ChIP试剂盒 ChIP实验试

ChIP-IT High Sensitivity® 概览
ChIP-IT High-Sensitivity®（HS）试剂盒是市场上最灵敏的ChIP试剂盒。
它的设计能够进行高质量的DNA富集。对于高丰富的目标蛋白每个ChIP反应可以使用低至1000个细胞。
试剂盒也经过优化针对低丰度蛋白质的抗体执行染色质免疫沉淀时提供优异的结果，如转录因子或具有次优结合亲和力的抗体。
要了解这些功能与我们提供的其他ChIP试剂盒的差异，请参阅我们的ChIP试剂盒选择指南。

更高的信号峰和较低的非特异性DNA背景是通过特制的蛋白G琼脂糖珠和优化的固定，结合和洗涤缓冲液方案来实现的。
此外，清洗步骤是通过重力过滤实现的。它比磁珠捕获更快、更容易、更一致。
ChIP-IT High-Sensitivity®（HS）试剂盒也经过验证可用于ChIP-Seq，包括使用针对低丰度转录因子的抗体。



ChIP-IT High Sensitivity^®优势

• 低丰度转录因子或低结合亲和力抗体的理想选择
• 对于高丰度目标蛋白，每次免疫沉淀反应仅从1000个细胞中灵敏富集DNA；对于低丰度转录因子，可从50000个细胞中灵敏富集DNA
• 优化的试剂组合降低了非特异性结合事件引起的背景水平
• 基于重力过滤的洗涤方案，相比磁珠捕获，更快、更简单、更具一致性
• 在qPCR和ChIP-Seq分析中，高效的实验流程已在多种样本类型中得到验证

ChIP-IT High Sensitivity^®试剂盒是怎么工作的？​


图1：ChIP-IT High Sensitivity染色质免疫沉淀示意图

在ChIP-IT High-Sensitivity^®的实验流程中，完整的细胞用一种特殊配方的甲醛缓冲液固定。
这种缓冲液可以交联并保持蛋白质/DNA的相互作用。
然后用超声将DNA打断成小片段，并与感兴趣的DNA结合蛋白抗体一起孵育。
抗体结合的蛋白质/DNA复合物通过使用蛋白G琼脂糖珠进行免疫沉淀，并通过重力过滤洗涤。
免疫沉淀后，DNA解交联，蛋白质被蛋白酶K去除，DNA被回收和纯化。
ChIP富集的DNA可用于基因特异性分析或全基因组分析。

Active Motif也提供与ChIP-IT High Sensitivity试剂盒配套的产品：

• ChIP-IT®qPCR分析试剂盒 – 简化qPCR数据分析，实现多种样本类型和实验的标准化
• 高灵敏染色质制备试剂盒 – 从培养细胞或组织样本中分离甲醛固定的染色质用于ChIP实验
• qPCR引物集 – 多种模式生物的热门基因靶点
• 抗体 – 经过我们的ChIP-IT High Sensitivity试剂盒验证

此外，我们的表观遗传学服务可以为您提供ChIP、ChIP-Seq和许多其他基因组范围的数据生成和分析服务。

请注意，ChIP-IT High Sensitivity试剂盒和High Sensitivity Chromatin制备试剂盒是通过干冰装运的，里面含有多种储存温度的试剂。请将每种试剂存放在以下指示的温度。所有试剂均保证在收到之日起6个月内稳定。收到蛋白G琼脂糖珠后，不要再次冷冻。

High Sensitivity Chromatin制备试剂盒是我们的ChIP-IT High Sensitivity试剂盒的配套模块之一，只包含那些在进行全步骤ChIP反应之前进行固定、剪切和裂解条件优化所需的试剂。

• RNase A (10 µg/µl); 储存于 -20°C
• Proteinase K (10 µg/µl); 储存于 -20°C
• 100 mM PMSF; 储存于 -20°C
• Protease Inhibitor Cocktail (PIC); 储存于 -20°C
• Precipitation Buffer; 储存于 -20°C
• Carrier; 储存于 -20°C
• 10X PBS; 储存于 -20°C
• Blocker; 储存于 -20°C
• Fixation Buffer; 储存于 4°C
• Protein G Agarose beads; Store at 4°C
• Stop Solution; 储存于 室温
• Chromatin Prep Buffer; 储存于 室温
• ChIP Buffer; 储存于 室温
• Wash Buffer AM1; 储存于 室温
• Elution Buffer AM4; 储存于 室温
• ChIP Filtration Columns; 储存于 室温
• 5 M NaCl; 储存于 室温
• TE, pH 8.0; 储存于 室温
• Detergent; 储存于 室温
• DNA Purification Binding Buffer; 储存于 室温
• 3 M Sodium Acetate; 储存于 室温
• DNA Purification Wash Buffer; 储存于 室温
• DNA Purification Elution Buffer; 储存于 室温
• DNA Purification Columns; 储存于 室温

