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转录组测序 (Transc
转录组测序 (Transcriptome Sequencing)
研究内容:
Ø cDNA文库制备
Ø 转录组测序
Ø 序列拼装、基因预测、功能注释、代谢途径和GO分析等基本生物信息学分析
Ø 个性化生物信息学分析
技术特点:
Ø 领先的Roche 454 GS-FLX测序技术,单个磁珠(Reads)读长可达到500bp,基因预测更高效、更精确
Ø 独有的Barcoding系统,可同时进行不同时期、不同组织及不同处理样品的测序,最优化转录组数据
Ø 特殊的双链cDNA合成步骤,去除polyA对测序结果的影响
Ø 组装获得代表全长基因的EST cluster
Ø 独有的拼装软件可以检测转录本的可变剪接
Ø 高通量测序,可根据客户要求进行不同深度测序。可以检测到低丰度表达的基因
实际应用:
已完成包括人,昆虫,寄生虫,植物,鱼类和微生物等20多个不同物种的转录组测序和分析工作
客户发表文章:
Ø Massively parallel pyrosequencing-based transcriptome analyses of small brown planthopper(Laodelphaxstriatellus), a vector insect transmitting rice stripe virus (RSV). BMC Genomics. 2010; 11:303
Ø Rapid transcriptome and proteome profiling of a non-model marine invertebrate, Bugula neritina. Proteomics. 2010; Jun 10
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