在有限的样品上进行ChIP-Seq时，最大限度地保留已经很珍贵的样品是关键。Active Motif的低细胞优化模块使低细胞ChIP-Seq试剂盒的用户能够在方案进行过程中监测样品的保留。这个首创的模块包括 "阳性对照 "样品和抗体，以及超声处理和ChIP富集后检查染色质数量和质量的试剂。使用这个模块，研究人员可以在整个ChIP-Seq方案中监测低细胞样本，识别和优化造成样本损失的步骤，并通过只推进能产生有价值的ChIP-Seq数据的样本来节省时间和金钱。
来自阳性对照Jurkat细胞的ChIP-Seq数据
低细胞优化模块亮点"阳性对照 "样品和抗体使用户能够优化方案步骤，而不浪费宝贵的样品
染色质的数量和质量可以在整个方案中得到检验，以快速识别表现不佳的步骤
与低细胞ChIP-Seq试剂盒分开销售，以方便在必要时进行优化
在整个ChIP-Seq方案中检查低Input量的染色质本模块旨在与低细胞量ChIP-Seq试剂盒一起使用，在使用您的珍贵样品之前优化协议步骤，或在协议中负责样品损失的地方进行故障排除。低细胞量ChIP-Seq试剂盒足够强大，可用于高丰度组蛋白修饰和低丰度转录因子蛋白。包括Next Gen DNA库和Next Gen DNA索引试剂，以生成与Illumina®平台兼容的高复杂性测序库。
不要在工作流程优化上浪费你宝贵的样本阳性对照样品（Jurkat细胞颗粒）和抗体（AbFlex® H3K9ac）包括在模块中，供用户优化低细胞ChIP-Seq协议。这为用户提供了在使用其低投入的珍贵样品前优化工作流程条件的能力。这些阳性对照试剂是市场上任何其他低细胞ChIP-Seq试剂盒所不具备的，使用户在使用他们所关心的样品时不必为优化方案和排除故障而苦恼。
低细胞优化模块数据在整个ChIP-Seq方案中检查低Input样本通过低细胞ChIP-Seq，研究人员可以减少他们研究的细胞数量，以提高他们对蛋白质-DNA相互作用的复杂性的理解，使之成为一个更有限的细胞群。如果使用有限的样本量、难以培养的细胞系或小的组织活检，该测定是理想的。在整个ChIP-Seq协议中，最大限度地保留有限的样品是很重要的，这就是为什么Active Motif开发了一个模块，在工作流程的中间步骤检查样品：在染色质制备和ChIP富集之后（见下面第1天和第4天的紫色步骤）。
图1：低细胞优化模块允许在使用低细胞ChIP-Seq试剂盒（Cat.No.53084）时进行优化和故障排除。该模块包含一个标准化的样品和抗体，以及检查输入DNA和染色质质量（第1天）和富集DNA和染色质质量（第4天）的试剂。
确定染色质制备后的样品数量在低细胞ChIP-Seq试剂盒中使用的许多有限的样品将低于通常用于DNA定量的仪器（如Qubit）的检测极限。因此，我们建议采用基于qPCR的方法来检查染色质制备后的样品，以确保你保留了足够的样品来进行方案的实施。
图2：使用低细胞优化模块，可以在染色质制备后对样品进行基于qPCR的定量分析。DNA标准和GAPDH-2引物用于分析固定Jurkat细胞颗粒样品的DNA（相当于10万个Jurkat细胞）。
染色质制备后分析样品片段准确的样品破碎是高质量的ChIP-Seq数据不可或缺的。低细胞优化模块允许在染色质制备后（第1天），而不是在NGS文库制备后（第4天）检查样品碎片概况。对片段的早期检查使用户能够有效地优化样品超声处理，而不必在富集和文库制备上浪费时间和试剂。
图3：使用低细胞优化模块和片段分析器，分析了溶解的染色质的概况。高分子量的峰值通常出现在协议的这一点上，但不影响ChIP富集或测序数据。
确认ChIP后的样品富集为了确保对你的样品进行特异性和成功的抗体富集，我们建议使用针对阳性和阴性对照区的引物来扩增和描述倍数富集的特征。低细胞优化模块中的引物是为H3K9ac抗体准备的。如果使用其他抗体，可以通过查看Active Motif的ChIP对照qPCR引物集来寻找适合你的目标的引物。
图4：使用低细胞优化模块和阳性和阴性对照位点引物，对固定Jurkat细胞颗粒样品的富集染色质进行分析。ACTB-2和Hum Neg引物对H3K9ac的富集有特异性。这些引物和抗体都包含在低细胞优化模块中，同时还有阳性对照的Jurkat细胞颗粒。这里显示的数据是30个样本的汇总；平均富集倍数=28倍；P=5.66x10-5
观察阳性对照样品的ChIP-Seq峰值阳性对照试剂（Jurkat细胞颗粒、H3K9ac抗体和对照引物组）包括在低细胞优化模块中，以使用户在使用任何珍贵样品之前熟悉低细胞ChIP-Seq试剂盒并排除故障。在检查了染色质的质量和数量后，可对阳性对照样品进行测序，以确认ChIP-Seq峰如预期般出现。
图5：低细胞ChIP-Seq试剂盒和低细胞优化模块用于分析来自（100,000个细胞）固定Jurkat细胞颗粒样品的富集染色质（前4条轨道，绿色）。这里显示的是17号染色体的一个部分。通过qPCR分析，底部的Jurkat轨道（用*标记）表现出更低的阳性对照区域的富集倍数。因此，在这个样本中可以观察到稍微退化的峰值。作为比较，GM12878细胞的H3K9ac富集情况也被显示出来（蓝色）。最上面的轨道是公开的ENCODE数据，来自2000万个细胞，下面的轨道显示了仅使用10000、5000或1000个细胞时的峰值退化情况。
低细胞优化模块包含组分请注意，低细胞优化模块是用干冰运输的，里面含有多种储存温度的试剂。所有组件在首次使用前可储存在-20°C，然后我们建议将每个组件储存在以下的温度。所有试剂在正确储存的情况下，保证自收到之日起稳定6个月。每个模块包括以下成分。
- Fixed Jurkat Cell Pellet (6 tubes); Store at -80°C
- RNase A; Store at -20°C
- DNA Standard AM1; Store at -20°C
- DNA Standard AM2; Store at -20°C
- DNA Standard AM3; Store at -20°C
- Human Pos Control Primer Set, GAPDH-2; Store at -20°C
- Human Neg Control Primer Set 1; Store at -20°C
- Carrier; Store at -20°C
- Human Positive Control Primer Set, ACTB-2; Store at -20°C
- AbFlex® Histone H3K9ac Antibody; Store at -20°C
Active Motif公司是一家致力于研发和生产核细胞分子生物学和表观遗传学研究用试剂的专业公司，也是世界著名的转录因子试剂生产商和CHIP-seq外包服务供应商。
Active Motif的产品涉及：表观遗传学相关抗体、Chip级别抗体、重组识别子和催化酶、预甲基化修饰的重组组蛋白、多聚核小体和生物素标记核小体；以及各类染色质分析、转录因子表达调控分析和DNA甲基化分析的试剂盒等。
产品详情欢迎点击链接进入官方网站查询。
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