三、数据分析 TCR测序基本数据分析内容: 1. T细胞受体VDJ重构分析 2. T细胞受体基础统计 3. V、J使用频率分析 a. V基因频率 b. J基因频率 c. V、J成对使用频率 4. CDR3长度分析 a. 核酸序列长度分析 b. 氨基酸序列长度分析 5. T细胞克隆计数频谱 6. T细胞受体多样性估计
高阶T细胞受体库深度数据分析内容: 1. 组间差异分析 a. 组间多样性差异分析(基尼指数、香农熵 ) b. 组间高频克隆占比差异分析 c. 组间TCR的V、J基因用量差异分析 d. 组间克隆表达CDR3长度分布差异分析 2. 组内与组间特征值挖掘 a. TCR克隆空间稳态与高频克隆分析 b. 样本间TCR克隆共享比例分析 c. 样本间TCR克隆编号退化水平与克隆频率分析 d. 样本相似性聚类分析 e. 基于V-J基因用量与TCR克隆的降维分析 f. 基于TCR克隆分类器的特征值提取分析 3. 关联分析 a. 质量表型TCR克隆关联分析 b. 数量表型TCR克隆关联分析