : 上图采用SMART-RNAseq Library Prep Kit构建人类不同组织的转录组文库,文库中90%以上reads匹配到基因
组正义链上。
图3 : 上图采用SMART-RNAseq Library Prep Kit构建文库,于Illumina Hiseq X-Ten测序,分析数据均一性分布,本产品
构建的文库数据分布均一,并未发现文库有5’或3’偏好性。
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文献和实验可以分析半衰期小于10min的瞬时增强子、反义和启动子相关的RNA,此外也可以确定转录终止位点。 SLAM-seq 优点:无需免疫共沉淀或生物素分离导致的结果的偏差,操作简单,RNA input量少;可结合Quantseq 3’mRNA建库试剂盒使用,节省大量的测序空间,大大节约测序成本。 相对于其他的方法,SLAM-seq(图3)表现超强的优势,无需繁琐且技术要求苛刻的免疫共沉淀或生物素分离等操作,操作简单,RNA
of uncharacterized species, and many other applications(未知物种的转录组组装和其他应用). 关于Lexogen,产品更多专注于短读长RNA测序工作流程(当然也有可用于长读长测序的全长cDNA扩增试剂盒)。试验程序的一般大纲如下: 从样本中分离出RNA,并除去污染的DNA,例如,用DNase处理。 如果需要,则对RNA进行预处理,即通过polyA选择或rRNA去除来富集mRNA。 RNA片段化(如果使用无片段化建库流程
生成全长转录组 使用 Ambion 转录试剂盒合成的大多数 DNA 模板都可以生成全长转录组,无需任何优化。然而,一些模板可能产生过早终止的产物,如较小的离散带或拖尾/降解产物。对于印迹杂交,通常不需要全长 RNA 探针。然而,对于许多其他分析,至关重要的是转录进行到模板的末端,全部生成同一种大下的转录组(例如 NPA,体外翻译研究和结构分析)。转录反应失败或不良的两个最常见因素是标记核苷酸中的抑制剂和质量较差的 DNA 模板。应执行一系列简单的实验来确定转录反应失败的原因;随附的流程图概述
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