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- CUT&RUN（cleavage under targets and release using nuclease），即核酸酶靶向切割和释放技术，是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA复合体的新方法，与传统的ChIP-Seq研究方法相比，该技术无需甲醛进行交联剂免疫沉淀等操作，因此具有快速、所需低细胞量，背景信号低、重复性好等优点，可用于单细胞水平研究。CUT&RUN对于表观遗传、基因调控等领域的研究具有革命性意义。
- 广州
- 2026年01月06日
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- 提供商：
表观生物
- 服务名称：
CUT&RUN测序
- 规格：
10G*2（IP+input）
CUT & RUN（cleavage under targets and release using nuclease），即核酸酶靶向切割和释放技术，是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA复合体的新方法，与传统的ChIP-Seq研究方法相比，该技术无需甲醛进行交联剂免疫沉淀等操作，因此具有快速、所需低细胞量，背景信号低、重复性好等优点，可用于单细胞水平研究。CUT & RUN对于表观遗传、基因调控等领域的研究具有革命性意义。
技术原理
技术应用
技术特点
分析内容
送样要求
表观生物实测数据
*注释：reads分布在TSS附近
*注释：由热图可见，TSS附近reads富集程度
*注释：motif的footprinting可查看motif在各个位置上的切割频率，与峰调用相比，该方法可实现结合位置的更高分辨率映射。切割位点源自通过募集至抗体结合位点的pA-MN融合物染色质切割后产生的单个DNA片段的两端。由于染色质相关的蛋白结合，切割频率较低的区域倾向于受到保护，而没有结合的侧翼区域则显示较高的切割频率，特征性双峰，中心位置反映出motif位置范围
图4：log-odds图
*注释：由log-odds值对数量化了footprinting图中的切割位点，通过log-odds值得分对切割点进行排名，log-odds>5的得分位点可视为直接结合位点。
图5：IGV视图
图6：KEGG富集
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文献和实验[1] Sarah J, Ana B, Kurtis N, etal. Profiling of Pluripotency Factors in Single Cells and Early Embryos. Cell,2019, May 16; 177: 1-11.
。 2019 年 4 月 Thomas G Fazzio 教授等发表在 Cell 期刊的 uliCUT&RUN 技术，将蛋白质-DNA 互作研究升级到单细胞水平。近几个月来，又相继有文章报道了 CUT&Tag 等技术，进一步优化了蛋白质-DNA 互作研究方法，本文将对系列方法一并总结介绍。 1.蛋白质-DNA 互作新技术发展历程 1997 年 Orlando等研发出ChIP[1]，主要用于研究转录因子与 DNA 结合位点的序列信息。 2009 年 Dominic Schmidt
endosperm using CUT&RUN (PMID:30719569) 的前端处理。 2. CUT&Tag 技术公布的 Protocol 适用于活细胞，对细胞状态有要求吗？那么经过 PFA 交联过的细胞可以使用吗？ CUT&Tag 在活细胞上确实成功率比较高，在准备细胞时需要保证细胞处于高细胞活性状态，若细胞活性不佳，胞内蛋白质与核酸相互作用的状态会发生改变，对于死亡的细胞，目的蛋白有可能从染色质上脱落，进而影响实验数据。在准备细胞样本时使用台盼蓝进行细胞活性的检测
x PCR reaction buffer, 1.6 µl 4dNTP mix (250 pmol/µl), 2 µl T12 MN primer, 2 µl arbitrary primer (decamer), 0.2 µl Taq DNA polymerase (5 U/µl) use the PCR conditions as under section III. run PCR product on a 1.5 % agarose gel
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