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杭州开泰生物技术有限公司
扩增子测序是对特定长度的PCR产物或捕获的片段进行测序,分析序列中的变异。16S/18S/ITS等扩增子测序即通过提取环境样品的DNA,选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的目标区域,通过检测目标区域的序列变异和丰度,以研究环境微生物多样性及群落组成差异。16S/18S rDNA为编码原/真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。ITS分为两个区域:ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间,ITS2位于5.8S和28S之间。
实验流程图:
样本要求:Total RNA 10µg
案例展示:
1、各样品组的物种相对丰度柱状图
Rank-Abundance 曲线 alpha 多样性指数箱线图
4、Beta Diversity 是对不同样品的微生物群落构成进行比较分析。通过Beta-diversity分析可以直观地反映样本的差异情况。距离越远,微生物群落差异越大,即相似性越低。

Unweighted UniFrac PcoA weighted UniFrac PcoA
β多样性箱形图
5、差异检验
物种间的差异分析可以通过OTU聚类的不同进行,从火山图,热图和曼哈顿图可以直观地表现物种间的差异。
差异OTU 火山图 差异OTU 热图
曼哈顿图
LDA 得分图 物种分支进化图
实验流程图:
样本要求:Total RNA 10µg
案例展示:
1、各样品组的物种相对丰度柱状图
- Alpha 多样性分析
Rank-Abundance 曲线 alpha 多样性指数箱线图
4、Beta Diversity 是对不同样品的微生物群落构成进行比较分析。通过Beta-diversity分析可以直观地反映样本的差异情况。距离越远,微生物群落差异越大,即相似性越低。

Unweighted UniFrac PcoA weighted UniFrac PcoA
β多样性箱形图
5、差异检验
物种间的差异分析可以通过OTU聚类的不同进行,从火山图,热图和曼哈顿图可以直观地表现物种间的差异。
差异OTU 火山图 差异OTU 热图
曼哈顿图
- LEfSe分析根据分类学组成对样品按照不同分组条件进行线性判别分析, 从而能够在组与组之间寻找具有统计学差异的物种, 即对样品划分产生显著性差异影响的Biomarker 物种。
LDA 得分图 物种分支进化图
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