• RNase A (10 µg/µl); 储存于-20°C
• Proteinase K (10 µg/µl); 储存于-20°C
• 100 mM PMSF; 储存于-20°C
• Protease Inhibitor Cocktail (PIC); 储存于-20°C
• Precipitation Buffer; 储存于-20°C
• Carrier; 储存于-20°C
• 10X PBS; 储存于-20°C
• Fixation Buffer; 储存于 4°C
• Swelling Buffer; 储存于 4°C
• Stop Solution; 储存于室温
• Chromatin Prep Buffer; 储存于室温
• ChIP Buffer; 储存于室温
• DNA Purification Elution Buffer; 储存于室温
• 5 M NaCl; 储存于室温
• TE, pH 8.0; 储存于室温
• Detergent; 储存于室温

ChIP-IT High-Sensitivity^®试剂盒非常适合与其他ChIP方法检测不到信号的具有挑战性的抗体一起使用,因为该方法的灵敏度足以检测低丰度蛋白质的特定结合。以下是ChIP-IT High-Sensitivity®试剂盒与其他商用ChIP试剂盒的比较。使用未经处理的MCF-7染色质和结合丰度低的转录辅因子NCOA2抗体进行ChIP检测。同时用阴性对照IgG抗体和阴性对照引物组（Active Motif，目录号71001）检测非特异性结合。只有ChIP-IT High-Sensitivity方法能够检测到NCOA2在特定基因组位置的结合（ESRRA启动子），信号比阴性对照高20倍。尽管ESRRA使用竞争对手D的试剂盒检测到qPCR信号，但由于阴性对照引物组的高背景和IgG检测到的非特异性结合，表明其富集水平不够理想。

图2：针对低丰度转录因子的ChIP试剂盒比较

MCF-7染色质是根据每家试剂盒生产厂家的建议从1.5 x 10⁶个细胞中制备的。使用针对低丰度NCOA2蛋白的抗体和阴性对照IgG进行ChIP ，按照试剂盒制造商建议的最佳染色质数量进行实验。富集后，使用ChIP-IT qPCR分析试剂盒（目录号53029）进行qPCR，以使数据标准化并可以直接比较结果。数据表示为每1000个细胞检测到的结合事件。数值为根据反应中染色质数量、最终重悬体积和引物效率调整后的3次重复实验原始数据的平均值。

当使用高质量H3K4me3抗体（目录号39915）时，将ChIP-IT High Sensitivity与其他商用ChIP试剂盒进行比较，结果展示的是分别使用ChIP-IT HS、竞争对手M、竞争对手I和竞争对手D的试剂盒进行阳性对照GAPDH启动子（目录号71006）检测的特定信号。由于优化的条件使ChIP-IT High Sensitivity具有高灵敏度，可检测的富集度比竞争对手M和竞争对手I获得的富集度高2-3倍。只有竞争对手D没有表现出良好的富集度，因为从阴性对照qPCR引物组的信号和IgG反应中的高信号来看，非特异性结合很高。

图3：ChIP-IT High Sensitivity显示出比竞争对手ChIP试剂盒更好的富集

MCF-7染色质是根据每家试剂盒生产厂家的建议从1.5 x 10⁶个细胞中制备的。使用H3K4me3（目录号39915）抗体和阴性对照IgG进行 ChIP，按照试剂盒制造商建议的最佳染色质数量进行实验。富集后，使用ChIP-IT qPCR分析试剂盒（目录号53029）进行qPCR，以使数据标准化并可以直接比较结果。数据表示为每1000个细胞检测到的结合事件。数值为根据反应中染色质数量、最终重悬体积和引物效率调整后的3次重复实验原始数据的平均值。

ChIP-IT High Sensitivity试剂盒中包含的经过优化的ChIP缓冲液减少了非特异性DNA的结合，从而使背景水平最小化。这样可以提高灵敏度和富集效率。低背景使得使用ChIP-IT High Sensitivity试剂盒在样本数量较少条件下的应用成为可能。对于高丰度蛋白质，每个免疫沉淀反应只需1000个细胞；对于低丰度蛋白质，每个免疫沉淀反应只需50000个细胞。在下面的实验中，使用组蛋白H3K4me3抗体和从1000至100万个细胞制备的不同数量染色质进行ChIP实验。当仅使用1000个细胞时，阳性对照GAPDH启动子仍能检测到显著的富集。

