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全外显子组测序(Whole Exome Sequencing,WES)是利用探针杂交富集蛋白编码区域DNA序列,通过高通量测序,发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。研究显示:人类全外显子组只占人类全基因组长度的1%左右,由DNA变异引起的疾病大致有80%以上来自于外显子组区域的变异,因此全外显子测序远比全基因组测序(Whole Genome Sequencing,WGS)更简便、经济、高效,其目标区域覆盖度也更高,便于变异检测。
检测流程
1、样本采集,提取基因组DNA。
2、将基因组DNA打断,构建随机片段文库。
3、文库纯化,然后通过外显子捕获系统进行杂交富集。
4、PCR扩增,qPCR质量检测。
5、上机进行高通量测序。
6、数据分析。
信息分析内容
1、去除接头污染和低质量数据。
2、进行数据产量统计分析、测序深度分析、覆盖度均一性分析。
3、SNP、Indel变异信息检测。
4、SNP、indel的RefGene注释。
5、SNP、Indel数据库分析 (与dbSNP、千人基因组数据、ESP外显子组数据库、炎黄基因组数据进行数据库注释分析) 。
6、单样品SNP保守性预测、致病性分析 (SIFT、Polyphen-2、Phylop、GERP scores)。
7、SNP、InDel在各基因功能元件上的分布统计。
样本要求
1、基因组DNA:Illumina:DNA浓度≥20 ng/μl,总量≥6 μg,OD 260/280介于1.8-2.0之间,电泳检测无明显RNA条带,基因组条带清晰、完整。样品浓度越高越好。
2、血液样品:请使用专业抗凝管储存样品。哺乳动物血液提供>2ml,有细胞核的血液>500ul。
3、样品中有多糖、糖蛋白的残留,往往对打断DNA样品带来非常大的麻烦,且很难去除,因此特别要求,客户提供的样品一定要将多糖或糖蛋白去除干净。
4、样品保存期间切忌反复冻融。
我们的优势
1、完善的服务体系,全程跟踪,贴心服务。
2、优惠的测序价格。
3、优质的测序质量,为您提供zui优质的测序数据。
4、测序深度100-200X,深度检测。
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海边海鸥 偶的题目大致是研究某一细菌产生ESBLs,其基因组中含有耐药基因,但是表型(药敏试验仍对该类抗生素敏感)阴性。可能存在某些机制使该耐药基因未表达。打算进行该两株的全基因组测序,想请教一下主要从哪几方面考虑未表达的可能性。谢谢大家:) 海边海鸥 怎么没有建议呢? zhujoker 我来胡说2句吧,不知道细菌基因组有没有甲基化修饰,自己不做细菌,所以不能确定(但是偶刚才查一下的确好像
康奈尔大学费章君博士以及北京百迈客生物科技有限公司的郑洪坤先生是这篇论文的共同通讯作者。猕猴桃起源于中国,是杜鹃花目蔓生木本植物,果实具有较高的营养价值和良好口感。在20世纪初被作为一种优秀的经济作物广泛传播到世界各地。由于木本植物基因组杂合率远高于其他物种,测序和组装存在很大难度;而猕猴桃基因组的杂合率高达1.05%(绝大多数生物基因组杂合率 研究采用红阳品种猕猴桃,使用Illumina Hiseq2000测序方法,140X覆盖度,利用包含4,301个SLAF标记的高密度遗传图谱辅助scaffold序列组装到29
【medical-news】1000美元就可以完成全基因组测序?
The race to the US$1,000 genome heated up today as Life Technologies, based in Carlsbad, California, announced that it will debut a new sequencing machine this year that will eventually be capable of decoding entire human genomes in a day
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