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卓灏医药
piRNA: 是一类长度为26~31nt单链的小RNA,大部分集中在29~30nt。piRNA的表达具有组织特异性,只存在于具有全能性的动物细胞,如生殖细胞、肿瘤细胞和干细胞等。piRNA通过与Piwi亚家族蛋白结合形成piRNA复合物(piRC)来发挥生物学功能(沉默转录基因过程,维持生殖系和干细胞功能,调节翻译和mRNA的稳定性)。此外,piRNA在一些癌症细胞中存在异常表达的现象,提示piRNA可能参与癌症的发生,并可作为癌症诊断和治疗中的潜在生物标记物。
生物信息学分析
测序数据质量评估(QC);
small RNA序列比对
新small RNA预测
新长链非编码RNA预测
small RNA差异分析
small RNA功能分析(靶基因预测、GO注释、KEGG注释)
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文献和实验A Framework for piRNA Cluster Manipulation
Piwi proteins and their small-RNA partners, piwi-interacting (pi)RNA, form a natural mechanism that prevents the deleterious activity of transposable elements in the germ line of metazoan species. The piRNA pathway relies on extended
454测序仪的出现极大促进了测序业务的开展,科研人员已经将测序技术作为解决科研工作中许多常见 问题的利器。这是因为454测序仪在以下几个方面取得了质的突破:首先是解决了高通量测序问题;其次它简 化了样品准备步骤,将以往转化大肠杆菌扩增质粒的繁琐过程全部用简单的体外PCR扩增法替代了;最后, 它缩小了测序反应体积,节省了 试剂 。这样,454测序仪做到了以极其低廉的价格进行大规模平行测序反应。 它的测序规模之大、测序费用之低
NGS已成为生命科学领域中基因组学和转录组学研究的金标准。虽然它与桑格测序等方法有某些核心相似之处,但NGS所能实现的绝对的高通量水平使它与其他方法截然不同,并彻底改变了科学家的工作方式。 RNA测序(RNA-seq)尤其处于NGS功能应用的前言沿。RNA-seq最简单的形式允许我们在取样时确定样本中的RNAs的丰度。转录组是一个高度动态的细胞特征,并打开了一个巨大发掘潜力的世界。对药物、各种疾病状态、转录后修饰和选择性剪接转录本的反应变化只是 RNA-Seq 使其能够发现的一些例子
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