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定量磷酸化蛋白组学多少钱
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定量磷酸化蛋白组学多少钱
定量磷酸化蛋白组学多少钱是许多科研工作者在规划实验预算时关注的核心问题。这一技术的费用受多重因素影响,包括样本数量、样本复杂度、检测深度(如覆盖的磷酸化位点数)、技术平台选择(如基于质谱的DIA/SWATH或TMTbiāojìdìng量),以及数据分析的精细程度等。一般而言,定量磷酸化蛋白组学多少钱的报价范围可从单样本数千元至数万元不等,具体费用需要根据实验需求和样品情况来确定。例如,针对低通量的探索性研究,若采用biāojìdìng量技术(如TMT)结合高分辨率质谱,成本会显著高于非biāojìdìng量(Label-free)策略;而临床大队列样本的筛查可能因规模化效应降低单价,但总预算仍较高。此外,样本前处理的复杂性(如磷酸化肽段富集步骤的重复次数)和后续生物信息学分析的定制化需求(如激酶-底物网络建模)也会进一步影响定量磷酸化蛋白组学多少钱的zuì终支出。
从技术层面看,定量磷酸化蛋白组学的核心成本构成体现在以下环节:首先,磷酸化肽段的特异性富集是关键步骤,通常采用TiO2或IMAC磁珠,其试剂耗材成本约占整体费用的15%-20%。其次,质谱仪器的机时费用差异显著,如Orbitrap Fusion Lumos等高精度设备的运行成本远超常规Q-TOF平台。值得注意的是,定量磷酸化蛋白组学多少钱还与数据质量控制标准相关——例如,要求磷酸化位点定位概率(如PTM Score)≥99%时,可能需要增加技术重复或深度扫描,从而提升费用。
在实验设计阶段,研究者需权衡检测广度与预算限制。若关注特定信号通路(如MAPK或PI3K-AKT),靶向磷酸化蛋白组学(如PRM)可能比全局分析更具性价比;反之,探索性研究则需要更高的经费支持以覆盖未知磷酸化事件。此外,定量磷酸化蛋白组学多少钱的透明度也取决于服务商的定价模式:部分机构按检测位点数阶梯收费,而另一些则打包提供从样本制备到通路分析的全程服务。
常见问题:
Q1. 磷酸化蛋白组学中低丰度磷酸化肽段的检测如何影响成本?
A:低丰度磷酸化肽段需更高强度的富集和更长的质谱采集时间,可能增加30%-50%的仪器机时费用。采用预分级(如高pH反相分离)或新型富集材料(如Ti4+-IMAC)可提高检出效率,但会相应提升试剂成本。
Q2. 跨物种比较研究是否会导致定量磷酸化蛋白组学多少钱的显著差异?
A:是的。非模式生物缺乏完备的磷酸化位点数据库,需额外进行de novo测序和位点验证,数据分析成本可能增加20%-35%。此外,某些物种(如植物)的样本预处理需特殊裂解缓冲液,也会影响前期投入。
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文献和实验共沉淀蛋白互作分析、MRM/PRM定量蛋白组学分析、SILAC/Dimethyl标记定量蛋白组分析、SWATH定量蛋白组学、TMT/iTRAQ/multinotch定量蛋白组学分析。下面介绍两种比较常见的定量蛋白质组学技术。 iTRAQ定量蛋白质组学分析 iTRAQ (isobaric tags for relative and absolute quantitation) 技术是由美国应用生物系统公司ABI研发的一种多肽体外标记技术。该技术采用4种或8种同位素的标签,通过特异性标记多肽的氨基基团,而后进
,蛋白质翻译后修饰,这些修饰主要包括磷酸化,泛素化,糖基化,乙酰化等等,也包括对这些翻译后修饰的定量研究。这三大块中所提到的大规模,既可以是样品数量的大规模高通量,也可以是少量样本中蛋白数量的大规模高通量。 研究原因有的同学可能又要问,简单的定性定量研究,有了 RNA-seq 等高通量的实验方法,为什么还学要蛋白组学呢?首先,由于翻译调控和翻译后调控的存在,RNA 的表达量与实际对应蛋白质的含量相关性并不高,1999 年, 蛋白组学界大神 Steven Gygi 还在另一位大神 Ruedi
WB 是检测和定量磷酸化蛋白质的重要实验方法,然而大家一直都说磷酸化蛋白 WB 不好做!这是因为处于不同的细胞生长状况和 / 或特定的细胞周期时,磷酸化蛋白可能仅占细胞总蛋白中的一小部分,处理不得当时,还会快速的去磷酸化。磷酸化蛋白质 WB 做不好的原因有许多,比如封闭问题,抗体问题,或所需的磷酸化蛋白可能不存在于样品中或者低于 WB 检测的量。然而,有一个常被大家忽视的重要原因就是蛋白样品制备所用的方法是否适合于磷酸化蛋白的提取?其实蛋白质提取的方法不仅影响提取效率,还会影响蛋白的质量
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