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- 2026年01月04日
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- 服务名称：
转录因子ChIP-seq整体服务
- 提供商：
epibiotek
- 规格：
/sample
转录因子ChIP-seq服务
项目简介
基因的转录调控是生物基因表达调控层次中最关键的一层，而转录因子是参与基因表达调控的一类重要的细胞核蛋白质。转录因子通过特异性结合调控区域的DNA序列来调控基因转录过程，因此在全基因组水平将转录因子定位于靶基因DNA是认识转录调控网络的有效方法之一。
通过转录因子ChIP-Seq技术能够揭示转录因子的结合位点和确定直接的靶基因序列，可在体内分析特定启动子的分子调控机制。ChIP-Seq已广泛应用于研究一些经典转录因子和一些新的转录因子在全基因组上的结合情况，实现全基因组层面分析一些经典的转录因子的调控网络，或为新转录因子的功能研究提供一些线索。
表观生物技术团队具备丰富的ChIP实验经验，利用经验证的ChIP级抗体，提供高质量转录因子免疫共沉淀服务，并结合新一代高通量测序技术，为生物医学研究人员提供转录因子研究整体服务（ChIP-seq）。 
项目流程 ： 
样本要求:
仅限人及大鼠或小鼠细胞
细胞量达到107个
组织样本需评估
分析内容
SE鉴定（H3K27ac ChIP-seq）：
1. 测序原始reads去接头，质量控制
2. 参考基因组比对（Mapping）
3. 富集区域鉴定（PeakCallling）
4. 普通增强子与超级增强子鉴定
5. 普通增强子与超级增强子差异（数目）
6. 普通增强子与超级增强子信号富集图绘制
7. 超级增强子注释与靶基因预测
8. 超级增强子调控靶基因KEGG、GO分析
9. 超级增强子结合转录因子预测
普通ChIP-seq：
1. 测序原始reads去接头，质量控制
2. 参考基因组比对
3. 富集区域鉴定（PeakCalling）
4. Peak注释
5. Peak相关基因 GO 分析
6. Peak相关基因 KEGG分析
7. 富集区域 motif 分析
8. 组间差异Peak相关基因筛选与GO功能聚类分析KEGG 分析
实测数据
图1. 普通增强子与超级增强子鉴定分析
图2. 普通增强子与超级增强子信号富集图
图3. 超级增强子鉴定及数量分析图绘制
图4. 超级增强子结合转录因子预测
图5. 核心转录因子调控回路（CRC）
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文献和实验蛋白质与 DNA 互作是基因转录调控的关键，也是启动基因转录的前提。蛋白质与 DNA 互作主要包括组蛋白、转录因子、DNA 甲基化酶和染色质重塑复合物等。为了研究蛋白质-DNA 互作，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseⅠ足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母杂交、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 可以真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前研究蛋白质-DNA 互作的经典方法。但该技术需要大量细胞，且步骤繁琐，耗时较长，因此，研究者不断在寻找新的替代方法
，建议细胞活力大于 90% 以上。经过 PFA 交联过的细胞同样也适用于 CUT&Tag ，但我们不建议使用 PFA 交联的细胞进行实验，因为经过交联的细胞有可能会引起表位覆盖，从而降低数据质量。 3.针对于 Tn5 切割开放染色质区域的特性，CUT&Tag 是否更加适合于开放染色质区域的研究，异染色质上的位点是否适用？ CUT&Tag 是 ChIP-seq 的替代技术，主要用于分析全基因组范围内的 DNA-蛋白质相互作用。容易将 ATAC-seq 技术与CUT
CST Tech Tips - 「ChIP 实验」你的样本染色质需交联多长时间？
CST TECH TIPS 系列课程，欢迎关注「CST博士互助平台」 ChIP实验中，交联或固定是实验的第一步。您知道合适的交联时间是多长吗？快点击观看 Cell Signaling Technology（CST） ChIP 团队Fang Chen 博士的讲解。 点击看视频 交联是防止 DNA在 3 天的 ChIP 实验中从蛋白上脱落。否则，抗体只能让靶蛋白沉淀，而不能让 DNA 沉淀。交联对转录因子和辅因子尤为重要，因为与组蛋白相比，它们的丰度更低，与 DNA 的结合更弱。
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