图4：ChIP-IT High Sensitivity适用于有限的样本材料

MCF-7染色质是根据ChIP-IT High Sensitivity试剂盒的说明书从10万到400万个细胞数量范围制备。然后使用Active Motif组蛋白H3K4me3抗体（目录号39915）和阴性对照IgG对指定数量的细胞进行免疫沉淀。富集后，使用ChIP-IT qPCR分析试剂盒（目录号53029）进行qPCR。结果显示使用ChIP-IT High Sensitivity试剂盒，阳性对照GAPDH启动子可从1000个细胞中进行强富集，而阴性对照UNR12引物组则没有富集。数据表示为每1000个细胞检测到的结合事件。数值为根据反应中染色质数量、最终重悬体积和引物效率调整后的3次重复实验原始数据的平均值。

富集的DNA经过ChIP-Seq验证

使用ChIP-IT High Sensitivity试剂盒获得的高质量ChIP DNA，可用于ChIP-Seq等下游应用。Active Motif已经验证了ChIP-IT High Sensitivity试剂盒可以用于针对具有挑战性的低丰度蛋白质和高丰度组蛋白抗体的ChIP-Seq，如下所示。

图5：低丰度转录因子NCOA2的ChIP-Seq数据

使用ChIP-IT High Sensitivity试剂盒对从300万MCF-7细胞制备染色质和低丰度转录辅因子NCOA2蛋白抗体进行ChIP。ChIP DNA经过建库，并使用Illumina^®下一代测序平台进行测序后，生成3000万条序列。对序列数据进行分析，以确定人类基因组中所有的NCOA2结合位点。左图显示了11号染色体上100万个碱基对区域的多个结合位点。右图放大显示两个基因启动子的NCOA2信号峰。

图6：组蛋白H3K4me3的ChIP-Seq数据

使用ChIP-IT High Sensitivity试剂盒对从100万MCF-7细胞制备的染色质和组蛋白H3K4me3（目录号39915）抗体进行ChIP。ChIP DNA经过建库，并使用Illumina^®下一代测序平台进行测序后，生成2400万条序列。对测序数据进行分析，以确定人类基因组中所有的H3K4me3结合位点。左图显示在11号染色体175000bp区域的5个基因的启动子中H3K4me3的存在。右图放大显示单个基因的启动子结合。PPFIA1基因上的结合信号在转录起始位点出现了共同的双峰。

ChIP-IT High Sensitivity^®发表文献（更多文献欢迎详询）
以下选择性地列出了一些文献：
-“Anti-survivin effect of the small molecule inhibitor YM155 in RCC cells is mediated by time-dependent inhibition of the NF-κB pathway.” by Sim et al. (2018) Scientific Reports 8(10289).
-“Hijacking of the O-GlcNAcZYME complex by the HTLV-1 Tax oncoprotein facilitates viral transcription.” by Groussaud et al. (2017) PLoS Pathogen 13(7): e1006518.
-“PTEN regulates glioblastoma oncogenesis through chromatin-associated complexes of DAXX and histone H3.3.” by Benitez et al. (2017) Nature Communications 8(15223).
-“FoxP2 isoforms delineate spatiotemporal transcriptional networks for vocal learning in the zebra finch.” by Burkett et al. (2018) Elife 7: e30649.
-“Genome-Wide Target Analyses of Otx2 Homeoprotein in Postnatal Cortex.” by Sakai et al. (2017) Front Neurosci 11: 307.

更多信息欢迎访问官方网站查看或联系我们
网站链接：https://www.activemotif.com.cn/catalog/868/chip-it-high-sensitivity
联系电话：021-20926090 18521362870（微信同号）
Email: techchina@activemotif.com

Active Motif 提供 ChIP 实验完整解决方案



Active Motif 简介：

Active Motif公司是一家致力于研发和生产核细分子生物学和表观遗传学研究用试剂的专业公司，也是世界著名的转录因子试剂生产商和CHIP-seq外包服务供应商。
Active Motif的产品涉及：表观遗传学相关抗体、Chip级别抗体、重组识别子和催化酶、预甲基化修饰的重组组蛋白、多聚核小体和生物素标记核小体；以及各类染色质分析、转录因子表达调控分析和DNA甲基化分析的试剂盒等。