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- DIA技术可稳定、完整定量，适用于疾病机制、靶点筛选及大队列研究。谱度众合依托双平台质谱矩阵，按需匹配个性化技术路线，提供全流程DIA定量及深度生信分析服务，并以结题报告直观展示数据质量与分析深度。
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- 2026年09月09日
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- 文献和实验
- 技术资料
- 提供商：
谱度众合（武汉）生命科技有限公司
- 服务名称：
DIA蛋白定量检测；谱度众合DIA定量；谱度众合蛋白质组学；蛋白质组学检测
- 规格：
样
4D-DIA蛋白质组学 | 从质谱检测到深度生信的一站式服务
依托 Bruker timsTOF 与 Thermo Orbitrap 双平台质谱矩阵
产品概述
在蛋白质组学研究中，DIA（Data Independent Acquisition，数据非依赖采集）蛋白定量已成为大规模蛋白表达谱研究的核心技术路线。相比传统DDA模式，DIA通过系统性采集预设窗口内的全部碎片离子信息，可获得更稳定、完整的定量数据，尤其适用于疾病机制研究、药物靶点筛选、生物标志物发现及大队列样本分析。
谱度众合依托武汉生物技术研究院，建立了覆盖Bruker与Thermo Scientific两大TOP级别质谱阵营的全矩阵高分辨质谱平台，可提供DIA蛋白定量检测及配套生物信息学分析服务，并根据研究目的、样本类型和样本规模匹配相应的质谱技术路线。
本产品主页以实际DIA定量蛋白质组学项目的结题报告为核心，完整展示从样本制备、质谱检测、数据检索到差异蛋白筛选、功能富集及互作网络分析的全流程结果，帮助科研人员直观了解DIA蛋白定量检测的数据产出质量与分析深度。
实验方法
1.样品制备
向样品中加入裂解液（8M Urea/100mM Tris-HCl, pH=8.5），超声破碎后12000g离心5min，取上清采用BCA法测定蛋白浓度。取等量蛋白，加入TCEP和CAA在37°C孵育1h完成还原和烷基化。稀释Urea浓度至2M以下，按酶与蛋白1:50质量比加入胰蛋白酶，37°C振荡过夜酶切。次日加入TFA终止反应，离心取上清以SDB-RPS脱盐柱脱盐，真空抽干后-20°C冻存。
2.质谱检测（LC-MS/MS）
使用UltiMate 3000 RSLCnano纳升液相（Thermo）串联timsTOF Pro质谱仪（Bruker）进行检测。肽段经自动进样器结合至C18捕集柱（75μm×2cm, 3μm, 100Å），随后进入C18分析柱（75μm×25cm, 1.6μm, 100Å）分离。流动相A为0.1%甲酸水溶液，流动相B为0.1%甲酸乙jing溶液，流速300nL/min。质谱以diaPASEF模式采集，毛细管电压1400V，MS1和MS2扫描范围100-1700 m/z，离子淌度范围0.6-1.6 Vs/cm²，累积时间和ramp时间均为100ms。碰撞能量根据离子淌度从1/K0=1.6 Vs/cm²的59eV线性增加到1/K0=0.6 Vs/cm²的20eV。
3.数据库检索与数据分析
DIA原始数据使用DIA-NN（v1.8.1）软件的library-free mode进行分析，检索数据库为UniProt Human蛋白序列数据库（2023-06-19，20,423个条目）。关键参数：启用Precursor ion generation进行理论谱图预测；Trypsin/P酶切，最多允许2个漏切位点；Carbamidomethyl (C)为固定修饰，Oxidation (M)和Acetylation (protein N-terminal)为可变修饰；MS1和MS2质量容差15ppm；启用MBR和Heuristic protein inference；FDR设为1%。蛋白定量使用MaxLFQ算法归一化。
生物信息学分析和可视化通过R语言实现。缺失值填充取自代表质谱检测极限的正态分布（downshift 1.8 sd, width 0.25 sd）。取至少在一个组中出现50%有效定量值的蛋白进行定量比较，通过t检验P值和FC确定显著差异蛋白。功能注释使用GO、KEGG、eggNOG、Pfam、UniProt亚细胞定位数据库，Fisher精确检验进行富集分析，STRING数据库构建PPI网络。
交付内容
谱度众合交付SCI级别定量报告，核心交付内容包括：
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文献和实验- Fu, Q. Y., Wang, X. X., Yang, Y., Zeng, J., Cheng, X. X., Chen, X., Wang, X. L., Han, Q. Q., Huang, S. X., Yao, L. Y., Xiong, X. P., Shang, J., He, Q., & Chen, G. (2026). A salivary protein panel for detecting malignant transformation of oral leukoplakia. Oral oncology, 180, 108064.
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- Zhang, D., Chen, T., Liang, Q., Feng, X., Jiang, J., Chen, Z., Tang, Y., Chu, Y., Wang, B., & Hu, K. (2025). A first-in-human, prospective pilot trial of umbilical cord-derived mesenchymal stem cell eye drops therapy for patients with refractory non-Sjögren's and Sjögren's syndrome dry eye disease. Stem cell research & therapy, 16(1), 202.
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「诱饵」蛋白，「诱饵」蛋白的互作蛋白称为「猎物」蛋白。「诱饵」蛋白与「猎物」蛋白结合后，利用靶蛋白—抗体— Protein A/G —磁珠/琼脂糖珠的结合方式获取复合物，再通过 SDS-PAGE、Western blot 或质谱等方法进一步对复合物中的靶蛋白进行分析。 免疫共沉淀方法简单，是识别感兴趣蛋白质的相互作用、深入了解其结构和功能的初步实验方法。但是它也有相应的局限性，比如很难验证两种蛋白质是否直接发生相互作用、不能得到这种相互作用亲和力等定量信息等。因此需要在相互作用分析与筛选后，使用
主要特点：· 准确灵敏：BCA试剂的蛋白质测定范围是20－2000μg/ml,采用加强方法可检测到5μg/ml；MicroBCA试剂测定范围是0.5-20μg/ml。· 快速：45分钟内完成测定，比经典的Lowry法快4倍而且更加方便。· 经济实用：除试管外，测定可在微孔板中进行，大大节约样品和试剂用量。· 不受样品中离子型和非离子型去污剂影响。· 检测不同蛋白质分子的变异系数远小于考玛斯亮蓝。 基本原理： 碱性条件下，蛋白将Cu ++ 还原
组蛋白的翻译后修饰过程对 DNA 转录，染色体功能以及维护细胞信号传导通路的正常运行具有重要的作用，瓜氨酸化是由称为蛋白质精氨酸脱亚胺酶（Protein Arginine Deiminases，PADs）的酶家族催化的许多关键组蛋白修饰手段之一。PADs 催化肽基精氨酸水解，在组蛋白上形成肽基瓜氨酸，调节与染色质结构相关的许多生化过程。PAD 家族由钙依赖性同工酶 PAD1, 2, 3, 4 和 6 的五个成员组成。组蛋白瓜氨酸化是通过在组蛋白上转化精氨酸而影响染色体结构，导致氢键的减少和染色
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