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上海中科新生命生物科技有限公司
相对定量的目的是测定目的蛋白在两个或多个样本中的表达量的相对比例，而不需要知道它们在每个样本中的表达量。
举例来说，如果研究项目中包括处理过的和未经处理的对照样本，通常可以将未经处理的样本指定为基准，规定其目的蛋白浓度为 100%，将经处理的样本的定量结果除以对照样品的定量结果，就可以计算各个处理样本的蛋白含量相对于未处理样品的百分比。
| iTRAQ | 采用4种或8种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较4种或8种不同样品中蛋白质的相对含量 |
| TMT | 该技术采用2种、6种或10种同位素的标签，通过特异性标记多肽的氨基基团，然后进行串联质谱分析，可同时比较2组、6组或10组不同样品中蛋白质的相对含量。 |
| Label-free | 通过液质联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准，只需分析大规模鉴定蛋白质时所产生的质谱数据，比较不同样品中相应肽段的信号强度，从而对肽段对应的蛋白质进行相对定量。 |
| SILAC | 分别用天然同位素（轻型）或稳定同位素（重型）标记的必需氨基酸取代细胞培养基中相应氨基酸，细胞经5-6代倍增周期后，稳定同位素标记的氨基酸完全掺入到细胞新合成的蛋白质中替代了原有氨基酸。不同标记细胞的裂解蛋白质按细胞数或蛋白量等比例混合，经分离、纯化后进行质谱鉴定。 |
| 2D双向电泳 | 双向凝胶电泳是将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率分离的分析方法。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离，是唯一能同时将上千种蛋白质同时分离和展示的方法，在蛋白质组学中发挥重要的作用。 |
| DIGE荧光差异双向凝胶电泳 | 荧光差异双向凝胶电泳（DIGE）是一种在2D电泳之前标记蛋白质样品的方法，可以对样品间蛋白质丰度进行精确分析。 |
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文献和实验qPCR的数据相对定量分析其实很简单。我做了很多的qPCR实验，也看了很多的资料，包括Nature protocol， AB官方的分析教程，MIQE，甚至包括一些商业化软件使用的教程及教程里面记述的原理。 我在这里跟大家分享一下自己的经验，最常用，最普遍的相对定量方法就是2^-△△Ct法，该法最最简单的说就是： 首先将一次实验的所有基因Ct值整理好，之后用每一组样本自身的目的基因Ct值减去自身内参基因Ct值，得到的数就是△Ct；换成公式就是：△Ct=Ct（目的基因）-Ct（内参
混淆，各有其使用上的特色，不要互用。标准品及样本：标准品系列：使用小试管准备一组BSA （b） 标准品的系列稀释：◆ 配制一定要精准，否则校正直线不会很准确；各种试剂的添加，若自稀往浓取样，则可以不用换吸管头。未知样本：再以上述unknown BSA （c） 准备两种未知样本：Label 未知样本 （c） Buffer A-0 Final Conc.一般样本：1） 通常由色析法所收集到的各分划样本，都可以直接进行蛋白质定量分析；但若其中含有某些干扰因子 （如含有Triton），或样本的浓度
本节课包含了泛素化与蛋白质表达之间的关联分析、基于蛋白和修饰组学的癌症分子分型分析等知识点。
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