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CUT&RUN
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CUT & RUN(cleavage under targets and release using nuclease),即核酸酶靶向切割和释放技术,是一项用于在细胞天然染色质环境下检测蛋白-DNA复合体的新方法,与传统的ChIP-Seq研究方法相比,该技术无需甲醛进行交联剂免疫沉淀等操作,因此具有快速、所需低细胞量,背景信号低、重复性好等优点,可用于单细胞水平研究。CUT & RUN对于表观遗传、基因调控等领域的研究具有革命性意义。
技术原理
技术应用
技术特点
分析内容
送样要求
表观生物实测数据
*注释:reads分布在TSS附近
*注释:由热图可见,TSS附近reads富集程度
*注释:motif的footprinting可查看motif在各个位置上的切割频率,与峰调用相比,该方法可实现结合位置的更高分辨率映射。切割位点源自通过募集至抗体结合位点的pA-MN融合物染色质切割后产生的单个DNA片段的两端。由于染色质相关的蛋白结合,切割频率较低的区域倾向于受到保护,而没有结合的侧翼区域则显示较高的切割频率,特征性双峰,中心位置反映出motif位置范围
图4:log-odds图
*注释:由log-odds值对数量化了footprinting图中的切割位点,通过log-odds值得分对切割点进行排名,log-odds>5的得分位点可视为直接结合位点。
图5:IGV视图
图6:KEGG富集
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