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- 2025年07月16日
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活动说明
历时多年的技术经验积累，国内外借助PacBio三代测序技术于细菌基因组学研究领域发表的论文已有数百篇，为了让中国科研者更好地完成科研项目，天津生物芯片现限时推出细菌基因组PacBio三代测序优惠大放送活动。
细菌基因组通常比较小，大多在5MB以内，建议采用Pacbio RS II平台测1个SMRT Cell，获得800Mb-1.4Gb的数据，然后对于三代测序数据进行单独组装获得基因组完成图。三代测序平台的错误在于随机误差，因此可通过增加数据覆盖度显著降低错误率。
根据Pacbio官方提供的参考标准，细菌/真菌基因组覆盖大于80×,碱基准确度已接近99.99999%(QV70),即相当于每一千万个碱基中约发生一个碱基错误。以上研究方案在碱基准确度、基因组覆盖及组装结果方面均可获得较好结果。
技术优势
1，无GC偏好，对于GC%正常菌株和GC%异常菌株，Pacbio RS II 平台均可获得高质量测序数据；
2，可获得0 gap 基因组完成图，1个contig=1条染色体；
3，对于包含质粒的菌株，不仅可获得完整的细菌基因组，还可同时获得完整的质粒基因组序列。
成功案例
2016年，天津生物芯片利用PacBio RS II平台，对GC含量高达70%的细菌进行了基因组完成图测序，仅用了1个cell测序，获得了超过1.2Gb的测序数据，实现该菌基因组200X以上测序覆盖，随后利用天津生物芯片自主研发软件进行De novo拼接，最终获得高准确性的基因组完成图。
关于TBC
2013年，天津生物芯片率先在国内提供PacBio RS II三代测序服务，天津生物芯片已积累丰富的项目经验，成为中国三代测序技术应用的领跑者。2016年，天津生物芯片引进最新的美国三代测 序平台Sequel，以满足呈指数增长的三代测序服务需求，从而继续领跑中国三代测序服务市场。截止目前，公司在Nature、Nature Communications、PNAS等杂志累计发表SCI论文超过130篇，总影响因子超过500。
问题解答
1、细菌完成图用第三代单分子测序Pacbio RS II平台还是SEQUEL 平台？
答：SEQUEL 单个CELL数据量大约5G，RS II单个CELL数据量1G，而细菌的话1G数据量足够完成图了。从技术上说，都可以，从成本上RS II更合适。
2、第三代单分子测序平台的单碱基准确率低，如何保证拼接结果的准确性？
答： 第三代单分子测序平台的结果为单分子测序的结果，单碱基准确率仅为 87%，但其测序错误无偏好性，通过对某一个碱基的高覆盖，拼接结果的准确率可以达到 99.9% 以上。后续我们进一步利用高准确率的二代测序数据对拼接结果进行校正，确保最终拼接结果的准确率达到99.99% 以上。
3、项目周期以及工作日如何保证？
答： 微生物基因组测序完成图为 20个个工作日。我们的工作日一般都是从样品提取检测合格的日期开始计算。个性化分析内容的项目周期需要视具体情况而定。
项目联系方式
天津生物芯片技术有限责任公司
地址：天津经济技术开发区海云街80号融通大厦A座B2-3
电话：022-66229538 传真：022-66226983
邮箱：tjbiochipmk@126.com QQ:2869494262
注：本活动最终解释权归天津生物芯片所有
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文献和实验干货 | CUT and Tag 核心酶 Hyperactive PA/PG-Tn5 Transposase 大解密
亲核攻击，以 9 bp 的间隔完成链转移。Tnps 离开目标 DNA ，缺口被修复，产生 9 bp 的重复。 图 5. Tn5 转座酶作用机制[1] 研究人员发现，整个转座子序列并不是转座必须的，只需转座子的 19 bp 末端核心序列，转座酶便能将该部分序列插入并连接至基因组内。利用这个原理，将测序接头序列加入到末端核心序列中，在转座酶进行片段化的同时，加上了测序序列，省去了接头连接的过程，只需在片段化后进行 PCR 扩增便可得到完整的用于测序的文库。但是这一步之后
6 篇 Science 齐发！首次破译完整的人类基因组，百人科学家团队揭开背后的神秘面纱
组」。 对此，他们利用了来自匹兹堡大学的生殖遗传学家 Urvashi Surti 正在研究的一组细胞系——由于正常发育中罕见的障碍，细胞最终有两个父亲的 DNA 拷贝，而没有母亲 DNA 拷贝。这种只有一个基因组的细胞系使得这种基因组组装成为可能。 图源：参考资料 2（Credit by Ernesto del Aguila III, NHGRI.） 测序技术的进步 科学的进步一直伴随着技术的突破，人类基因组项目的完成也不例外。 过去，仅使用短读技术对人类基因组进行测序，在基因组序列中留下
的一种替代性 PCR 方法。 6.测序 PCR 是为测序富集模板 DNA 的一种相对简单的方法。为保证 DNA 序列准确性，强烈建议使用高保真 PCR 来制备测序模板。 在 Sanger 测序中，PCR 扩增片段经纯化并用于测序反应。使用常用的测序引物结合位点（如 M13 或 T7“通用引物”结合位点）对 PCR 引物的 5′末端进行标记，以简化测序工作流程（图 8）。 图 8.用于 Sanger 测序的 PCR 扩增子制备。使用常用测序引物位点标记 PCR 引物，以简化实验流程。 二代测序
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