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- 2025年07月10日
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DNA甲基化芯片分析
芯片质量控制 (Quality control) 通过对数据的各项指标的分析作图，可以评估芯片实验质量，了解数据的分布规律，并为下一步分析方法提供参考。
生数据标准化 (Raw data normalization) 对原始数据进行处理，通过特定的统计分析，达到消除背景噪音，过滤脏数据，去除同一实验不同block之间、不同芯片之间的实验误差，使不同芯片的数据具有可比性。下图为数据标准化前（左图）后（右图）数据的盒图，表示各芯片数据的数值分布。
差异甲基化区域鉴定(Differential methylation region identification) 差异甲基化区域鉴定是为了发掘样本中显著高甲基化或者低甲基化的位点。
甲基化差异区域基因富集分析 (Gene enrichment analysis in differential methylation region)
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文献和实验一、 什么是DNA甲基化在甲基转移酶的催化下，DNA的CG两个核苷酸的胞嘧啶被选择性地添加甲基，形成5－甲基胞嘧啶，这常见于基因的5'-CG-3'序列。大多数脊椎动物基因组DNA都有少量的甲基化胞嘧啶，主要集中在基因5'端的非编码区，并成簇存在。甲基化位点可随DNA的复制而遗传，?因为DNA复制后，甲基化酶可将新合成的未甲基化的位点进行甲基化。DNA 甲基化是表观遗传学的重要部分，同组蛋白修饰相互作用，通过改变染色质结构，调控基因表达。在哺乳类细胞或人体细胞中，DNA 甲基化与细胞的增殖、衰老
了，在dxy里面查一查一些基本概念，和一些简单的分析介绍，另外david是一个开放的公共平台，用于芯片分析，是一个不错的选择。其它一些好的平台是要收费的。 本文由丁香园论坛提供，想了解更多有用的、有意思的前沿资讯以及酷炫的实验方法的你，都可以成为师兄的好伙伴 师兄微信号：shixiongcoming
2.2.10 DNA微阵列法 Yan等2001年[40]将以分子杂交为基础的微阵列技术应用于DNA甲基化检测中，这种方法是基于杂交的寡核苷酸微阵列，是一种在基因组中寻找新位点的方法。包括用于整个基因组范围内扫描的差异甲基化（DMH）杂交（Huang等1999年[41]）和用于检测某个位点的甲基化特异性微阵列MSO（Gitan等2002年[42]）。前者类似于mRNA表达谱或cDNA微阵列，是CpG岛微阵列，后者类似于寡核苷酸微阵列，是针对CpG二核苷酸位点的甲基化特异性寡核苷酸微阵列[26
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