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DNA分选磁珠(完美替代AMPure XP Beads)

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  • ¥260 - 3332
  • 翌圣生物(Yeasen)已认证
  • 上海
  • 12601ES
  • 2025年11月04日
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      4℃

    • 保质期

      有效期1年

    • 英文名

      Hieff NGSTM DNA Selection Beads(Superior AMPure XP Alternative)

    • 库存

      大量

    • 供应商

      翌圣生物科技(上海)股份有限公司

    • 规格

      1ml (CAT#12601ES03)/5mL(CAT#12601ES08)/60mL(CAT#12601ES56)

    规格:1ml (CAT#12601ES03)产品价格:¥260.0
    规格:5mL(CAT#12601ES08)产品价格:¥595.0
    规格:60mL(CAT#12601ES56)产品价格:¥3332.0

    产品描述
    Hieff NGS® DNA Selection Beads基于SPRI (Solid Phase Reverse Immobilization)原理,配合精心优化过的缓冲体系,可用于二代测序文库构建过程中的DNA片段分选、纯化。本产品可适用于各品牌的DNA、RNA建库试剂盒,和目前广泛使用的AMPure XP Beads使用方式相同,片段回收效率和文库大小分布均与AMPure XP Beads高度吻合。
     
    运输与保存方法
    冰袋运输。2-8℃保存,效期一年。避免冷冻!
     
    注意事项
    1)为了您的安全和健康,请穿实验服并戴一次性手套操作。
    2)磁珠使用前须在室温平衡至少30 min。
    3)80%乙醇需现用现配,否则将影响回收效率。
    4)进行长度分选时,初始样品体积需≥100μL,不足时请用超纯水补齐。样品体积太小,将导致移液误差增大,进而影响分选的准确性。
    5本产品仅用作科研用途!
     
    使用方法
    1. 准备工作
    将磁珠由冰箱中取出,室温平衡至少30 min。配制80%乙醇。
    2. 长度分选(双轮法)
    长度分选操作流程如1所示,具体操作如下。
    产品细节图片1
    1双轮分选操作流程

    1)请涡旋振荡或充分颠倒磁珠以保证混匀。
    2)根据要求,参考1DNA溶液中加入第一轮分选磁珠,涡旋混匀或移液器吹打10次混匀。
    3)室温孵育5 min。
    4)将离心管短暂离心并置于磁力架中,待溶液澄清后(约5 min),小心转移上清到干净的离心管中。
    注意:转移上清时,请残留2 μL液体于管底,切勿全部吸出上清,避免吸到磁珠并影响分选效果。
    举例:当初始体积为100 μL,第一轮使用0.8×比例,即加入80 μL磁珠,推荐吸出178 μL的上清。
    5)参考1向上清中加入第二轮分选磁珠。
    6)涡旋混匀或移液器吹打10次混匀,室温静置5 min。
    7)将离心管短暂离心并置于磁力架中,待溶液澄清后(约5 min),小心移除上清。
    8)保持离心管始终处于磁力架中,加入200 μL新鲜配制的80%乙醇漂洗磁珠,室温孵育30 s,小心移除上清。
    9)重复步骤8。
    10)保持离心管始终处于磁力架中,开盖干燥磁珠至刚刚出现龟裂(约5 min)。
    注意:切记磁珠不要干燥时间太久,磁珠干燥过度将影响纯化效果。
    11)将离心管从磁力架中取出,加入适量ddH2O(≥20 μL),涡旋振荡或使用移液器轻轻吹打充分混匀,室温孵育5 min。
    12)将离心管短暂离心并置于磁力架中分离磁珠和液体。待溶液澄清后(约5 min),小心吸取上清至干净的管中,即完成分选。
    3. DNA片段分选参考条件
    通过超声法将小牛胸腺DNA进行片段化,制备100-1000 bp的Smear片段,根据表1进行双轮分选。结果使用Agilent 2100 Bioanalyzer进行分析(2)。
    1磁珠文库分选推荐比例

    DNA片段大小 250-350 bp 320-420 bp 450-550 bp 550-700 bp 700-900 bp 800-1000 bp
    第一轮体积比(Beads:DNA) 0.80× 0.70× 0.60× 0.55× 0.50× 0.45×
    第二轮体积比(Beads:DNA) 0.20× 0.20× 0.20× 0.15× 0.15× 0.15×

    注:表中“×”表示样品DNA体积。如文库插入片段长度为250 bp,样品DNA体积为100mL,则第一轮分选磁珠使用体积为0.80×100 mL=80 mL;第二轮分选磁珠使用体积为0.20×100 mL=20 mL。
    产品细节图片2产品细节图片3
    2 Agilent 2100 high sensitivity DNA chip electopherogram
    Smear fragments溶于ddH2O,使用0.80×/0.20×至0.45×/0.15×磁珠进行片段分选

     

    FAQ

    Q:12601可以用来纯化DNA吗?

