研究内容:
Ø 对全新的物种进行测序,获得精细图/完成图
Ø 基因组/Pan-基因组重测序,获得精细图/完成图
Ø 通过全基因组测序获得基因簇的完整序列
Ø 基因预测、功能注释和比较基因组学分析
Ø 多种基因预测软件和转录组信息结合,确保基因预测的准确性
Ø 多种基因功能数据库,确保基因功能,代谢途径重建的完整
技术特点:
Ø Roche 454 GS-FLX、 Solexa GA/HiSeq2000或SoLID4不同长短序列读长完美结合
Ø Single read、Paired-end read和Mate Pair-end read (3, 8,20 kb插入片段)的完美整合
Ø 独特的Mate Pair-end read技术,read读长增加,配对效率高达90%以上
Ø 针对高GC的细菌(如:链霉菌、结核分枝杆菌等),先进处理方案,获得高覆盖度,高质量的基因组序列
Ø 有完整的Gap Closing流程,高效快速获得基因组的完成图
Ø 全基因组完成图的序列精确度>99.99%
Ø 高质量的生物信息学分析,内容完全满足基本和深度分析
实际应用:
Ø 应用454 GS FLX系统,已完成百种细菌/古细菌(0.8-10Mb)的全基因组测序
Ø 应用Solexa系统,已完成几十种细菌(包括10余株结核分枝杆菌)的精细图测序工作
Ø 已完成子囊菌和担子菌等不同亚门的10多个真菌(25-70Mb)的全基因组测序
客户发表文章:
Ø The complete genome of Comamonas testosteroni reveals its genetic adaptations to changing environments. Appl Environ Microbiol. 2009; 75(21):6812-9
Ø Genome sequence of the versatile fish pathogen Edwardsiella tarda provides insights into its adaptation to broad host ranges and intracellular niches. PLoS One. 2009; 4(10):e7646.
Ø Complete genome sequence of Lactobacillus plantarum JDM1. J Bacteriol. 2009; 191(15):5020-1.
Ø Complete genome sequence of the rifamycinSV-producing Amycolatopsis mediterranei U32 revealed its genetic characteristics in phylogeny and metabolism. Cell Research 2010; June: 1-13.