提供单核苷酸多态性（SNP）检测

单核苷酸多态性（SNP)检测
单核苷酸多态（SNP）是指有单个核苷酸替代、插入或缺失而形成的分子形态，有时括有多个核苷酸插入或缺失造成的点突变。通常情况下是一种2等位基因的变异，并多为转换，即嘧啶碱基之间的转换或嘌呤碱基之间的转换。SNP在CG序列上出现最为频繁，而且多是C-T，因为CG中的C常为甲基化的，自发脱落后变为T。SNP是人类基因组中数量最多的一种多态形式，人类基因组中总共有300万个SNP，平均每1000个碱基中就有一个SNP。SNP的分布不均匀，非转录区要多于转录区，大多数位于蛋白的非编码区。其中相当多的SNP位点直接或间接与个体间的表型差异、人类对疾病的易感性或抵抗能力有关。SNP检测在临床及临床相关研究中已有广泛应用。

我公司提供三种SNP检测方法，详情如下：

一. Taqman/MGB探针法检测SNP位点，该方法的技术基础是实时荧光定量PCR

针对同一SNP位点的不同基因型设计两条不同的Taqman探针，把它们同时加入到PCR反应体系中，只有与靶序列完全匹配的探针才能被水解并释放出荧光信号。两条探针分别标记不同的荧光基团，分别用实时荧光定量PCR仪中对应的荧光检测通道检测荧光信号。某种基因型对应的荧光探针能够释放荧光信号，说明在原始DNA样本中含有该中基因型。如果只有一条探针能释放荧光信号，那么检测的SNP位点上是纯合子，如果两条探针都有荧光信号，那么在该SNP位点上是杂合子。

Taqman探针法检测SNP位点技术原理 散点图

这种方法可以直接在实验结果（软件自动输出的Excel表格）中读出每个样本中SNP的基因型（纯合子XX或YY，杂合子XY)，不需要再对序列进行分析，具有直观性。并且还可以通过软件分析出不同基因型在所有样本中的分布图。Taqman探针法对于大样本量的检测还有成本低、速度快的优点。


二 . 焦磷酸测序（Pyrosequencing）法：定量检测某个SNP的突变频率

1. 技术原理：见“焦磷酸测序服务”
2. 实验实例：



三. MassARRAY法：多样本、多位点高通量定量检测
MassARRAY^®iPLEX™是目前市场上拥有最高性价比的中高通量SNP分型检测系统，同时兼顾灵敏度和特异性，已经广泛地应用于遗传突变检测、SNP分型，是目前唯一采用质谱法进行直接检测的设备。SequenomMassARRAY系统反应体系为非杂交依赖性，不需要各种标记物，实验设计灵活，更可实现高达36重反应。
MassARRAY技术平台SNP分型服务优势优点

1. PCR 重数：1~36重（平均20）；
2. 每个反应所需基因组DNA：10ng左右
3. 设计成功率：>95%；
4. 分型准确率：>99.7%；
5. 每天处理样品数：>3000个；
6. 可进行定量分析。

MassARRAY技术平台SNP分型服务应用领域

1.中高通量SNP分型服务性价比最优的分型方法；
2. 适用于GWAS实验后续验证；
3. 适用于关联分析，几十/几百个位点分型任务，样本通量从几百到几万。