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专业微生态、微生物多样性分析服务
——宏基因组/16S/18S/ITS/功能基因
关于微基生物
微基生物致力于协助科研人员探索微生态与健康、生产、环境之间隐藏的奥秘，更好地利用微生物资源。
微基生物是同时开展Illumina Miseq、Ion PGM及454二代高通量测序分析，PacBio第三代高通量测序分析，PCR-DGGE变性梯度凝胶分析，克隆文库等多种微生态分析方法的公司。公司拥有经验丰富的技术团队，涉及分子生物学、医学、生物信息学、统计生态学方面，核心成员具有10余年一线科研工作经验。
微基生物已完成300余项微生物多样性分析项目，分析样本6000余例。研究对象涉及粪菌、土壤、水体、发酵物、肠道、人体微生物等各类样本。
微基生物，将继续专注微生态研究，紧跟国际分子生物学技术、生物信息学、统计分析技术发展，以更好的服务质量，协助研究者解码微生物世界的奥秘！
分析类型及靶基因
常见分析项目列表
分析平台及特点
分析案例
案例分析案例：某类细菌在相关疾病爆发过程中与其他细菌/真菌的相关性。
分析方法：相关性分析是用于分析微生物间相互作用关系的经典方法，可甄别出微生 物群落间（包括细菌、真菌、古细菌等各类检测目标）具有显著相关性、强相关、正相关、负相关的各项。
分析案例： 丁酸盐产生菌的减少和一些致病微生物的增加使得CRC患者肠道微生物菌落的失衡
Tingting Wang等采用高通量测序技术研究结直肠癌（CRC）患者与正常人群肠道微生物的菌落组成差异。并结合real-time PCR对相关基因进行分析，最终确定丁酸盐产生菌的减少和一些致病微生物的增加使得CRC患者肠道微生物菌落的失衡。实验对象的数目：CRC患者46人，健康志愿者56人。
Structural segregation of gut microbiota between colorectal cancer patients and healthy volunteers. 2012. The ISME Journal
相关分析方法： LEfSe分析，用于寻找两组样本中丰度呈显著性差异的微生物
LefSe
分析案例：服用某中草药改变肠道菌群，进而缓解二型糖尿病
肠道菌群对新陈代谢疾病（如二型糖尿病T2D）有重要的作用，传统的中草药葛根芩连汤（GQD）对二型糖尿病有缓和作用。
为了研究GQD对T2D的调节作用是否通过改变肠道菌群的组成，Jia Xu等对187名T2D患者给予不同剂量的GQD（44名给予高剂量，52名给予中剂量，50名给予低剂量，41名给予安慰剂），对肠道微生物进行研究。高剂量和中剂量处理的样本较低剂量和安慰剂处理的样本中空腹血糖（FBG）和糖化的血红蛋白（HbA1c）显著降低，通过RDA分析，鉴定出47个丰富的种，其中17个与FBG负相关，9个与HbA1c负相关。
实验结果显示，中草药GOD处理可以增加有益微生物的种类，如Faecalibacterium spp。
Structural modulation of gut microbiota during alleviation of type 2 diabetes with a Chinese herbal formula. 2015. The ISME Journal
相关分析方法：采用网络分布图展示不同个体或人群的肠道微生物分布，可以形象的展示不同个体或人群之间的相同物种或是OTU的相似、分布情况。
网络图
相关分析方法： 利用冗余分析（RDA）反映在某微生物分类级别上（如属）不同个体肠道菌群差异与健康、药物、饮食之间关系。
RDA
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文献和实验扫描仪中，都采用机械式的二维X，Y线性扫描技术实现，即X，Y方向都采用直线驱动器和直线导轨实现往复运动。此类装置，由于驱动系统的频率限制，驱动器的扫描惯性大，使得扫描效率低，分析时间相当长；并且往复行程长，对直线导轨的精度要求相当高。二、光机结合的二维扫描系统为同样实现生物芯片的二维扫描，我们的实验装置设计如图2，采用了振镜和大数值孔径的远心f-è物镜相结合实现X方向扫描，Y方向的运动仍采用直线驱动器和直线导轨实现。 系统中，对于f-è物镜，满足x＝2fè（è为振镜的摆动角度，f为物镜焦距）的线性
笔者前一段时间忙于为新文章制作配图，多处搜集配图优雅美观的优质论文。最后终于找到一篇发表在 Science Advances 的文章——通过高通量测序分析揭示了小 RNA 在小鼠卵母细胞和早期胚胎中的调控作用。文章中除了复杂的 RNA Seq、Chip Seq 分析，图表的搭配十分美观。虽说我们是崇高的科（ke）学 (yan) 家 (gou)，但关乎我们毕业大计的 SCI 也得要「高颜值」。以常见的热图（heatmap）为例，在分子生物学涉及高通量以及芯片的文章中，尤其是 RNA-seq 相关
Plant PCR Kit)，开展人体各部位的细菌群落的16S rRNA基因分析。1 而传统方法是先从样品中提取和纯化DNA，接着进行PCR扩增。研究人员将两种方法进行了比较，发现结果相似，包括分类群丰富度、系统发育多样性、单个分类群的相对丰度，以及各部位之间与个人之间在细菌群落组成上的差异。 此外，直接PCR方法比传统方法至少快6-8倍，这让它特别适合那些旨在经济高效地分析人类微生物群落的结构和多样性的高通量分析。目前，Flores正利用这种方法来研究不同身体部位的微生物群落如何随时间
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