    A:可以纯化150bp以上的DNA片段,如果纯化的DNA中含有较多的150bp以下的建议用货号12600的产品,可以纯化50bp以上的DNA。

    Q:12601可以分选1Kb或以上的DNA片段吗?

    A:需要自行摸索体系,目前筛选的片段范围确定的体系为说明中的体系,其它片段分选的可以参考说明书中的分选体系调整。

    Q: 不小心将磁珠放到-20℃,但未结冰,是否可以继续使用?

    A:长时间冻住不建议使用,因为低温会破坏磁珠的结构,短时间冻融一次NGS文库分选和纯化性能影响不大,但实际以具体测试结果为准。

    Q:磁珠未开封的时候 4℃保存,开封后一直室温保存使用,是否会影响磁珠的回收性能?

    A:室温放置对磁珠的回收性能会有一定影响,不建议室温放置太久,使用完后建议 4℃ 保存。PEG 分离效果易受 pH、温度等影响。

    Q:磁珠纯化原理

    A:DNA 分选纯化磁珠是基于一种固相载体可逆化固定(SPRI)的技术,磁珠buffer中一般包含:磁珠、DNA、PEG、盐离子(主要是 Na+)等。DNA分子在PEG和NaCl作用下,会脱水缩合导致DNA构象改变并发生聚集沉淀,带负电荷的,当使用无酶水或TE等低盐和低PEG含量的缓冲液时可以洗脱结合的DNA分子。

    Q:磁珠分选的原理

    A:不同PEG和盐离子浓度下,不同长度DNA的构象不同,且长片段DNA带有更多负电荷,因此磁珠一般会优先吸附大片段DNA。分选一般需要加两轮磁珠,第一轮磁珠结合分子量较大的DNA,通过丢弃磁珠去除这部分产物,此时目的大小DNA在上清中;第二轮磁珠结合剩余产物中分子量较大的DNA,通过丢弃上清去除分子量较小的DNA,此时目的大小DNA在磁珠上,通过两轮磁珠达到分选的目的。

    Q:12601可以纯化或回收150bp以下的片段吗?

    A:不建议使用12601,建议使用12600,最低可回收100bp左右的片段,50bp以上的回收率可能会有影响。

    Q:是否可以纯化单链DNA,该使用多少磁珠?

    A:磁珠可以吸附双链DNA和单链DNA,但不能区分单链或双链DNA。磁珠纯化单链DNA的倍数可以参考双链的说明书。

    Q:是否是选择性吸附DNA,可以去除样本中的RNA吗?

    A:12601ES是非特异性吸附磁珠,也会吸附RNA,如果要去除RNA,需要用RNase A处理。

    Q:可以用于RNA纯化和分选吗?

    不建议使用,虽然磁珠也可以吸附RNA片段,但磁珠Buffer是根据DNA特性设计的,不利于RNA结构的稳定,RNA纯化建议使用RNA纯化磁珠(货号12602ES)。

    Q:磁珠回收率低可能的原因是什么?

    A:1)磁珠与DNA 混匀不充分,未能充分吸附。建议反应体系充分混匀;

    2)磁珠比例不对,建议按照说明书进行选择合适的比例;

    3)孵育时间不足,保证孵育时间至少 5 min;

    4)磁珠分选时,二轮磁珠吸附的时候吸到磁珠。可在 200μL枪头前串联 10μL枪头用于移液,可防止吸到磁珠;

    5)磁珠洗涤时的乙醇非现配,导致乙醇浓度过低,建议乙醇浓度不低于 70%,小片段不低于80%;

    6)干燥过度:磁珠长时间干燥导致表面龟裂,DNA 难以洗脱,得率降低;建议干燥时间不宜过长,表面刚出现龟裂即可;

    7)洗脱液体积不足:最终洗脱液应完全覆盖管内磁珠。

    8)样本原因:样本纯度低,有杂质,样本中含有较多杂质时,可能会导致磁珠聚团板结,导致洗脱不充分,可以用枪头尽量吹散磁珠,延长洗脱时间,增加产物回收率;样本中含有较多大片段,大片段会导致磁珠聚团,洗脱时可以延长时间,必要时可以37度孵育,提升得率。

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    [1]He J, Liu T, Wang W, Wu X, Wang J, Yan W. Comprehensive improvement of soil quality and rice yield by flooding-midseason drying-flooding. Appl Microbiol Biotechnol. 2022;106(21):7347-7359. doi:10.1007/s00253-022-12184-7(IF:5.560)

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